新選組は池田屋に斬りこみをかけた。近藤勇は虎徹をふるって獅子奮迅の活躍をみせる。しかし、その刀は上洛前に貧しい浪人の娘おみねから買い取ったものだった。土方歳三はそれを偽物と見抜くが、虎徹と信じきっている近藤のために黙っている。のちにおみねが本物の虎徹を持って訪ねてくるが…。
発足まもない新選組は近藤派と芹沢鴨派に分かれて対立していた。土方は、隊の象徴となる旗には「誠」という字を使おうと思っていた。彼の情熱にうたれた染物屋の女主人お栄は、精魂こめて誠の旗を作る。いっぽう局中法度でしばられた芹沢たちは面白くない。そこで揺さぶりをかけようとお栄に目をつけた…。
芹沢鴨たちの乱行は目にあまるものがあった。このままでは新選組の評判は悪くなるばかりだ。京都守護職から呼び出されて釘をさされた土方と近藤はついに決意する。雨の夜、土方たちは芹沢の寝所に向かった。
素朴で腕もたつ田舎出丸出しの隊士鹿内薫に女が出来た。夫婦になるには手柄をたてて役付きになるしかない。原田左之助は彼に出世の機会を作ってやろうと危険な任務を与えた。土方は反対した。はたして、その危惧は的中する。
斎藤一は自分と昔なじみだという中倉主膳に乞われるまま、入隊の労をとってやる。その中倉が水戸の過激派・海仙寺党に後ろから斬られて死んだ。斎藤は中倉の仇討ちと自らの名誉のため、海仙寺にたった一人で斬り込む。
ある夜、大勢の浪士に襲われた土方は、おみねの機転で危機を脱した。しかしそれが原因でおみねは仕事をなくす。消息をたったおみねを案じる土方。愛するがゆえに土方を訪ねていかないおみね。不器用な男と女が織りなす淡い恋だった。
沖田総司は労咳（肺結核）だった。隊士の日野の紹介で医者に診てもらったが、長くはない命だった。そんなとき沖田は名刀菊一文字を手に入れる。七百年生きてきたこの刀に対する沖田の思い入れが悲劇を呼んだ。日野が浪士に斬られたのだ。
深町新作は竹生島詣での道中で京女おそのと出会い恋におちる。が、浪人の身では結婚は出来ない。そんな彼に長州の桂小五郎が新選組に入隊して情報を流してほしいと依頼してきた。深町はおそのと一緒になりたい一心で間者をひきうける。
山崎烝は町人だったが道場に通い、目録の腕前だった。ある時、道場にやってきた赤穂義士の子孫である大高忠兵衛に、先祖のことで侮辱を受ける。後年、新選組に入隊した山崎は、探索していた池田屋で憎き大高と再会した。
御所に出入りのある絵師の冷泉為恭は、公家から得た情報を所司代に売りわたしていた。そのため倒幕浪士から命を狙われている。冷泉の警護に新選組の大石鍬次郎があたった。土方は大石に守りをかためるより刺客を迎えうつ方法を考えろと言う。
七番隊をひきいる谷三十郎は、宝蔵院流の槍の名手だった。あるとき土方は、座興に谷と斎藤に模範試合をさせるが、決着がつかない。そんな二人の隊が大坂出張を命ぜられた。到着早々、七番隊が浪士に襲われて全滅し、口のうまい谷の主張が通って、斎藤が責任をとらされる。土方は斎藤の名誉回復のため、谷との試合の続きをさせるのだった。
履物屋の清作は武士になりたい一心で、新選組の入隊試験を受けた。はじめは不採用といわれたが、沖田が清作の店で姉に贈る下駄を買ったという縁でめでたく隊士となる。のちに清作は、隊の公金を狙った賊と戦いもせずに逃げだし、士道不覚悟で処断される。土方は偶然、履物を求めに入った店で清作の妹に新選組は鬼だと責められるのだった。
十津川の郷士は熱狂的な勤皇思想の持ち主で、名をあげるべく京の十津川屋敷と称される家にたむろしていた。若い千葉大輔もそんな一人で、上洛早々長州藩からある密命を受ける。一方、十津川郷士に部下を斬られた藤堂平助は、郷士を一網打尽にしたいと思っていた。また、沖田も所司代から、ある仕事を頼まれる。そして新選組が屋敷を襲撃する機会がおとずれた。
京で顔の広い隊士・佐野久次郎は、山南敬助に内密に頼まれ、本願寺の坊官との会合を斡旋してやる。その帰り道、酒乱の気のある佐野は酔った勢いで罪もない浪人を斬ってしまう。悔やんだ佐野は自分がやったことは伏せて浪人の妻につくすが、次第に彼女に心ひかれてゆく。が、町方の知らせで佐野の行いが土方の耳に入った。問いただす土方に、酔っていた佐野は斬りかかる。
北辰一刀流の剣客・伊東甲子太郎が弟子たちをつれて入隊した。同門の山南敬助は、共に国事に尽くそうと言われる。新選組の方針に疑問を抱いていた山南だったが、伊東にも共感できなかった。そんなとき山南は沖田が不治の病であることを知る。その夜、山南は隊を抜けた。彼を追ってきたのは、なんと沖田だった。追っ手がきたら斬ろうと思っていた山南だったが、彼は静かに剣を置くのだった。
新しく隊士を募るために、井上源三郎は八方に足を運んでいた。そうして集めた中に若い牧兵馬がいた。まもなく実践の訓練で戦いに参加した兵馬は、瀕死の敵にとどめをさすことを拒み、謹慎処分を受ける。井上は兵馬に名誉回復の機会を与えようと、木屋町二条にひそむ浪士の襲撃に加えた。浪士たちは鉄砲を撃ちかけてきた。功をあせった兵馬は、その弾の中に飛び出してゆく。
長沼流軍学を修めた武田観柳斎は、隊で兵法指南にあたっていたが、幕府がフランス式調練をとりいれたため焦っていた。そんな時、平隊士の一人が斬殺される事件がおきた。調べていくうち、武田の名前が出た。どうやら薩摩藩と内通しているらしいが、証拠がない。そこで土方は一計を案じた。罠にかかった武田は慌てて行動を起こす。しかし、沖田と斎藤に、銭取橋まで追いつめられるのだった。
伊東甲子太郎の親友・篠原泰之進は明るく磊落な性格で隊内でも人気があった。伊東は、篠原が承知すれば新選組を離れたいと思っていた。そんなとき篠原が法度違反を犯し、ついに伊東一派は隊から分離する。倒幕派となった伊東を新撰組は暗殺し、遺体を油小路に運び、伊東一派をおびきよせるが、駆けつけた中に藤堂平助もいた。皆は藤堂を逃がそうとするが、土方の剣がそれを許さなかった。
幕府と薩長軍との戦が目前にせまっていた。そんなとき、斎藤一はみなしごの少女おしづと知り合う。新選組や会津は、戦の最前線となる伏見に移ることになった。隊士たちは移転と身辺整理に忙しい。斎藤はおしづに養い親をみつけてやった。それが斎藤なりの身辺整理だった。が、おしづは斎藤のあとを追いかけ、行き倒れてしまう。斎藤は嘆かない。どうせ、あの世ですぐに会えるから・・・と。
伏見奉行所に陣をしいた新選組だったが、近藤が狙撃されて重傷を負い、病の重くなった沖田とともに大坂城に退いた。隊の指揮をまかされた土方のところに原田がきて、京都に残した女が産気づいたから会いに行きたい、と頼みにくる。土方は市中偵察の名目で原田を行かせてやる。ついに戦が始まった。子供が生まれるのを見届けた原田は、砲煙弾雨の中、伏見に駆けもどってくるのだった。
鳥羽伏見の戦いは、近代的な武器を備えた薩長軍の圧勝だった。新選組も井上源三郎が戦死し、山崎烝が重傷を負った。幕府軍は大坂城におちることになる。永倉新八は、大怪我で動けない若い隊士・宮田健吉を実家に送り届けるため、京に戻る。薩摩兵がうろつく中を、無事に宮田を母と姉の手に渡すが、宮田は手当てのかいもなく息をひきとり、母と姉も一足違いで敵の手にかかって死んでしまう。
大坂の幕府軍は江戸にひきあげることになった。土方は重傷の山崎烝をおいていこうとするが、山崎の「誠の旗のもとで死にたい」という願いをききいれ、連れていくことにする。出発の直前、ずっと山崎の看病にあたっていた許婚の久江が、自分を今、山崎の妻にしてほしいと言う。近藤を仲人に二人は祝言をあげた。新選組を乗せた船は大坂を出た。山崎は船中で息たえ、水葬されるのだった。
新選組は江戸に帰りついた。近藤は妻の看病で傷を癒し、原田・永倉は江戸の旧友に会い、土方は新選組再建のため奔走した。彼らは甲府城を守るよう命令され「甲陽鎮撫隊」として甲州に向かうが、ここでも官軍との戦に敗れて敗走する。原田と永倉は新選組の名を捨て、旗本たちと一緒に戦おうと近藤たちを誘う。だが近藤は席を蹴ってたつ。月明かりの中、近藤の傍らに立つのは土方だけだった。
江戸に戻った沖田は千駄ヶ谷の植木屋の離れで養生していた。が、姉のお光がつくってくれるご馳走も喉を通らないほど体が弱っている。ときどき仲間がやってきては沖田を励ましてくれるが、誰も来ないときは沖田は一人だ。吹いてくる風と馴染みになった。いよいよ情勢が緊迫し、お光さえも旅立っていく。官軍が江戸に入ったその日、土方が訪ねてきた。そして土方も去り、風行ってしまった。
近藤と土方は若い兵を集めて会津に連れていこうと下総・流山に仮陣営をしいていた。そのころ日野では土方の姉たちが官軍に捕われ、新選組の行く先を言えと責められていた。ついに流山は官軍にとり囲まれる。土方は戦おうとするが、近藤は出頭すると言い出す。近藤は流山を戦火にさらし、いたずらに若者たちを死なせたくはなかったのだ。土方の呼ぶ声を背に、近藤はひとり去っていった。
土方は旧幕軍の榎本武揚らと箱館の五稜郭にいた。陸軍奉行並であったが、軍議などには参加しない。ただ新政府軍と決着をつける日を待っているのみだった。ある日、箱館の遊郭に京都の女がいると聞いて、土方は訪ねてみた。なんと女は土方を仇と狙う山南敬助の恋人だった。土方は名のらずに去る。総攻撃の日がきた。土方は女に名を明かし、命を大事にしろと告げて、戦火に去っていく。