12歳になった貴族の少年マティアスは魔法を学ぶため王都の学園の入学試験を受けに行く。道中で襲ってきたモンスターを簡単に退け、同じく試験を受けに来た少女ルリイとアルマのために常識離れの付与魔術を披露し、試験本番では圧倒的な力を見せつける。「失格紋」の持ち主でありながらここまでの実力を発揮する彼の正体は……。
マティアスの正体は、数千年の時を経て転生した賢者ガイアスだった！ マティアスは学園同士の代表が戦う対抗戦に出場し、余裕で勝利。しかも彼が倒した生徒の正体は前世で滅ぼしたはずの魔族だった。これをきっかけに動き出した魔族たち。マティアスは来るべき魔族たちの戦いに備え、ルリイとアルマを連れて迷宮の探索へ向かう。
王都に突如現れた２体の魔族。２体を同時には相手にできないマティアスは１体を自分が、もう１体をルリイとアルマに任せることに。魔族に対して魔力量で劣るマティアスに、実戦経験は足りないルリイとアルマ。圧倒的不利に見える戦いで、マティアスが元賢者としての真価を発揮する！ そしてさらに新たなる規格外の仲間が……。
前世の頃の知り合いであった暗黒竜イリスを仲間にしたマティアスは、彼女の背に乗って魔族が潜伏する村へ向かう。突然のマティアスの襲撃に困惑する魔族たちだったが、彼らはこの戦いの前にある壮大な策を用意していた……。そして王都に戻ろうとするマティアスはイリスに対してとんでもない提案を言う。
王都に向けて魔物を大量に発生させていた魔族たち。それに対する防衛策としてマティアスは結界を構築するために、第一学園の協力を求めたり、迷宮で結界の材料を集めたりと大忙し。しかし、第一学園からは対抗意識を燃やす向こうの校長に協力を跳ね除けられ、迷宮内では誤って巨大な竜を召喚してしまうなどトラブル続きで……。
王都大結界の構築中、魔族が王都周辺に侵入してきた。結界の構築から手を離せないマティアスは魔族の対応をルリイとアルマに任せることに。二人はマティアスの期待に応えてあっさり魔族を撃退。しかし魔族は最終手段を用いて、いよいよ全軍を王都に集結させる。学園生たちと魔族の全面衝突がついに始まる……！
マティアスたちは龍脈の調査をするために学園を離れ、迷宮都市メルキアへの旅に出る。だが、たどり着いたメルキアは領主の無茶な命令と強力な魔物の出現が重なり、すっかりさびれていた。問題の迷宮を調査するべく冒険者ギルドで許可証をもらおうとするマティアスたちだが、さっそく魔物が起こした騒ぎに巻き込まれ……。
悪徳領主の刺客によって捕えられそうになったマティアスだが、あっさり返り討ちにする。さらに国王の許可も取って逆に領主を捕えようと計画を立てる。王家代理人のエイクと共に正面から屋敷に乗り込んで領主を捕えたマティアスは、領主の不自然な行動の裏には迷宮を利用しようとする魔族が関わっていたことを知る！
迷宮に潜む魔族を倒した直後、マティアスは魔族たちを指揮する者からの干渉を受ける。その者の正体を探るため、マティアスは前世の自分が作った探知装置を求めてラジニア連合へ向かう。だが探知装置のある地域に入るにはAランクの冒険者になる必要があった。その昇格試験の試験官にSランク冒険者のギルアスが名乗りを上げる！
Aランク冒険者となり、探知装置のあるフォルキアへ向かったマティアスたち。だが、フォルキアは魔族の群れによって支配されていた！ 人間たちを魔法で操り、国をも滅ぼす巨大兵器をひそかに生産する魔族たち。このような事態を見逃すわけにはいかないマティアス一行はイリスの膨大な魔力を使った意外な作戦に打って出る！
ギルアスによって魔族のボスは倒される。だがその正体は、強大な魔力によって操られた、ただの死体だった。マティアスはこの死体を操っていた者こそが一連の事件の黒幕だと確信する。そして一行はいよいよ魔法文明が眠る古代遺跡に突入する。しかし、実はこの遺跡に眠る品々は全部前世のマティアスが作ったもので……。
ついに復活した最高位の魔族・ザリディアス。その圧倒的な魔力の前にはマティアスですら太刀打ちできない……。アルマとルリイは王都の宝物庫に眠る前世のマティアスが作った魔剣を回収しようとするも、魔族に学園の生徒を人質に取られ足止めをされてしまう……。このかつてない窮地をマティアスは乗り越えることができるのか!?
