「男」を理由に青鞜三ノ宮学院の教師採用を断られた天和響は、下宿の大家るるの入れ知恵で女装を施され、天和ひびきとなって捲土重来。そこで課された採用試験とは、女生徒樟葉楓子と二人きりの公開授業であった。
女子寮にのぞき魔騒ぎが起こったことをきっかけに、寮母を引き受けることになったひびき。しかし、女同士の気安さから必要以上に無防備な女生徒に困惑気味。更に、体調を崩した楓子に添い寝して欲しいと頼まれて…。
女子が袴を履いて体育を受けていることに違和感を覚えたひびきは、ブルマの採用を提案。しかし学院側は本より、肝心の女生徒にまで猛反発を受けてしまう。そんな中一人ひびきに賛同した楓子であったが…。
就任後初の授業参観に意気あがるひびき。しかし、幼少時に母を亡くし、海外赴任で父不在の楓子に見学者が誰もいない事を知る。そうした中で行われたのは親子によるマラソン授業。そしてゴールに待っていたのは…。
女子の身体測定結果を盗み聞きしようとする男子生徒を封じようと躍起になる教師達の中、教頭の魂胆で自らも受診を言い渡されたひびきは大慌て。一方、胸の大きさにコンプレックスを抱く楓子は突飛な行動にでる。
ニュースで学級崩壊が叫ばれる中、些細な出来事に端を発したグループ間の小競り合いは、やがて藍組全体を巻き込む大騒動に発展。分断されてしまったクラスを元に戻すべく、ひびきが水泳の授業で行ったのは…。
美保が一目ぼれした徳川理事長の甥ヨシオは、ひびきの見合い相手であった。動揺する楓子は、刹那の恋に燃える美保、ひびきを学院にひきとめようとする青木達と結託し、見合いを妨害すべく会場に潜入する。
女尊男卑な学院の方針に、平素からのストレスを鬱積させる男子達は、教師給料盗難事件で級友鳴尾を一方的に犯人扱いされた事をきっかけにしてクーデターを決起する。
課外授業で訪れたキャンプ地で、ひと夏の思い出作りに思案様々な生徒達。ひびきは告白に迫ってくる鼻息荒い青木を逃げるうちに楓子と二人きりに。その一方で、雨の一夜を二人きりで過ごすことになった深江と藤緒は…。
美保に背中を押され、深江にその想いを告白する藤緒。しかし放課後の屋上で交わされる青春の儀式には無情な結末が待っていた。更に追い討ちをかけるように知ってしまった深江の想い人に、藤緒は愕然とする。
巷に誘拐魔出没の噂が飛び交うさなか、始業時間になっても登校しない楓子の身を案じて学校を飛び出すひびき。クラ・ゲの機転で楓子を見つけ出したまでは良かったが、その現場で起こった火災で負傷してしまう。
入院した自分を献身的に見舞う楓子に、刹那ひびきである事を忘れる響。しかし、その陰にはひびきの正体を狙う教頭の姿が。そして、ひびきの退院を待ち構えたように開かれた全校朝礼で、眼前に提示されたのは…！？
ひびきの正体を知り、激しく動揺する生徒達。罵詈雑言を背に響が街を去ろうとするその日、学校では女子校化を目論む教頭達によって臨時学院総会が開催されていた。そのとき楓子の中にひびきとの日々が蘇る。
