怪異と呼ばれる自然災害が存在し、それらを退治する魔法少女が人々の憧れの職業として認知された世界。女子大生・桜木カナは就職活動が上手くいかず、すっかり自信を喪失していた。そんな時、面接先で怪異に巻き込まれてしまうカナ……。現場には株式会社マジルミエの魔法少女・越谷仁美が駆けつけ怪異と対峙するが、想定以上の規模にまで成長した敵に苦戦を強いられる。協力を求める越谷に対し周りがしり込みする中、カナがサポートを申し出て！？
越谷の怪異退治をサポートしたカナ。その出来事をきっかけに株式会社マジルミエへの入社を決めた彼女は、さっそく他の社員に挨拶することに。だが、社長の重本浩司はじめ、営業の翠川、エンジニアの二子山和央といった個性が強い社員と対面し困惑気味のカナ。勢いで入社を決意したことを後悔し始めたカナだったが、翠川の勧めもあり魔道具・ホーキに乗ってみることに。さらに、マジルミエ社に怪異退治の依頼が舞い込んで……。
カナがマジルミエ社に入社してから1ヶ月が経ったある日のこと。カナと越谷はいつものように 怪異退治に励んでいた。すると突然、大手魔法少女企業・アスト株式会社の魔法少女・土刃メイが参戦し、あっと言う間に怪異を退治してしまう。その後、古い商店街に蔓延っている怪異退治を依頼されたマジルミエ社。社員一同で最適な対処方法を話し合うが、会社の美学に敵っていない意見を咎める重本に対し戸惑うカナ。 そんな中、怪異が活発化したとの連絡が入る。
歴史ある商店街の景観を守るため、理論上でしか存在しない新たな魔法を使った攻撃を提案するカナ。彼女の考えに賛同した他の社員たちはさっそく行動を開始。マジルミエ社の魔法エンジニア・二子山和央はカナの理論を実現するべく、凄まじいスピードで魔法のプログラムを組んでいく。一方、現場ではカナと越谷が怪異を足止めするべく、二手に分かれて迎撃を行うことに。各々が自分の持ち場で奮闘する中、ついにマジルミエ社オリジナルの魔法が完成する！
重本の号令で懇親会としてカラオケにやってきたマジルミエ社の社員たち。重本、二子山、越谷、カナが随所に個性を発揮しながら、持ち歌を披露。翠川の完璧な気遣いにも助けられ、懇親会は大盛り上がり。翌日、重本のもとに自身の旧友にして大手化粧品メーカーであるミヤコ堂の社長・麻生美弥子から連絡が入る。彼女の提案で、カナは1週間限定でミヤコ堂の魔法少女部署を手伝うことになる。
協働業務期間の初日、ミヤコ堂へ出社したカナは、同社の魔法少女・葵リリーと共に業務にあたる。……はずだったが、なぜかリリーに買い物へ連れて行かれる。久しぶりの買い物を楽しみつつ、自由奔放なリリーに気圧されるカナ。しかし、魔法少女が素敵な職業であることを世間に伝えたいというリリーの想いや魔法少女の在り方が多様であることを知り……。その後、怪異の定期点検業務の為、ホテルアルベリクへと向かう2人だったが！？
変異した怪異の攻撃により窮地に陥るカナとリリー。するとその時、アスト社からの援軍としてメイがやって来る。メイから通行人の避難誘導を命じられ現場を離脱するカナとリリー。一方、メイは1人で怪異と戦闘を開始。激しい攻防を繰り広げる。そこへ彼女を心配したカナが再び現場へと戻ってくる。攻撃を受け傷を負うメイを目の当たりにしたカナは共闘を申し出るのだが……？
年に1回開催され、新たな魔道具や技術の披露、関係者の講演等が行われるイベント・魔法業界EXPOへやってきたマジルミエ社の社員たち。どのブースを回ろうかと考えていると、不意に有名な魔法エンジニアたちから声をかけられる。どうやら商店街の一件で発動した魔法が噂になっているようで……。しかし初対面の人と話すことが苦手な二子山は、うまく対応することができない。その後、変異怪異への対応魔法の実演を見ることにしたカナたち。だが実演中、魔法を破った変異怪異が会場内に発生してしまい！？
3年前、大学生の二子山は過去の経験から魔法づくりは自己満足の趣味として楽しんでいた。魔法に対しては人一倍のこだわりを抱いていたが、他人に批評されることを恐れ、魔法業界への就職を断念しようとしていた。そんな彼のもとに１本の電話が入り！？変異怪異が発生した魔法業界EXPO会場では、変異怪異用の魔法を開発していた二子山だったが作業中、PCが処理落ちしてしまう。そこで二子山は周囲のエンジニアに協力を求める……。
