拳銃を手に宝石店を襲撃、逃走した2人組の強盗犯を追う浅輪直樹（井ノ原快彦）。現在の肩書は渋谷中央警察署刑事課主任だ。走る直樹は目の前に突然現れた若い男と接触し倒れてしまうが、男は直樹を羨望の眼差しで見返すと新宿中央署の新藤亮（山田裕貴）と自己紹介、直樹とともに追跡を開始する。 とあるショッピングモールに逃げ込んだ犯人を見つけた直樹は、ゆっくりとその距離を狭め…一般客に害が及ばないよう気遣いながら、見事に強盗犯の身柄を確保する。 翌日、直樹が今では妻となった倫子（中越典子）と話していると人事から呼び出しの電話が入る。警視総監室に向かった直樹は、神田川警視総監（里見浩太朗）から、しがらみに左右されず初動捜査から送検まで一手に行うチームとして「特別捜査班」を立ち上げると聞かされる。そこには、班長に任命された男・宗方朔太郎（寺尾聰）の姿があった。 さっそく「特捜班」の部屋をあてがわれるが、メンバーは宗方と直樹の２人きり…。宗方から「特捜班」のメンバーを集めるように言われた直樹は、さっそく志保（羽田美智子）に声をかけるが、「うまくいかないんじゃないかな？」と断られてしまう。村瀬（津田寛治）は電話にも出てくれず、話を聞いてくれたのは矢沢（田口浩正）だけ。更に、矢沢によると青柳（吹越満）は警察を辞めてしまったという。そこで、直樹は矢沢とともに青柳に直談判をしに行くが、「戻っても同じ事の繰り返しだろ？」と言われてしまう。 そんな中、東中野署の村瀬から「特捜班」への“出動要請”が入る。事件は縄文土器の発掘現場で美穂（実咲凜音）という大学講師の遺体が発見された、というもの。そばには青酸性の毒物が入っていたと思われるビンが落ちており、警視庁捜査一課は服毒自殺と判断。後処理を村瀬らに押し付けたというが、村瀬はその判断に納得していないらしい。
ウェディングドレスを着た女性の遺体が見つかった。直樹（井ノ原快彦）らが臨場すると、新藤（山田裕貴）が現れ、今日から『特捜班』の仲間入りをしたと挨拶。戸惑う直樹らをよそに、新藤は睡眠薬のビンと錠剤が見つかったことから自殺ではないかという推理を披露する。 行方不明者届が出されていたことから、遺体の身元はホテルのコンシェルジュ・斎藤真希（中島亜梨沙）と判明。真希は遺体発見当日、同じホテルのフロント係・武村茂明（黄川田将也）と結婚式を挙げることになっていた。また、武村によると、式の前日、準備などのため真希はホテルに一人で宿泊していたという。 直樹らは、防犯カメラの映像を確認するが何も映っていない…。真希はどうやって遺体発見現場まで行ったのか？そんな中、真希が武村と観光文化庁局長の娘との仲を疑っていたという話が浮上する。これは自殺の動機になるのか？ 一方の青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）はホテルで宗方（寺尾聰）とばったり出くわす。宗方は、武村と真希の披露宴の席次表で気になった点があるという。 その頃、真澄（原沙知絵）の鑑定から、真希は不自然な形で凍死している可能性が高いことがわかった。ということは、他殺なのではないか？志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）は、島沢観光文化庁局長とホテルの関係に不審を抱き、調べることに。さらに直樹らは、関係者から話を聞くうちに空白の時間がある事に気が付き…？
自然と共生する設計で人気の建築家・森田亜紀子（冨樫真）の刺殺体が仕事部屋で発見された。第一発見者でアシスタントの北原里香（長尾純子）によると、亜紀子はとある町の設計コンペに参加しており、その設計模型が、何者かによって破壊されていた。コンペには近未来的なデザインで有名な建築家・大屋源治（下條アトム）も参加していた事が判明する。 青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）はその建築家・大屋の自宅へ。志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）は、コンペを持ちかけた不動産会社の担当・中岡孝（中野剛）、江波太門（伊嵜充則）の元へ聞き込みに向かう。 一方の直樹（井ノ原快彦）は、真澄（原沙知絵）から、被害者は傷口の形状から工作用のカッターナイフで刺された可能性が高いと聞く。 そんな中、大屋の靴が現場に残された足跡と一致！直樹らは住居侵入の容疑で大屋家の家宅捜索を行う。その様子を心配そうに見守る大屋の妻・千鶴（洞口依子）の動きが不審である事に新藤（山田裕貴）が気付き、単独で尾行を開始するが、そこで意外な事実が判明し―。 更に、今回のコンペはデキレースだったという話しを聞いた志保らは、関係者を洗い直し、新たな事実に辿り着くが…。
フリーライター・三好加奈子（松岡由美）の自宅床下から白骨遺体が見つかり、直樹（井ノ原快彦）らは現場に駆けつけた。加奈子は自宅を改装中で、遺体を発見したのはリフォーム工事を請け負っていた業者・村田肇（伊東孝明）たちだった。鑑識課の猪狩（伊東四朗）によると、遺体は男性で、死後5年以上が経過しているという。 加奈子は母を1年前に亡くし、父はグループホームに入居中で、現在ひとり暮らし。そんな加奈子の父・泰三（小松政夫）の名を聞いて、猪狩は驚く。なんと泰三は猪狩とかつて同じ所轄署にいた、元警視庁交通機動隊の副隊長だったのだ。 直樹は猪狩と共にグループホームで暮らす泰三を訪ねるが、泰三は認知症を患っており、猪狩のことを思い出せないばかりか、亡き妻の幻影に話しかけていた。ところが、リフォーム工事中に白骨遺体が見つかったことを知らせるとなぜか突然、リフォームだけはダメだと激しく取り乱す。 監察医・真澄（原沙知絵）の鑑定の結果、白骨遺体の死因は撲殺と判明。志保（羽田美智子）、村瀬（津田寛治）、青柳（吹越満）、矢沢（田口浩正）は遺体とともに見つかった遺留品から身元を探るべく捜査を進める。 そんな中、加奈子の家には7年前、シロアリ駆除業者が入ったことが判明。直樹や新藤（山田裕貴）がその駆除業者を当たったところ、意外な事実が浮かび上がる…！ その矢先、泰三が突然、猪狩を呼び出した。先日と違ってしっかりとした様子の泰三は一時的に記憶を取り戻したのか、猪狩と宗方班長（寺尾聰）の前で、「自分がやった」と殺人を告白するのだが…！？
高名な人形師・三橋涼子（大谷直子）の殴殺死体が自宅の工房で見つかった。第一発見者は近くで野球をやっていた小学生・柴田啓太（大嶺創羽）で、ボールを探すため工房に入ったところ、偶然、遺体を発見してしまう。その直後、たまたま涼子のもとを訪れた学童クラブの指導員・酒井菜々子（篠原ゆき子）によると、殺された涼子は近所では“子ども嫌い”として有名で、日頃より子どもたちに厳しく接していたため、保護者からのクレームを受けて菜々子が定期的に涼子の自宅を訪ねていたという。 現場に駆けつけた直樹（井ノ原快彦）は、遺体の手のひらに残された謎の圧迫痕が気にかかる。監察医の真澄（原沙知絵）の見立てでは死の直前、何かを強く握った痕と思われたが、現場にあった人形制作の道具とはどれも一致しなかった。 捜査を開始した直樹と新藤（山田裕貴）は事件の１週間前、涼子がある人物と偶然、再会していた事実をつかむ。その相手とは小学校教師の西川大吾（タモト清嵐）で、彼は子どもの頃、涼子に頼まれて五月人形のモデルをしたことがあると話す。 そんな中、14年前、涼子の夫で同じく人形師だった貴志（並樹史朗）が公園の階段から転落死していたことが判明。志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）が調べたところ、何者かに突き落とされた可能性があったとわかる。しかも、なんとその事故死の目撃者が菜々子だったことも発覚した…！ 貴志の事故死が14年前、大吾が人形のモデルになったのも14年前。奇妙な一致が引っかかった直樹は、大吾をモデルに涼子夫婦が制作した五月人形“子供大将”を鑑識課員・佐久間朗（宮近海斗）に調べてもらう。すると、意外な真実が浮かび上がり…!?
才能ある映画プロデューサー、近藤るみの刺された体が発見されました。 彼女は右の頬を打たれたようで、なじみのない赤い花を持っています。 彼女が取り組んでいた映画に関して特定の事実が明らかになり、チームは映画に関係する何人かの人々の質問を追求します。
神社の階段下で不動産会社の社長・西田正義（青山勝）の遺体が発見された。遺体の上に重なるようにして従業員の中島達也（村上剛基）も意識不明で倒れており、救急搬送された。しかも、奇妙な事に2人の周囲には大量の1万円札が散らばっており、中島は小さな招き猫を握りしめていた…。 まもなく意識を取り戻した中島は、直樹（井ノ原快彦）と新藤（山田裕貴）の聴取に対し、借金のことで西田と口論となり、もみ合った末に階段から落ちたと話す。しかし、監察医・真澄（原沙知絵）の検視によると、西田は転落死ではなく、鈍器で後頭部を殴打され殺害されたことが判明する。つまり、西田を殴った後で、階段から彼を落とし、さらに倒れた中島の上から現金をばらまいた第三の人物がいた事になる…。 そんなとき、中島が21年前、5歳のときに火事で被災した過去が発覚。当時、困り果てていた中島の母親と中島に手を差し伸べたのは西田であり、彼は一家に住居を提供したばかりか、成長した中島を雇い入れていたという。中島にとって西田は恩人以外の何者でもないように思えたが、志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）の調べで、西田の不動産会社が急速に業績を伸ばした背景が明らかになり…？ さらに、21年前の火災の際、自らの命と引き換えに中島を助け出した男性がいたと判明。命を投げ打って中島を救助したのは、西田の馴染みのスナックのママ・太田恵子（大島さと子）の夫だった…。 一方、宗方（寺尾聰）は、中島が握っていた招き猫に隠された、ある“秘密”を探り当てる。その新事実から事件の背景に潜む、切なくも悲しい真実が明らかになっていき…！？
会社社長・水上洋次郎（団時朗）の妻・康子（舟木幸）の遺体が、自宅プールで見つかった。直樹（井ノ原快彦）たち特捜班が臨場したところ、額にはV字型の傷が残されており、家の中に荒らされた形跡もあったことから強盗殺人の可能性が高いと考えられた。 監察医・真澄（原沙知絵）の検視の結果、死因は水死と判明。強盗が被害者を殴った上、プールで溺死させたのだろうか…。 しかし、志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）の調べで、洋次郎が営む会社“ノー二社”が後継者問題で揺れていたことがわかる。ノー二社は元々、小さな町工場だったが、80年代の終わりに発売した立体パズルが大ヒットしたのを機に、一大企業へと成長。洋次郎と康子は再婚同士で、康子は自身の連れ子・翔（森岡龍）を夫の後継者にしようと躍起になっており、古参の社員と対立を深めているようだった。 一方、青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）の聞き込みにより、遺体の第一発見者でもあるハウスクリーニング会社の社員・音無奈々（岡村いずみ）が度々、康子からパワハラを受けていたことがわかった。さらに、V字型の傷の凶器が、奈々の会社のチリトリであることが判明。奈々への疑惑が深まってきた矢先、突然、ハウスクリーニング会社の社長・和田幸太（出合正幸）から驚きの証言が…!? そんな中、直樹は康子の部屋の引き出しに挟まっていた、無限大のマークが書かれた一片の紙切れが気になって…!?
板橋区内の公園で、75歳の女性が後頭部を殴打されて殺害されているのが見つかった。臨場した直樹（井ノ原快彦）は、遺体の口が不自然に膨らんでいるのに気づく。なんと被害者の口の中にあったのは、ニセモノの警察バッジ。犯人は警察を挑発しているのだろうか…!？ 実は、この管内では被害者の口から警察バッジが見つかる殺人事件が過去2件、発生していた。そのため、見村岳（笠兼三）をはじめとする所轄署の刑事たちは同一犯による犯行と見て、“連続殺人犯X”を追いはじめる。 直樹ら特捜班は捜査の応援に入るが、見村たち所轄は特捜班には非協力的。署長の佐野真一郎（伊藤洋三郎）によると、前回の事件の際、本部からやってきた管理官の指揮に従ったせいで初動捜査が出遅れた苦い経験があるという。佐野はノンキャリアながら実力だけで警視まで昇進した人物で、そんな彼から改めて協力を依頼された直樹らは、過去の2件の事件も含め、手分けして一から捜査を行うことにする。 3件目の事件を追う直樹と新藤（山田裕貴）は、身寄りのない被害者が孤独にひっそりと暮らしていたことを確認するが、部屋の中で気になるものを見つけて…!? また、志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）は2件目の女性殺人事件を、青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）は最初に起きた男性の殺人事件をそれぞれ洗い直す。 連続殺人事件として捜査をしない特捜班に、人のいい佐野もさすがに苛立ちを見せはじめるが…やがて直樹ら特捜班の地道な捜査が衝撃の真実にたどり着く！
高森徹也法務大臣（中原丈雄）が殺害されたという一報が入り、直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は現場に急行する。ところが、刺殺されていたのは高森の妻・静江（藤井かほり）で、一同は混乱。しかも、そこへ組織犯罪対策部第三課＝“組対”が荒々しく乗り込んできた。 1年前の合同捜査で9係を解散に追い込んだ組対の安達芳男課長（山下徹大）は、早くも凶器と思われるナイフを発見。組織犯罪撲滅を推進する高森大臣を恨む暴力団関係者が、高森と間違えて静江を殺害したと結論づける。たしかに、静江は夫とお揃いのジャケットと帽子を身に着けており、高森もまた「妻は自分の身代わりで殺された」と涙ながらに世間に訴えていた。 しかし、監察医・真澄（原沙知絵）の解剖と鑑識・佐久間（宮近海斗）の鑑定から、犯人の偽装が発覚。犯人は静江を刺し殺した後、ジャケットと帽子を遺体に着せていたことがわかったのだ。つまり高森と間違えて殺害したように見せかけ、最初から静江を狙っていたことになる。 そんな折、直樹と宗方（寺尾聰）は神田川警視総監（里見浩太朗）から呼び出される。神田川は直樹の前で、宗方が5年前に警察を辞めるまでどんな任務に就いていたのかを明かす。これまで一切語られることのなかった、宗方の衝撃の過去とは…!? その上で、宗方は今回の事件の真相に迫るには、自分が警察を辞めることになった5年前の事件、そして9係が解散させられた1年前の事件を調べ直す必要があると直樹に告げる。 宗方によると、2つの事件は共に高森が関わっているというのだが、いったい5年前、宗方に何があったのか…!? そして9係の解散と高森の関係とは…!?
菓子銘店が集う催事場でスイーツを堪能している特捜班主任の直樹（井ノ原快彦）と妻の倫子（中越典子）、そして若手刑事・新藤（山田裕貴）。お菓子のネット販売を始めたいという倫子の希望を形にするため、直樹がパソコンに強い新藤を呼び出したのだ。新藤がスマートフォンでライブ配信のできるアプリを紹介していたその時、ビルの上層階が突然爆発する！ その頃、高層ビル付近の路上を車で走っていた青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）、特捜班の部屋でテレビの生中継を見ていた志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）、そして班長の宗方（寺尾聰）…爆発に遭遇した直樹らだけでなく、特捜班の面々は同時にこの惨状を目撃していた。 青柳と矢沢は爆発後にビルから飛び出してきた二人組を追跡。志保と村瀬はテレビに映っていた、まるでこれから起こることを知っているかのように上を見ている男女二人組を突き止める。 一方、直樹と新藤は負傷者の救助をするため病院にいた。そこで手掛かりを入手した直樹は聞き込みを開始。それぞれ特捜班のメンバーが追っている人物は、何者かに「最期にぜいたくさせてやる」と言われてSNSで集められた自殺志願者たちだということが判明する。その中に、風船を運び込んだ人がいると知った直樹は、風船に可燃性のガスが詰まっていた可能性に思い当たる。爆発で死亡した主催者にライターを手渡した人物が怪しいと踏んだ直樹は、病院に戻って地道に聞き込みを再開。 そんな直樹に、新藤は“もっと効率的に捜査がしたい”と不満を漏らす。「効率のいい捜査なんてない」と言う直樹に反発した新藤は、別行動をすると収穫のないまま、ひとり特捜班に戻る。しかし、その後、直樹と連絡がとれなくなってしまい…？
出版社が主催する、作家・蓮見洋司の小説の読書会に参加申し込みをしていた同出版社の社員で校閲部の村上光代。開始時間になっても現れない光代を心配した受付の牧田結は、何度も携帯に電話をかけるが、コール音が続くばかり…。 その頃、携帯電話の着信音が鳴り続けているのを不審に思った見回り中の警備員が音のする方へ歩いていくと、地下の倉庫で光代が息絶えていた。 たまたま、読書会と同じフロアで裁縫教室を受講していた特捜班の班長・宗方朔太郎（寺尾聰）が、騒ぎを聞きつけて特捜班に連絡。警部補に昇進して、会議に出席していた浅輪直樹（井ノ原快彦）以外のメンバーが到着し、捜査を開始する。 いつも直樹とのペアで捜査をしている新藤亮（山田裕貴）がオロオロしているのを見かねた小宮山志保（羽田美智子）は、新藤を連れて校閲部の聞き込みに向かう。そこで、光代が校閲の内容で、よく編集者ともめていたという情報をつかむ。 また、文芸編集部では、編集者の梶浦裕哉が、光代にしつこくメールを送ってきていたというストーカーの存在をほのめかす証言をしたため、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、その線で捜査を進める。 一方、直樹と村瀬健吾（津田寛治）は、光代のバッグに入っていた2冊の同名小説を読み比べてみることに。読み進めるうち、直樹はあることに気が付くが…。容疑者が増えていく中で、小説に隠された“秘密”とは!?
人気の棋士・長井千里からの脅迫状が特別捜査チーム全員を動員し、凶悪殺人事件をめぐる新たな捜査を開始。 チームはキラーを見つけることができますか？
大手不動産会社の社長・二戸部剛（新納敏正）の遺体が発見された。特捜班が臨場するが、遺体は階段下にあり、足を滑らせた跡が見つかったことから、事件と事故どちらの可能性も捨てきれないことがわかる。 二戸部の不動産会社に向かった浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）は、秘書から、二戸部がホテルのレストランで、広告会社の女性・古関真由子（松田るか）と二人きりで会食していたことを聞き出す。さらに小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）が、二戸部がレストランだけでなくホテルの部屋も予約していたことを突き止める。 一方、班長の宗方朔太郎（寺尾聰）は、自ら二戸部の解剖に立ち会うと宣言し、関東監察医務院へ。二戸部の入れ墨を見て驚く監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）を横目に、宗方は二戸部の事を「この目で確かめに来た」と、静かに告げる…。 その頃、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、二戸部が最後に電話をした相手・山川晃（江端英久）のもとへ。山川の話から二戸部がかつて暴力団・龍丸会の若手ナンバーワンだったことがわかる。 さらに、二戸部と山川が30年前に、鑑識課の猪狩哲治（伊東四朗）行きつけの喫茶店のウエイトレスが殺された事件の被疑者だったことが判明。30年前の事件と二戸部の死には関連があるのか…!? 特捜班は平成最後の日に、昭和の未解決事件を解決し、新時代・令和に突入するべく奔走する！
連続通り魔事件を捜査中の特捜班は、たまたま貿易会社社長宅の火事に遭遇する。現場に駆けつけた浅輪直樹（井ノ原快彦）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）は、取り乱した様子の家政婦、赤羽柚月（村岡希美）と話す。まだ社長夫人が中にいるらしい。しかし、直樹が現場で発見した腕時計を目にした瞬間、態度を一変させ「私が火事を起こした」と言い始める。 焼け跡から発見された遺体は、オシャレな暮らしぶりで有名なセレブ妻の間野妃里子（岩橋道子）と判明する。 火元は妃里子が寝室として使っていた豪邸の離れで、柚月は自分が窓を閉め忘れたから、アロマキャンドルの火がカーテンに燃え移って火事になったと語る。しかし、直樹は腕時計を見て動揺した柚月の様子から、彼女が何かを隠しているのではないかと疑う。 火事の通報をした妃里子のスタイリスト・亀谷有三（村上航）も、柚月がすべての家事を完ぺきにこなすスーパー家政婦で、窓を閉め忘れるようなミスをするとは思えないと言う。また、解剖結果からも火災による死亡で間違いないことが明らかになるが、直樹はどうしても柚月の態度が引っかかり…。 事件が業務上過失致死傷で落ち着きそうになる中、青柳が念のために確認した防犯カメラの映像に裏口を出入りする男の姿が映っているのを発見。男の画像を見た妃里子の夫・間野敦郎（中村まこと）は、意外な人物の名前を口にする…！
行列のできる焼き菓子の名店『のぐち』の店主・野口功子（秋野暢子）が殺された。死因は背中から胸の大動脈を傷つけられたことによる失血死で、凶器は殺害現場の厨房にあったペティナイフ。レジの金が抜き取られていたこともあり、特捜班は怨恨と物取りの両面から捜査を開始する。 遺体の第一発見者は島崎透（須藤公一）というデパートの営業マン。島崎はデパートの得意客・村岡芳美（三倉茉奈）から『のぐち』を紹介され、功子の作るアップルパイの虜に。以来、デパートに出店してほしいと功子を説得するため『のぐち』に通いつめていたという。 いつもより2時間も早く店を閉めようとしていた功子は、島崎を追い返してすぐ、藤本理沙（木下あゆ美）というパティシエと電話していた。それが最後の電話だと知った浅輪直樹（井ノ原快彦）は衝撃を受ける。ついさきほど妻・倫子（中越典子）からケーキ店『ミヤハラ』で働いていた頃の友人だと、理沙を紹介されたばかりだったのだ！ そんな中、理沙が『ミヤハラ』を辞めた後、『のぐち』で働いていたことも判明する。 一方、島崎に『のぐち』を紹介した芳美のもとへ向かった小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）は、芳美もかつて『のぐち』で働いており、当時、理沙と芳美のほかに坂出鈴（おりもりお）という弟子がいたことを聞き出す。さらに、理沙と鈴の間には『のぐち』の後継者を巡る微妙な確執があったこともわかり…。 直樹は12年前に何があったのか、そして後継者争いの真相を調べるため、再び理沙のもとへ…。特捜班が時をさかのぼって真相に迫る！
タワーマンションの一室で女性の変死体が見つかり、直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。遺体の頭部には傷があり、鑑識課の佐久間朗（宮近海斗）いわく、死後数日経っているらしい。また、この被害者の女性は住民ではないことがわかる。 第一発見者は、この部屋を仕事場にしている売れっ子シナリオライター・皆川（近藤公園）と妻・悦子（櫻井淳子）。リフレッシュを兼ねた沖縄旅行から帰ってきて遺体を発見したが、被害者と面識はないという。旅行中、民泊として部屋を貸し出していたという皆川の話を聞いた特捜班はそれに絡んだ事件ではないかと疑い、近隣住民に聞き込みを開始する。 また、マンションはセキュリティもしっかりしており、防犯カメラには出入りする人物達が映っていた。エントランスにある防犯カメラの映像をチェックしていた矢沢（田口浩正）は、被害者が殺害前日からマンションに来ていたことをつき止める。しかし、現場に鍵はなく、しかも発見時は施錠されていたことから、被害者がどうやって部屋に入ったのか、さらに、カメラの映像に映ったときには持っていたバッグがなくなっているなど、謎は深まるばかり…。 そんな中、班長の宗方（寺尾聰）が被害者の身元を割り出す！ 被害者は落合美奈（上野なつひ）という名前の女性だった。美奈のアルバイト先での聞き込みや、犯行当日の防犯カメラの映像を調べていくうちに、事態は二転三転。予想外の展開を見せ始める！
刑事部長・三原達朗（飯田基祐）の大学時代の友人で、AI（人工知能）を製作する会社の社長・田嶋康太（大浦龍宇一）がプールで死亡。死因は水泳中の心臓発作で間違いないと思われたが、監察医の早瀬川真澄（原沙知絵）は、アレルギーの原因となる物質を口にして2時間以内に激しい運動をしたことによる食物依存性運動誘発アナフィラキシーショックで心臓停止に至った可能性も考えられるという。 浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、三原刑事部長から、田嶋の死の真相を明らかにするよう依頼される。いつもは特捜班を目の敵にする刑事部長が自ら依頼しにきた事に、驚きを隠せない面々だったが、事件の真相を解明するために動き出す。 捜査を開始した特捜班のメンバーはそれぞれ聞き込みを行い、田嶋が看護師の曽我景子（大浦千佳）と口論していたという目撃談や、クッキングスクールを任されていた元妻の江守美佐（久世星佳）が、田嶋からスクール閉鎖を通達されていたという事実をつき止める。 さらに、田嶋と広報の北村萌香（小橋めぐみ）が男女の関係にあったことや、商品開発部の早乙女凛（新山千春）がAIロボットを巡って田嶋に不満をもっていたことも明らかに！ 次から次に判明する田嶋を巡る女の存在…。更に、最新の人工知能を持ち合わせたAIロボットの謎に特捜班が挑む！
青柳靖（吹越満）は垣内妙子（遠藤久美子）と浅草の寄席で落語を聴く約束をしていた。先に到着していた妙子の元に駆け寄る青柳だが、ふと視線を感じ、そちらを見ると一人の男が、自分たちの方を見ていた…。その男の顔を見た瞬間、青柳は妙子に先に中に入っているよう告げ、男を追う。 先に一人で席に着いた妙子は、近くの席にいた老人・中沢幸平（勝部演之）からたい焼きをおすそ分けしてもらう。しかしその直後、たい焼きを食べながら落語を聴いていた中沢が、突然胸をかきむしりながら苦しみ始める。妙子が慌てて介抱しようとしたところにようやく青柳も到着するが、中沢は絶命してしまう…。 解剖の結果、死因はたい焼きに混入されていた青酸カリによる中毒死と判明する。 浅輪直樹（井ノ原快彦）らが、中沢行きつけのたい焼き店の店主・杉田健次郎（松浦慎一郎）や、ずっとひいきにしてもらっていたという落語家の春楽亭柳三（笠兼三）らに聞き込みをしたところ、中沢は誰からも好かれるご隠居で、恨みを買うはずがないという。しかし、小宮山志保（羽田美智子）らの捜査で中沢の自宅が荒らされていることがわかる。 一方、なにか思うところがあるようで、様子のおかしい青柳…。彼は、心配する矢沢英明（田口浩正）に、寄席の前にいた男が、暴力団・龍丸会の構成員・塩田徹（大鷹明良）だったことを告げる。実は、塩田は過去に妙子をひどい目に遭わせた、青柳にとっても因縁の男だったのだ！ 青柳と妙子のつらい過去を知る矢沢や直樹らは、青柳の単独行動を許し、そっと見守ることに…。 そんな中、ひどい暴行を受けた若い男の遺体が見つかる。被害者が死亡時に握りしめていたバッジを調べると、龍丸会のフロント企業の社章だということが判明する。 誰からも好かれる浅草の隠居老人と暴力団…。一見、まったく無関係に見える二つの事件が交差したとき、明らかになる真実とは…？
ある日、鑑識課の猪狩哲治（伊東四朗）が、特捜班を訪ねてきた。世間をにぎわせている大手通販会社の社長・橘 英輔（大西武志）と副社長・三島綾香（三輪ひとみ）の心中に納得がいかないという。猪狩は、6年前に橘の悪徳商法に引っかかり、自殺に追い込まれた森山隆一（松田章）の友人で、「橘のような悪党が自殺するわけがない」と憤慨していた。さらに猪狩によると、橘と綾香の死亡推定時刻には1時間のズレがあるという。浅輪直樹（井ノ原快彦）は、特捜班が捜査を引き受けると宣言する。 二人がベランダから飛び降りたと見られる橘のマンションに向かった直樹と新藤亮（山田裕貴）だったが、事件当日は防犯カメラのメンテナンスの日で、マンション内の映像が一切ないことに違和感を覚える。 さらに、司法解剖の結果、綾香は転落死で間違いないが、橘の死因は鈍器のようなもので頭部を殴られたことによる脳挫傷だということが判明。また、橘の部屋を調べていた鑑識課が、現場に残されたわずかな血痕を発見。自殺ではなく、他殺の可能性が浮上する。 一方、6年前の悪徳商法について所轄署に話を聞きに行った小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）は、悪質な商売をしていた橘と闘おうとしていた弁護士・佐々木麻里（馬渕英里何）の存在を知る。現在も橘の罪を追及するために活動を続けているという麻里から、当時の被害者リストをもらった志保らは、猪狩の友人の森山以外にも自殺に追い込まれた人物がいる事を知る。さらに、6年前の事件の真相も明らかになり…事態は急展開。意外な人物が捜査線上に浮かび上がる…！
弁護士の小林則夫（坂本直季）が死亡する事件が発生し、特捜班が臨場する。ほぼ無傷の遺体は、指先だけが切れており、床に血で『J・P』と書かれていた。“これはダイイングメッセージか!?”と考える浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班の面々だが、監察医の早瀬川真澄（原沙知絵）の解剖によると、死因は不明…。 一方、鑑識課の解析により、すべて同じ背広姿の男を隠し撮りした大量の写真がスマートフォンに残っていることがわかる。それを見た班長の宗方朔太郎（寺尾聰）は、写真の背景から撮影された場所は東京地方裁判所だと指摘。さらに調べを進めると、写真に映っている人物が裁判官の櫻井潤（嶋田久作）であることが判明する。 特捜班が、小林と櫻井の接点を調べ始めた矢先、第2の死亡事件が発生！ 死亡したのは、弁護士の松井浩史（古河耕史）で、床には血で『J』の文字が！ 小林と同様死因は不明だが、松井の足裏に軽度の熱傷があることが判明。真澄は、二人は感電死した可能性があると言い、二人の弁護士の死は、連続殺人事件の様相を見せ始める。 櫻井と二人の弁護士の接点を調べる中で、松井が元々検事だったヤメ検弁護士だということが分かる。さらに、12年前の『青酸ガス無差別殺人事件』でのつながりを見つける。当時の関係者にも聞き込みを始めるが、上からは圧力がかかる事になる。 しかしそんな中、裁判所から刑事部長の三原達朗（飯田基祐）に、しつこく櫻井に聞き込みをするなとクレームが入り、直樹が降格の危機に…。さらに、優しく人に寄り添いながらも正義を貫く直樹の姿を見た宗方はある決意を固め、特捜班に運命のときがやってくる…。
前班長が去ってから9カ月…。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班のもとには、捜査一課からの応援要請が来なくなり、メンバーは警備など地道な仕事にばかり駆り出されていた。組織内には、特捜班への遺恨を持ったまま警視庁を追われた元刑事部長・三原達朗（飯田基祐）の影響力が、いまだに残っていたのだ…。 そんなある日、特捜班が多摩川の河川敷で防犯イベントの警備に当たっていたところ、市長の挨拶を橋上で見学していた市民が突如、銃撃される事件が発生！ 直樹はすぐさま倒れた男性のもとに駆けつけるが、すでに絶命していた。しかも、現場は東京都と神奈川県の境にあたり、どちらの管轄になるか両警察が互いにけん制しあう微妙な空気に…。 だが、そこに颯爽と現れたのは、あの三原だった。降格人事で警察庁に戻され、刑事局広域捜査担当審議官に就任した三原は、この事件を現在捜査中の連続殺人の3件目として捜査すると宣言する。 その連続殺人事件とは――1件目は池袋で中華料理チェーンの経営者が、2件目は横浜でイベント企画会社の社長が同じライフル銃で射殺されたというもの。被害者2人につながりはなく、捜査本部は無差別連続殺人と考えていた。そして特捜班が居合わせた3件目の事件の被害者は、退職したばかりの元刑事・北村龍一（モロ師岡）と判明。確かに殺された3人には接点はなさそうだが、本当に無差別殺人と断定してよいのだろうか…!? 疑問を抱いた直樹は無要請にもかかわらず、特捜班のメンバーと手分けして捜査を開始する…！
警視庁捜査一課特捜班の浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）は、たまたま「目を離したすきにスーツケースを盗まれた」と主張する男性・八田義和（永井大）に遭遇。一緒に彼の荷物を探していた。 そこへ、特捜班メンバー・村瀬健吾（津田寛治）から連絡が入り、造船所に遺棄されたスーツケースの中から週刊誌記者・柴山里美（雛形あきこ）の遺体が発見されたと知る。状況を聞いた直樹は、驚愕…！ 遺体が入っていたスーツケースと八田が盗まれたと主張するものの特徴が、一致したのだ。しかも、殺害された里美は八田の元妻だとわかる。 八田によると前夜、里美から「話がある」と自宅に呼び出されたものの、彼女は留守で室内にはスーツケースだけが置いてあったという。以前も、急な出張が決まった里美に頼まれて荷物をホテルまで運んだ経験があった八田は、まさか中に遺体が入っているとは思わず、気を利かせたつもりでスーツケースをホテルまで運ぶことにしたのだと話す。しかし、あまりに重かったため道の脇に置いてタクシーを探しに行ったところ、その間にスーツケースが消えていた、と振り返る。八田はまた、里美とは彼女の浮気が原因で別れたが、離婚後も友人のような関係が続いていたとも打ち明ける…。 すぐに捜査に乗り出した、特捜班。里美が勤務する週刊誌の編集長・門倉哲夫（松田賢二）によれば、里美はエース級の記者で敵も多かった模様。最近も人気俳優・加賀美涼平（町井祥真）のスキャンダルをスクープしたばかりで、その違約金は2億円ともいわれていた。さらに里美は、国会議員・海藤誠一郎（徳山秀典）の秘書・牧村祐二（矢島健一）の名刺を所持していた。しかも、里美の自宅からはノートパソコンやファイルなどが持ち出されていることが判明。犯人の狙いは、里美の取材データだったのか…!? それとも記事にされた者が、逆恨みで殺害に及んだのか…!? 元夫の八田、里美の浮気相手・寺川秀介（金井勇太）、俳優・加賀美、議員秘書の牧村を手分けして調べていく特捜班メンバーたち。捜査を進めるうち、里美が握っていた情報が見えてきて…？
フレンチレストランのオーナー・栗原俊也（斉藤悠）が店内で撲殺されているのが見つかる。特捜班メンバーが臨場すると、凶器は見つかっておらず、レジから売上金が盗まれていた。第一発見者となった従業員の青山香織（佐藤玲）は、栗原の横暴な仕事ぶりに反感を持っていたと告白しつつ、犯行推定時刻、ヘッドスパに行っていたと告げる。 現場でどこか風景の写っている写真の切れ端を見つけ、不審に思った浅輪直樹（井ノ原快彦）は鑑識の佐久間朗（宮近海斗）に解析を依頼。その後、香織のアリバイを確かめるため、ヘッドスパの店を訪ねる。 ヘッドスパリストの江藤ゆり子（真飛聖）は香織の話した通りの時間、施術をしていたと証言。香織は施術料が高額にも関わらず、ゆり子の店に足しげく通っていたようで、ゆり子は、顧客たちが頭のマッサージを受けるだけでなく、さまざまな悩みを打ち明けているのだと話す。 数日後、直樹が栗原の店で見つけた風景写真の切れ端に写っていた場所を訪ねていると、近くの一軒家から悲鳴が聞こえてくる。会社役員をしている篠田浩一（緋田康人）が頭から血を流し、死んでいるのを外出先から帰宅した妻の絵美子（山口香緒里）が発見したのだ。 ふたつの事件は同一犯によるものなのか？ 特捜班が捜査を進めると、ゆり子、香織、絵美子の3人の、幼い頃の壮絶な体験が明らかになり…。
警視庁捜査一課特捜班のメンバー・新藤亮（山田裕貴）が休日、ネットの生配信番組「マジシャンズ・ライ～マジシャンのトリック見抜いて100万円～」の観覧に出かける。番組はマジシャンがその場で披露するマジックを、挑戦者の一般人が見破るという内容だった。 先週、トリックを見破られたミステリオ遠野（渋江譲二）と、遠野を追い詰めた江上秀平（池内万作）の対決が始まった直後、事件が起きる。本番中、マジックのネタとなる古文書に触れていた江上が突然せき込み、スタッフが差し出した水を飲んだ途端、のどをかきむしりながら転倒。その直後、口から煙を吐き出している様子が全世界に配信されてしまう。 現場に駆け付けた浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、番組プロデューサー兼司会の磯山真司（水橋研二）らに聞き込みを行うなど、捜査を開始。すると、本番前に江上の楽屋から飛び出してきた少年がいることがわかり、水に毒を入れた可能性が浮上する。 青柳靖（吹越満）が遠野を怪しむ一方、小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）はマジックのネタを明かす「マジシャンズ・ライ」に抗議文を送っていたマジシャンの組合を訪ねる。志保たちはそこで、江上の過去にまつわる驚きの事実を知ることに。 江上の楽屋から飛び出した少年を探す直樹と新藤はやがて、高校を中退して働く志倉登（小原唯和）にたどり着く。しかし、登は直樹らを見た途端に逃げてしまい…。
警視庁・特捜班で国木田誠二（中村梅雀）は自分宛の封書を見つける。差出人に見覚えのある国木田が手紙を読むと、慌てた様子で出かけてしまう。 ちょうど出先から帰ってきた浅輪直樹（井ノ原快彦）は、新藤亮（山田裕貴）から電話をもらう。新藤は早瀬川真澄（原沙知絵）に呼び出され、監察医務院に出向いていた。 直樹は真澄から、自殺した女性の遺体を解剖したところ、他殺の疑いがあると聞かされる。ところが所轄が自殺と決めつけ、真澄の言うことに耳を貸さないというのだ。自殺でなく、他殺を疑う根拠はどこにあるのか？ 真澄は、遺体の口紅が女性自身で塗ったとは思えないほど雑にはみ出していたことに違和感を抱いたと告げる。詳しく調べたところ、前歯に微量の血液が付着し、さらにその血液が、亡くなった女性のものではなかったという。 直樹は、この遺体の主が竹内沙織（竹内恵美）と知り、驚く。沙織は直樹の所轄時代の先輩・門脇健治（橋本さとし）の元不倫相手で、門脇が警察を辞めざるをえなかったのも、沙織との仲が公になったからだった。 直樹から連絡を受けた青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、かつて沙織が勤務していた所轄を訪ねる。すると、不倫発覚後、署内で立場を悪くした沙織を上司が気遣っていたことがわかる。 直樹は、いまやテレビのコメンテーターとして売れっ子の門脇に電話をし、沙織が自殺したことを告げる。門脇は驚きながら、沙織とは10年以上会っていないというが…。 その直後、沙織に好意を寄せていた男性がいることが判明。沙織のアパートを訪ねた青柳と矢沢は、彼女に交際を迫っていたという和田孝雄（おおたけこういち）が不審な様子でアパート周辺を動き回っているのを目撃する。 和田を任意同行した青柳たちは、門脇に関する驚きの事実を聞かされる。
公園で若い男性が頭から血を流して亡くなっているのが見つかる。どうやら、石段から転落したようだった。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が現場に駆け付けると、ベテラン鑑識官の猪狩哲治（伊東四朗）を見つける。鑑識官たちが臨場を進める一方、地面には車いすの轍の跡が縦横についていた。 亡くなったのは天野祐介（橋本良亮）という青年で、職業は顧客の資産を運用するライフスタイルアドバイザーと判明。倒れていた彼を見つけたのは、近所にある老人介護施設の介護士だった。レクリエーションをするため公園に出かけたところ、入居者の大谷真二郎（原金太郎）がいなくなり、探している途中で天野の遺体を発見したのだ。 驚くことに、天野は老人介護施設に出入りしていた。それも仕事でなく、ボランティアとしてお年寄りたちの面倒を見ていたという。直樹がお年寄りたちに話を聞く限り、天野は好青年に思われたが、そこに大谷が現れ「天野は死んで当然の男だ！」と言い出す。 天野は昨年結婚したばかりで、妻は出産間近だった。青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は妻から、優しかった夫がここ数か月、様子がおかしかったとの証言を得る。 天野には、別の顔もあったと判明するが…？
道端で警備会社に勤める女性の絞殺体が見つかり、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は捜査を開始する。 被害者のポケットには値札がついたダイヤの指輪が入っていたため、指輪が盗まれた宝石店を小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）が訪ねる。防犯カメラの映像を確認すると、今回の被害者と女性がもめている様子が映っていた。 一方、直樹と新藤亮（山田裕貴）は被害者が殺される寸前に電話をしていた相手を訪ねる。向かった先にいた女性は、今回の事件を聞き、顔を強張らせる。被害者との関係を聞くと、12年前に亡くなった息子の知り合いであり、電話では世間話をしただけだと言葉を濁すが…。 青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、被害者の勤務先を訪問。死亡した女性が“万引きGメン”としてテレビに出た経験もあり、仕事柄、万引きをして捕まった人々から恨みを買うこともあったようだが…。 やがて、被害者と電話で話していた女性との関係性が徐々に明らかになり…。
マンションの一室で住人・桜川梨花（小林涼子）が首を吊って亡くなっているのが見つかる。部屋は荒らされた様子もなく、自殺と思われたが小宮山志保（羽田美智子）が異議を唱える。洗濯物が洗ったままとなっていたのだ。自殺をする前に洗濯をするとは考えられないと言う。しかし、玄関の鍵は閉まっており、現場は完全な密室。誰かが自殺を偽装したのではないかと思われる。 第一発見者は梨花が役員を務めるNPO団体の代表・長谷岡幹子（千葉雅子）だった。話を聞いた青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、彼女に疑惑の目を向ける。梨花を学生時代から面倒見てきた幹子は、何かあったときのために、部屋の合鍵を持っていたのだ。遺体を見つけた際も、梨花と連絡が取れず心配になり、部屋を訪問。鍵がかかっていたものの、室内から電話の音が聞こえたため、合鍵で部屋に入ったという。青柳は幹子の腕に、大きな絆創膏が貼ってあることに目をつける。一方、梨花の部屋周辺を捜査していた浅輪直樹（井ノ原快彦）は、マンションのエントランスで気になるものを見つけて…。
浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、女性を殺害した容疑で、吉井宏也（一ノ瀬颯）という青年を緊急逮捕する。吉井は1年前にも別の女性を殺害した容疑をかけられていたが、証拠不十分で送検されていなかった。 女性たちは吉井とSNSでやりとりをしたあと消息を絶ち、山中で遺体となって発見されていた。死因はともに、ロープで首を絞められたことによる窒息死。状況証拠は吉井が犯人と示していたが、現状では決定的な証拠が見つかっていなかったのだ。 取り調べで無罪を主張する吉井は、それぞれの被害者が身内や恋人とトラブルを抱えていたと言い出す。特捜班のメンバーは吉井が口からでまかせを言っているだけだとあきれるが、村瀬健吾（津田寛治）があることに気づく。吉井は前回の逮捕で送検前に釈放されたため、送検が逮捕後48時間以内に行わなければいけないことを知っているのではないか？ 今回も48時間の時間稼ぎのために、直樹たちが調べ直す必要のあることを言い出しているのではないかと…。 誰もが憤る中、国木田誠二（中村梅雀）は必ず裏を取るよう命じる。そうでなければ、班長として送検書類は出せないと。この時点で残り時間45時間。吉井を送検すべく特捜班の戦いが始まる。 時間ばかり過ぎていく中、元法務省事務次官である吉井の父親・大二郎（鈴木晋介）が、息子の逮捕は不当であると思わぬ圧力をかけてきて…。
浅輪直樹（井ノ原快彦）は、国木田誠二（中村梅雀）の歓迎会を開くことを特捜班の面々に提案するが、しかし国木田は、直樹たちと馴れ合うつもりはないと改めて念を押す始末。すると国木田の電話に着信が…。 直後、国木田はある男性と対峙していた。ふたりの間に流れる不穏な空気…。国木田は男性から「信用していない」、「あなたの間違いを正す」と穏やかでない言葉をぶつけられていた。 翌日、男性が遺体で発見される。事件現場に駆けつけた直樹は、男性の遺体の近くで特徴のあるペンを見つける。 やがて、衝撃の事実が判明する。被害者は西島政信（風間晋之介）という人物で、西島こそ事件当日、国木田と会っていた男性だった。なぜ国木田は事件被害者の身元に気付いていながら、明かさなかったのか？直樹ら特捜メンバーの国木田への疑念が深まる中、国木田は検事の渡辺理人（佐野史郎）から電話を受ける。渡辺は事件について何かを知っているようで…。
死後10日ほど経過した若い女性の刺殺体が、寂れた雑居ビルの空き店舗で見つかった。さっそく浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が、捜査を開始。遺体の身元は昨年、故郷の大分県から上京した女子大学生・澤村香奈とわかる。香奈は新たな環境になじめなかったらしく、大学にはほとんど顔を出していなかったようで、寂しさを埋めるためなのかマッチングアプリを使っていたことが判明。青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、事件直前、彼女がある男と会う約束をしていたことを突き止める。一方、小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）は、被害者の住むアパートでしつこくチャイムを鳴らしていた不審な男がいたことを調べ上げる。また、直樹と新藤亮（山田裕貴）は、香奈が大学内に残したわずかな痕跡を根気強く探っていた。 その矢先、監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）が重要な情報をもたらす。香奈を殺害した凶器と、先日発生した弁護士夫婦強盗殺人事件の凶器のナイフの特徴が一致するというのだ。弁護士夫婦強盗殺人事件の被疑者・八木敬司はすでに逮捕・送検され、検察で取り調べを受けていたが、一貫して犯行を否認。自身が目撃した、黒いジャンパーの男こそ真犯人だと主張していた。 検察で取り調べ中の八木に話を聞こうとする直樹だったが、大きな壁が立ちはだかる。それは、東京地検次席検事・渡辺理人（佐野史郎）。特捜班の班長・国木田誠二（中村梅雀）と深い因縁を持つ渡辺は、特捜班の依頼を冷酷にはねつけて…。
アパレルメーカーのデザイナー・浅川塔子（広山詞葉）が、自宅で撲殺されているのが見つかった。臨場した浅輪直樹（井ノ原快彦）は、第一発見者である２人、食品メーカー勤務・鈴木真央（梶原ひかり）と主婦・岡野久美（池亀未紘）から話を聞く。彼女たちによると、塔子を含めた３人は、“2.5次元俳優”の結城翔（久保田秀敏）の大ファン。事件前日も結城の舞台を観るために集まったというが、直樹は突然、２人から「私たちも命を狙われている。かくまってほしい」と頼み込まれてビックリする。 実は３年ほど前から、３人はインターネットで結城のネガティブなニセ情報を流す人物を見つけ出して追及する活動を開始。それが徐々に、不正受給者や悪質なクレイマーなどズルい人間を探し出して塔子の“裏アカウント”でさらす、“ネット自警団”のような活動にエスカレートしていったという。だが最近、塔子たちへの殺人予告ともとれる差出人不明の脅迫メールが届いていたらしい。 さっそく捜査を始めた青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、結城のもとを訪ねる。彼は塔子がデザインを手掛けるブランドのイメージキャラクターを務めており、塔子とは親しかったが、自宅に行ったことはないと証言。しかし、２人はさわやかで好感度の高い結城が裏の顔を持っていることを直感。付き人の高橋一太（堀丞）が、何かを隠している様子なのにも気づく。 一方、塔子のオフィスに向かった小宮山志保（羽田美智子）と村瀬健吾（津田寛治）は、部下の証言から、彼女に恨みを抱く人物の存在をつかむ。それは３年前、塔子に追い出されるようにして退職した元チーフデザイナー・杉山英子（佐藤乃莉）だった。そして、新藤亮（山田裕貴）は、塔子たち３人が過去にネットで悪事をさらした人々を追いかけるが…!?
特捜班のメンバー・村瀬健吾(津田寛治)はある朝、戸惑いを抱えながら登庁していた。なぜなら、どうしても思い出せないものが見つかったのだ。それはブドウをかたどったイヤリング。着なくなった服を整理していたところ、古いスーツのポケットから出てきたのだが、いつどこで紛れ込んだのかまったく思い出すことができなかったのだ。 通勤途中に会った浅輪直樹(井ノ原快彦)に件のイヤリングを見せて心当たりがないか聞いてみるが、まったく知らないという。そんなことを直樹と話しているうち、村瀬は刑事として未熟だった直樹が主任になるまでの成長を思い返していく事に…。また、”犬猿の仲”青柳靖（吹越満）をはじめとする特捜班メンバーにも聞くが、皆イヤリングに見覚えはないと言う。いったいこのイヤリングは何だったのか？と考えるうちに、遺留品がポケットに残っていたのではないかという疑惑にたどり着く。しかし、大事な証拠品を紛失していたとなれば懲戒処分も免れないと聞きつけた村瀬は大いに焦る。村瀬は様々な記憶を呼び起こし、イヤリングの謎に迫ろうとする！ この日、特捜班には出動要請が入らず、何もかもが穏やかに過ぎていくと思われたのだが…？
仕事帰り、何者かに刺された村瀬健吾（津田寛治）――。直前まで一緒にいた小宮山志保（羽田美智子）は混乱するばかり。しかしそんな状況などおかまいなしに、管理官は志保を事情聴取し、まるで被疑者扱い…。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班メンバーも同様に聴取を受け、捜査本部が設置されるも特捜班の参加は許されなかった。疑いまでかけられて怒りの収まらない志保は、特捜班メンバーに独自で捜査することを提案。誰もが同じ気持ちで、さっそく事件を調べはじめる。 青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、手がかりを求めて地元の不良グループが入りびたるレストランへ。志保は班長の国木田誠二（中村梅雀）と事件現場を再訪する。 一方、直樹と新藤亮（山田裕貴）は119番通報が公衆電話から発信されたことを突き止める。説明が的確だったことから通報者は土地勘があるようだったが、なぜか名乗らないまま電話を切っていた。 ひとまず通報場所を訪れた直樹は、近くの一軒家の２階から自分たちの様子をうかがっている人物がいることに気づく。その家には、年金暮らしの母・溝口亮子（東ちづる）と、いわゆる“ひきこもり”状態の息子・泰幸（川合智己）が暮らしていた。直樹は泰幸から話を聞きたいと頼むが、息子を刺激しないでほしいと亮子に追い返されてしまう。 しかしその後、直樹は通報者の“ある特徴”から、泰幸こそが救急車を要請した緊急通報者であり、事件の詳細を知っているのではないかとにらむのだが…!?
昼食の買い出しに出かけた新藤亮（山田裕貴）は街中で突然、銃声を耳にする。驚いていると、プラスチック製の銃を手にした覆面３人組に遭遇。とっさに強盗と判断した新藤は、自分のスマートフォンを犯人たちの車に投げ込んだ後、公衆電話から浅輪直樹（井ノ原快彦）に連絡し、GPSを使って車を追うよう依頼。すぐさま国木田誠二（中村梅雀）が位置情報を解析し、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）が追跡を開始する。 だが、連絡を終えた直後、新藤は驚くべきものを発見する。近くの路地で、高級そうなスーツを着た男性が頭から血を流して死んでいたのだ。まもなく、遺体の身元は有名建築家の岩井剛太郎（長江英和）と判明。強盗が放った流れ弾に当たったものと思われた。 ところが、監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）が遺体を調べた結果、意外な事実が発覚する。後頭部に“接射痕”が見つかり、岩井は流れ弾に倒れたのではなく、何者かに故意に殺害されたことがわかったのだ。しかも、弾丸や銃は、強盗犯が使っていたものと特徴が一致。２つの事件で使われた銃は、おそらく同じ設計図をもとに３Dプリンターで作られたものと推測された。 その頃、小宮山志保（羽田美智子）は、一時は意識不明の重体だった村瀬健吾（津田寛治）の病室を訪ねていた。ようやく村瀬が一般病棟に移ることができ、ホッとした志保はケンカしながらも何かと世話を焼くが、奇しくも同室の入院患者・諸星雄一郎（河合我聞）と妻・悟子（遊井亮子）が岩井が社長を務める建築事務所の一員だと知る。志保は、彼らからそれとなく事情を聴こうと考えるが…!?
ある夜、青柳靖（吹越満）は突然、見知らぬ少女に「助けて！」と抱きつかれてビックリ。一緒にいた恋人の垣内妙子（遠藤久美子）、矢沢英明（田口浩正）も驚くが、３人をさらに驚愕させたのは、少女に連れて行かれた一軒家にあった男性の遺体だった。 その少女は若き天才と世間から注目を集める19歳の画家・神崎えりな（尾碕真花）で、亡くなっていたのは画商の伊藤伸雄（二階堂智）。伊藤は、えりなの才能に目をかけ、２人は同居していたらしい。 監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）が検視した結果、死因は窒息死と判明。ヒ素が混入されたコーヒーを飲んで急性ヒ素中毒を起こし、嘔吐したものがのどに詰まったようだった。 伊藤は絵画を気軽に購入できるシステムを開拓し、“美術界の革命児”とよばれている人物だった。小宮山志保（羽田美智子）と国木田誠二（中村梅雀）が探ったところ、彼に恨みを抱く人物は多いとわかる。その筆頭が、美術界の大家にして老舗画廊を営む小鳥遊幸哉（冨家規政）。直撃した浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）の前でも、小鳥遊は伊藤が美術界の品位を貶めていたと語り、死者への憎しみを隠そうとしなかった。それだけでなく、小鳥遊と伊藤はえりなのことで深い因縁があった。えりなの才能を最初に見出したのは小鳥遊だったが、えりなは彼のもとを去り、伊藤を頼っていたのだ。 そのころ、青柳と矢沢は、ショックを受けて入院中のえりなのもとへ。すると、えりなは自分の母親・神崎さつき（長田奈麻）が伊藤を殺した犯人だと言い出す。さつきはえりなを幼い頃に施設に預けて姿を消していたが、娘が天才画家として脚光を浴びたとたん現れ、彼女を引き取ろうとしていた。事件の起きた夜もさつきが伊藤を訪ね、揉めていたとえりなは証言するが…。
裏道で男性の遺体が見つかり、特捜班が捜査を開始する。浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）は、被害者・高宮良介（朝倉伸二）が所持していたレシートを手がかりに、一軒の定食店に向かう。 店主の吉田かおり（町田マリー）は高宮が事件当日の夜、3時間ほど店にいたと証言。滞在時間が長かったのは、かおりのひとり息子で小学6年生の一輝（齋藤優聖）と数字パズルをしていたからだと話す。女手ひとつで息子を育てるかおりは、高宮が一輝の面倒を見てくれることに感謝しつつも、他人とコミュニケーションを取るのが苦手な一輝が高宮にのみ心を開いている現状をよく思っていない様子だった。直樹は、一輝が高宮と挑んでいたパズルが意外にも高難度であることを知り、ビックリするが…。 一方、高宮が住んでいたアパートの部屋を調べた青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は室内が荒らされ、パソコンが盗まれていることに気づく。部屋を調べているとそこへ、上岡昇（上川周作）と名乗る男が部屋に入ってくる。高宮に借りていた金を返しに来たというが...。 青柳はそのとき、“半グレ”の男たちがこの部屋の様子をうかがっているのを目に留める。 そんな中、高宮が天才的な数学研究者であった事実が判明する。大学卒業後、渡米して研究に従事していたが、8年前に突然帰国。以来、国内の大学からの誘いを断り続け、数学界とは距離を取っていたらしい。 その矢先、衝撃の事態が起きる！解剖結果を聞くため、小宮山志保（羽田美智子）と国木田誠二（中村梅雀）が監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）のもとを訪ねたところ、なんと解剖前の高宮の遺体がこつ然と消えていたのだ。いったい遺体はどこに、そして誰が何のために盗んだのか!? 謎は深まるばかりで…
ビル清掃員・宮川文子（田島令子）が自宅リビングで刺殺されているのが見つかり、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。無断欠勤した文子の様子を見に来て窓から遺体を発見した同僚によると、文子には大手商社でバリバリ働く娘がいるものの家を出ており、現在はひとり暮らしとのことだった。 ところが、誰もいないはずの２階から物音が聞こえてきた。階段を駆け上がった直樹たちは、奥の部屋の押し入れに隠れていた文子の娘・雪（春木みさよ）を発見！ 雪は確かに大学卒業後、商社に勤務していたが、15年ほど前に退職して以来、ずっとひきこもっていたようだ。ハリネズミのぬいぐるみがついたパーカーのフードを目深くかぶった雪は手をケガしており、現場が密室状態だったことから、彼女に母親殺しの疑惑がふりかかる。 その後、警察病院に収容された雪は食事にも手を付けず、投げやりな態度で「夕飯に嫌いなニンジンが入っていたから殺した。それでいいんじゃない？」と犯行を認めるような言葉を放つ。しかも、直樹が何か食べたいものはないか聞くと、「ミルワーム」と謎の言葉を発する…。 そんな中、小宮山志保(羽田美智子)は、文子が最後に電話で会話した相手、人権派弁護士の成瀬聡美（松浦佐知子）を訪問。文子が翌日行われる裁判に、証人として出廷する予定だったことを知る。聡美は同じく弁護士である娘・莉子（新井郁）とともに、パワハラによって不当解雇された原告の代理人を務めていたが、文子はそのパワハラ現場を目撃した唯一の証人だったのだ。だが、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）が文子の同僚に話を聞くと、金に固執していた文子が仕事を失う可能性があるにもかかわらず、雇い主に歯向かう証言をすることに疑問がわき上がる。 その頃、国木田誠二（中村梅雀）と新藤亮（山田裕貴）は、雪が時折、訪れていたハリネズミカフェへ。実は、“ミルワーム”とはハリネズミが好んで食べるエサ用の虫のことだったのだ。その店では毎晩、ハリネズミの生態を生配信していることがわかり…!?
路地裏で不動産会社の社員・脇坂芳樹（永倉大輔）の遺体が見つかった。何者かに突き飛ばされ、地面の石で後頭部を強打したものと思われたが、臨場した浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）は、路地裏の壁に足跡がついているのを発見。なんと、その足跡は直樹たちの身長よりも高い位置に残されており、どうしてこんなところに足跡があるのかと、２人は首をかしげる。 その頃、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は事件の夜、脇坂と食事をしたという２人の同僚、山口早希（佐藤みゆき）と森下紀見彦（和知龍範）に事情を聴いていた。森下がこっそり明かしたところによると、脇坂と早希には交際しているというウワサがあり、事件当日も食事を終えたあと２人は一緒だったのではないかという。そんな中、脇坂が手のひらにアクセサリーの一部と思われる真珠の玉を握りしめていたことが発覚。さらに、財布は現場に残され、スマートフォンだけ持ち去られていたことから、顔見知りの女性による犯行という線が浮上する。 ところが、国木田誠二（中村梅雀）が署内のデータベースを検索した結果、意外な事実が明らかになる。１カ月ほど前、脇坂は公園で“パルクール”の練習をしていた若い男と接触してケガをしたと主張、強引に被害届を出していたのだ。さっそく直樹たちが接触事故の相手・福井翔（元木聖也）に会いに行ったところ、彼は話もろくに聞かず、飛び蹴りするふりをして新藤の背後の壁を蹴り上げ、これみよがしに宙返りを決めて去っていく。だが、壁に付着した翔の足跡を事件現場のものと照合したところ、完全に一致！ 直樹たちは事情を確認するため、翔の実家である町工場を訪ねるのだが…。 一方、脇坂の周辺を調べていた小宮山志保（羽田美智子）と国木田は、脇坂が20年ほど前から関連会社に出向させられた挙句、何社も転々と異動してきた事実を知り…。
ある朝、掃除当番にもかかわらず登庁してこない青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）に班長・国木田誠二（中村梅雀）が苛立っていると、新藤亮（山田裕貴）がスマートフォン片手に大騒ぎで出勤してきた。新藤はその日、朝から、お気に入りのアイドル・ルリ（小池美由）のファンミーティングバスツアーの生配信をチェックしていたのだが、なんと参加者の中に青柳と矢沢の姿を見つけたのだ。新藤から映像を見せてもらった浅輪直樹（井ノ原快彦）、小宮山志保（羽田美智子）はビックリ。確かに、盛り上がるファンたちに混じって2人がバスに乗っているのを確認する。 実は出勤前、矢沢は青柳とともに立ち寄ったコンビニエンスストアで、若い男性客のリュックの中に爆弾らしきものが入っているのを目撃。前日、とある倉庫から爆薬の原料となる化学肥料が盗み出された事件が発覚していたことから、２人は念のため男のあとをつけ、彼が乗り込んだバスにそのまま同乗したのだ。ところが、発車して早々、２人はそれぞれ携帯電話を忘れてきたことに気づき、特捜班に連絡できないことにがく然とする…。 その後、いったん駐車場に立ち寄ったところで、矢沢はトイレに行きたいと嘘をついてバスを降り、公衆電話から特捜班に連絡を入れようとする。しかし、その様子を見ていたルリに、容赦なく電話を切られてしまう。ルリによるとファンミーティング中は、ルリだけに集中してほしいため外部との連絡は一切禁止。参加者の携帯電話も没収するルールなのだという。一方、青柳は爆弾らしきものを所持していた若い男に接近。“ユウマ”（林裕太）と名乗るその男は意外と人懐っこく、青柳と他愛のない話で盛り上がる。 その頃、青柳と矢沢がバスに乗りこんだ事情を察知した直樹たちは、捜査を開始。バスツアーに同乗している事務所社長・瀬戸口俊信（中野順一朗）に、このところ頻繁に殺害予告メールが届いていた事実をつかむ。しかも、鑑識・佐久間朗（宮近海斗）が解析した結果、殺害予告を送った人物がバスに乗っていることが判明！ だが、車内全員の携帯電話は没収もしくは電源が切られているため、内部と連絡ひとつ取れない。直樹たちの緊張は一気に高まるが、さらに予想外の事態が発生し…!?
ベテラン鑑識官・猪狩哲治（伊東四朗）が殺人事件の容疑者として連行され、浅輪直樹（井ノ原快彦）は複雑な思いを抱きながら取調室で対峙していた…。猪狩は所轄署で黙秘を貫きとおしており、長年親交のある直樹ならば口を割るのではないかという中原圭一郎管理官（小須田康人）の判断で、特捜班に捜査がまわってきたのだ。 猪狩は直樹に対し、たまたま前を通りかかったアパートから争う声を聞き、その直後に慌てた様子で逃げていく男を目撃したと証言。気になってアパートを確認したところ、奥の部屋で若い男が殺されているのを発見したが、ちょうどそこに宅配業者が現れたため、犯人と間違われ連行されたのだと話す。 しかし、猪狩が疑われるのには理由があった。被害者の前島公也（岸田タツヤ）は、猪狩の亡き後輩の息子だったのだ。公也は警察官の父に反発したのか素行が悪く、猪狩は彼を更生させようと何かと声をかけていたが、最近２人の間ではもめ事が起きていたようだった。ところが、公也との関係を指摘しても、猪狩ははぐらかすばかり。しかも現場からは公也と猪狩の指紋しか検出されず、状況はすべて猪狩が犯人だと告げていた。 そんな中、猪狩の”弟子”でもある鑑識課員・佐久間朗（宮近海斗）がどんな結果でも真実を突き止めてほしいと、猪狩の携帯電話の通話記録を調べ上げてきた。それによると、猪狩は何度か人材派遣会社に電話をかけていたことが判明。青柳靖（吹越満）と新藤亮(山田裕貴)がその会社を探ったところ、介護サービスを標榜しながら“恋人レンタルサービス”で稼いでいる事実が浮上した。しかも、猪狩が何度か指名していた、レンタル恋人の“マミ”こと広瀬舞(岡本あずさ)の連絡が取れなくなっていることがわかり…!? 一方、矢沢英明（田口浩正）は事件当夜、現場近くに止まっていたトラックの車載カメラ映像を入手。猪狩の証言どおり“逃げていく男”が映っていることを期待しながらチェックするが、事件の夜、アパートから出てきたのは”思わぬ人物”だった…!?
妻・倫子（中越典子）の誕生日に休みを取り、夫婦で港の見える公園に出かけた浅輪直樹（井ノ原快彦）。その日１日、倫子と過ごすつもりだったが、なんと到着した矢先、海面に浮かぶ男性の遺体を発見してしまう。 遺体の身元は、投資会社の役員・古賀武久（木下政治）と判明。死後数日が経過しており、ひとりで釣りをしている最中に誤って転落死したというのが所轄署の見解だった。しかし所持品の財布に現金がなかったことから、直樹は事件の可能性もあると見て、早瀬川真澄（原沙知絵）に遺体の解剖を依頼する。 その後、直樹は古賀の妻・優子（三津谷葉子）に会うため、高級住宅街にある邸宅へ。優子は１週間ほど友人と北海道旅行に出かけていたため夫の行方不明に気づかなかったと話すが、同行した小宮山志保（羽田美智子）は夫の死を知った直後とは思えない彼女の冷静さに違和感を覚える。そして、直樹は優子が出したコーヒーの味に引っ掛かるものを感じる。高級店のオリジナルブレンド品だというが、妙に薄い気がしたのだ。直樹はあえてコーヒーをほめ、優子から豆をわけてもらうことに成功する。 解剖の結果、古賀の死因は溺死とわかる。後頭部に外傷があり、しかも足には縛られたような跡が残っていたことから、真澄によると、足に重りをつけて海に沈められた可能性もあるという。 そんな中、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）が、古賀が生前、顧客とトラブルを起こしていた事実を突き止める。古賀は会社を通さず、個人で会社経営者・屋敷賢（岡部尚）の資産運用を請け負った挙句、5000万円もの大損失を出していたのだ…。 一方、直樹は新藤亮（山田裕貴）とともに優子のアリバイを確認するため、一緒に旅行に出かけた友人・遠山美里（太宰美緒）に会いに行く。高校時代の同級生だという彼女は、旅行中はずっと一緒だったと証言するも、優子は高校時代から見た目ばかり気にする見栄っ張りだったと酷評して…!?
車椅子生活となった村瀬健吾（津田寛治）のため、バリアフリーの物件を探していた小宮山志保（羽田美智子）はパトカーのサイレンから近くで事件が起きたことを知り、現場に駆けつける。事件が起きた高架下にはすでに捜査一課が到着していたが、志保は運び出されてきた被害者の遺体から、“ある香り”がするのに気づく。それは、村瀬が刺された事件のときに感じた香水の匂いと同じだった。志保は、そのことを捜査一課の主任・高木（利重剛）に伝えるものの、まったく取り合ってもらえない。 同じ頃、浅輪直樹（井ノ原快彦）たちも村瀬が刺された事件について話し合っていた。直樹と新藤亮（山田裕貴）は、被疑者・曽根明子（東ちづる）と親子を装って暮らしていた溝口泰幸（川合智己）から話を聞き、泰幸の犯行だと思いこんだ彼女が罪をかぶろうとしているのではないかと考えたのだ。となると、高架下で起きた殺人は、村瀬を刺した真犯人が新たにおよんだ凶行なのではないか――疑念を抱いた特捜班は、独自の捜査を開始する。 そんな中、村瀬が特捜班に復帰する。村瀬もまた、自身を刺したのは明子ではないという考えを一同に明かす。実は刺されたとき、村瀬は薄れゆく意識の中で逃走する犯人の足音を聞いていたのだ。その歩数や足音の印象から、村瀬は自分を刺したのは男だと直感していた。 そこへ、高架下の事件の被疑者確保の知らせが入る。 その矢先、捜査本部を訪ねた国木田誠二（中村梅雀）は、東京地検察次席検事・渡辺理人（佐野史郎）直属の部下である切れ者検事・小泉真希（栗山千明）の姿を見かけ、地検がこの一件の早期送検に向けて捜査一課に圧力をかけていることを知るが…!?
警察官が自らの銃を奪われ、後頭部を撃たれ死亡するという痛ましい事件が発生。現場には、長さ10センチほどの針金をコーティングし、先端が加工された“クリーニングハンガー”が残されていた。これを空き巣に使うピッキングツールと踏んだ国木田誠二班長（中村梅雀）や浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は捜査を開始。同様の手口で逮捕歴のある男の身柄を確保するも、二件目の殺人が起きて…。 事件現場であるレストランに小宮山志保（羽田美智子）らが出向く。殺害されたのは同店のシェフで、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、現在、行方をくらませている従業員をよく????りつけていたとの情報と、《マスク姿の男》が現場付近をうろついていたとの目撃談を得るのだった。 やがて、従業員を拘束。捜査本部は日常と化していたシェフからのパワハラに耐えかねての怨恨と見ていたが、なんと、第三の事件が発生することに――。 次の被害者は闇金業の男で、やり口と使用された拳銃は一件目、二件目と同様と判明。そして防犯カメラには、例の《マスク姿の男》が映っていて…。 残る弾丸は、あと２発。警察官、レストランシェフ、闇金……次は誰が狙われるのか!? そんな中、直樹はあることをひらめいて…新藤亮（山田裕貴）とともに、事件現場を改めて訪れて手掛かりを探すも、ついに恐れていた《第四の事件》が…!?
早朝、ランニングに精を出す浅輪直樹（井ノ原快彦）が、悲鳴を聞きつけて駆けつけると、歩道橋の階段から転落死している大学院生の入江慎平を発見。入江のカバンの中からは、なぜかスタンガンが見つかる。 さらに、同じく入江から押収したICレコーダーには、バラエティーの司会や動画配信などで活躍する有名タレント・松田省吾（山口祥行）の誘拐をほのめかす音声が残っていた。死亡した入江は誘拐犯なのか？ 直樹と新藤亮（山田裕貴）は松田宅に訪れるが、そこには妻の真弓と、松田の配信チャンネルのスタッフ・渡辺志津香（中島亜梨沙）の姿があった。真弓の携帯には、今朝早くに松田が縛られて監禁されている写真が犯人から送られてきており、身代金３千万円が要求されていた。すると直樹らの目の前で、真弓の携帯に犯人から身代金受け渡しの指示があり、共犯者がいるのではないかと思われる。 犯人は、警察に通報すると松田を殺すと脅しているため、国木田班長（中村梅雀）は、小宮山志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）ら特捜班メンバーのみで捜査にあたることを指示。青柳は、犯人同士の仲間割れの線もあると踏んで、捜査に向かう。 直樹らが聞き出した真弓の証言によると、松田は会社を出てから帰宅するまでの間に、どこかで拉致された可能性が高いことが判明。「犯罪捜査支援室」の三ツ矢翔平（向井康二）も加わり、松田の携帯のGPSなどを頼りに犯人を追いかけて行く。 やがて、青柳らの執念の捜査で、入江は大学院生のほかに、もうひとつ別の顔があることが判明して…!?
特捜班に新たに配属となった高尾由真（深川麻衣）が出勤した早々、殺人事件が発生。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班メンバーとの挨拶もそこそこに、捜査を開始！ 被害者は著名な舞台演出家・獅子山伊吹（石垣佑磨）で、何者かに首を絞められて殺害されたようだ。しかし、首に残る索条痕は、少し特殊な形状だった。 関係者の話によると、獅子山は自身が作・演出・主演を務めた舞台の再演となる『令和義経伝』の公演が間近で、主演を決めるオーディションも佳境に入っていたという。最終選考に残っている若手俳優は藤山葵（佐久間悠）、満島諒太（小西貴大）、そして白羽行人（髙地優吾）の３人だが、寡黙だった獅子山は、誰を選ぶのかは周囲に伝えていなかったと判明。しかも、3人には事件当日にアリバイが。しかし、矢沢英明（田口浩正）はなぜか、「あんな奴がなんで最終まで残ったのか疑問」とほかのふたりから疎まれ、アルバイトをしながら役者を続ける苦労人の白羽のことが気になる。 一方、国木田班長（中村梅雀）と小宮山志保（羽田美智子）は、獅子山の実家である和菓子店に聞き込みする中で、獅子山の実兄が継いでいる老舗だが、兄弟間の関係は芳しくなく、まさに“源義経と源頼朝”の様相だと知る。 また、青柳靖（吹越満）らは、被害者の手帳にあった住所に出向くが、そこは違法なカジノバーだった。獅子山は闇カジノの常連なのかと思われるが、やがて、カジノに出入りする獅子山の写真が本人宛に送られてきており、脅迫されていたことも発覚する。 そんな中、『令和義経伝』の義経役がついに記者会見で発表されるというニュースが流れる！ はたして、義経役は誰の手に？
ある日、マンションの一室で男性の撲殺遺体が発見される。被害者は有名出版社の編集者である郷田次郎。彼の婚約者が、売れっ子小説家の真琴（市川由衣）との報道があっため、マンション入り口にはマスコミの姿が…。 遺体の第一発見者である真琴の家政婦に国木田班長（中村梅雀）と小宮山志保（羽田美智子）は事情を聞くが、真琴に頼まれてここに来たらしい。やがてタクシーで、真琴とアシスタントのアヤコ（森田想）が現場に到着。真琴はアヤコにタクシーで待つよう指示し、ひとりでマンションに向かうも、報道陣に囲まれる。雑誌記者の小早川泉（小島藤子）から「あなたの運もここまでですか？」という意味深な言葉を投げかけられるのだった。 浅輪直樹（井ノ原快彦）らから話を聞かれる真琴だが、被害者の婚約者であるという報道を一蹴。その後も、冗談ではぐらかすような態度を続けて、特捜班を煙に巻き、マンションを後にする。そこにやってきた高尾由真（深川麻衣）によると、殺害現場からは指紋が見つからず、被害者のスマートホンが消えていることが判明。一方の直樹は、食器棚の下から破られた原稿用紙の紙片を見つける。 やがて捜査を続けると、真琴が18年前に起こった、女子大生練炭死亡事故の唯一の生存者であることがわかった。記者の言った“運”とも関係しているのか！ その後、被害者は近々独立し、真琴とプロダクション設立を計画していたこと、直樹が見つけた紙片が、真琴が好んで使用していた原稿用紙と同じメーカーのものであることが発覚。やはり、事件には真琴が絡んでいるのだろうか！？
ある日、村瀬健吾（津田寛治）と小宮山志保（羽田美智子）が歩いていると、偶然、心肺停止となった急病患者の男性と遭遇する。救急隊員が駆け付けるも、時すでに遅く、彼は帰らぬ人となるのだった。男性の持ち物には薬類などはなく、持病である可能性は低い。村瀬は、最近調べている事件との奇妙な関連を疑うのだった。 一方、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、夫を急逝で亡くした富田加奈子の取り調べを行っていた。死因は急性心不全だが、不自然な点が多く、妻である加奈子に事情を聞いていたのだ。早瀬川（原沙知絵）の解剖結果によると、被害者の心臓に小さな鬱血が。毒殺の可能性もあるとの見解だった。 やがて、村瀬も特捜班に合流。先ほど急病で亡くなった寺本と、加奈子の夫の死因の関連を調べた結果、《ノイズ》という闇サイトを通じて取引されている毒薬の存在が明らかに。ふたりは、病死に見せかけることが可能な薬物《ノイズ》によって殺されたのだろうか？ 浅輪直樹（井ノ原快彦）らは、寺本が勤務する不動産会社に出向き、聞き込みを敢行。すると、最近金回りが良かったとの情報が。さらに、彼の机から怪しいスマートホンも発見するのだった。 また、小宮山と国木田班長（中村梅雀）は、寺本の自宅に訪れるが、謎の男が料理代行サービスの女性を人質に取り、立てこもっていて…？ 小宮山は、女性を男から救うべく、ある危険な決断をするのだった！
料理代行業の女性・瑞希の身代わりとなり、ナイフを手に寺本の家に立てこもる滝口の人質となった小宮山志保（羽田美智子）。彼女が仕込んでいる小さなマイクのおかげで、部屋の状況は隣室に待機する国木田班長（中村梅雀）も把握はできるものの、緊迫し予断を許さない状況だった。やがて、料理代行業の会社の人間だと身分を偽る小宮山の質問から、滝口は寺本が帰ってくるのを待っていることが発覚。彼は、寺本が死んだことを知らないようだ。では、いったい誰が寺本を殺したのか？ そして、滝口の真の目的とは、いったい？ やがて、SIT（特殊部隊）も現場に到着。小宮山救出の作戦は、着々と進んで行くことに。 そんな中、浅輪直樹（井ノ原快彦）は、小宮山の夫である村瀬健吾（津田寛治）に、彼女が人質となっていることを告げる。村瀬は激高し直樹の胸ぐらをつかむも、やがて冷静になり、妻を救うべく部下の三ツ矢翔平（向井康二）とともに、さらに捜査に邁進するのだった。 また、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）の捜査によって《ノイズ》を販売するサイトの管理人が、半年前に急性心不全で亡くなっていることが発覚。彼も《ノイズ》によって殺害されたのだろうか？ また、死亡後もサイトは運営され続けていることから、さらなる黒幕の存在が明らかになるのだった。 一方、直樹と高尾由真（深川麻衣）は滝口の自宅を訪れる。そこには、女性と同居している形跡があり…。 直樹は、部屋でトランクルームのカードキーを発見。高尾はさっそくキーを手に飛び出すが…はたしてトランクルームにはいったい何が隠されているのか？ そして、人質となっている小宮山は無事に救出されるのだろうか？
30年前の大ヒット映画の続編『愛の巡礼』が世界同時プレミア公開されることになり、浅輪直樹（井ノ原快彦）はみごとに当選しチケットをゲットする。新聞に大きく報じられた主演女優リン・トクガワ（石田ニコル）の写真を見て、高尾由真（深川麻衣）はセレブの履くオシャレな靴に羨望のため息を漏らすのだった。 やがて、国木田班長（中村梅雀）のスマートホンに着信が。「祐子ちゃん!?」と驚く国木田を小宮山志保（羽田美智子）らは怪しげな目で見つめる。 国木田と小宮山が向かった先は、東京郊外の企業のセミナーハウス。彼らを出迎えたのは三条祐子（大地真央）で、『愛の巡礼』を配給する会社の社員だった。来たるプレミア公開に向けて、字幕翻訳作業を急ピッチで行っている最中だという。彼女に案内されて通された部屋で、国木田と小宮山は、ベテラン翻訳家・磯村健の変死体を発見。パソコンに『The end』と打ち込まれているが、はたして遺書なのだろうか？ 祐子は、納期の迫る字幕翻訳作業を止めたくないとの理由から、穏便に自殺の処理をしてほしいと国木田に懇願。しかし彼は「僕はもうあの頃の僕じゃない」とこれを拒否。気を利かせた小宮山がふたりの間に入り、作業の邪魔にならないように捜査を進めることを提案するのだった。いったい、国木田と祐子の関係性とは――!? その頃、矢沢英明（田口浩正）から、磯村の妻が遺体の引き取りを拒否しているとの連絡が。妻によると、磯村はギャンブルで高額の借金があったそうで、しかもパソコンの操作もままならないとのこと。あのパソコンの遺書は、本人が打ったものではなく、自殺に見せかけるための偽装工作だったのか!? その後、解剖の結果からも他殺の線が浮上。磯村と同施設内にいた祐子、アシスタントの竹内、翻訳家である紗英と黒川の４名を容疑者に、直樹、国木田らは本格的な捜査に乗り出すのだった。
会社社長が刺殺される事件が発生。しかし、捜査に進展はなく、国木田班長（中村梅雀）や小宮山志保（羽田美智子）ら特捜班はわずかな手掛かりを求めていた。 そんな中、早瀬川真澄（原沙知絵）の解剖の結果、遺体から謎の付着物が見つかる。やがて、浅輪直樹（井ノ原快彦）と高尾由真（深川麻衣）の執念の捜査で、1日前に被害者のバッグが見つかった場所から100メートルほど離れた民家の庭で、被害者の財布を発見。志保は犯人の逃走ルートは東側だと推測を立てる。 一方、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、志保の見立てとは真逆の方角の公園を捜査していた。矢沢の片手にはタブレットが握られており、画面には美少女キャラが。なんと、ネット上の素人の《推理動画》を頼りに、捜査していたのだ！ そんな矢沢を青柳はからかうが、やがて茂みの中から血の付いたナイフが見つかる。 矢沢はナイフ発見のきっかけとなった動画「乙女探偵・深世小夜香」をメンバーに説明。最近、ネットで話題の配信者で、有名な事件に独自の推理を示して動画をアップしているという。そして、国木田があることに気付く。実は広報課に深世小夜香から「捜査に苦戦しているようであれば、私がお力添えいたします」といったメールが届いていたのだ。 矢沢いわく「乙女探偵なんて名乗ってる投稿者は、変なおっさん」とのことだが、凶器の在処を言い当てた深世小夜香が犯人である可能性も!? 直樹と由真はさっそくメール送信者のもとを訪ねるが、出てきたのは早坂長平（長谷川朝晴）という中年男性だった。彼は引きこもりの女子高生の娘と二人暮らしとのことで、直樹は念のために娘にも会おうとするが、その娘・蘭子（池間夏海）こそ、自らを「乙女探偵・深世小夜香」と名乗り…？
ある、人気のない道。スーツ姿の中年男性が、怪しげな仮面の男につけられ、いきなり襲われた。男性は抵抗するも、背中にナイフが突き刺さり絶命。仮面の男は、不気味に男性を見下ろすのだった――。 浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班メンバーは、現場を臨場。男性は、身元を特定できるものは所持しておらず、スマートフォンや財布も見当たらない。犯人が持ち去ったのか？ しかし、上着のポケットから、夫婦らしき男女の写真が載る《出張シェフ》のチラシと名刺を発見。国木田班長（中村梅雀）たちは、これらを手掛かりに捜査を開始する。 一方、防犯カメラ映像を確認する青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）。すると、カメラに向いた不審人物の顔が、不気味な仮面に覆われていることに気付く。それは、数カ月前に起こった、警官を含む連続殺人事件の犯人の容姿にそっくりで!? まさか、模倣犯の犯行なのだろうか？ そのころ、直樹と高尾由真（深川麻衣）は、チラシに掲載されていた住所に出向くも、同住所はすでに雑貨店となっていた。 やがて、指紋から被害者の身元が判明。なんと彼は、盗犯係に所属している現役の刑事だった。さらに、最初の被害者が警察官というところまで、以前の連続殺人事件と同じだとわかる。 特捜班メンバーが捜査を進めるうちに、目撃証言などが次々明らかになる。何らかのトラブルによる事件なのか…？事件は二転三転しながらも、真相が明らかになっていく。
とある雑居ビル前の路上で、バーのオーナー・島田和樹が頭から血を流して死んでいるのが発見される。ビルからの転落死のようだが、状況から何者かに突き落とされた可能性が高い。そして、彼の掌には、意味ありげな傷ができていた。 青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）が聞き込みをしたところ、第一発見者の管理人の話では、現場付近から制服姿の少女が飛び出してきて、バッジを落としていったと言う。やがて、被害者のスマホに着信が。画面には「桜子先生」と表示されている。青柳が電話に出るが…？ 一方の浅輪直樹（井ノ原快彦）と高尾由真（深川麻衣）は、島田が自身のバーで週に二度営業していた子ども食堂に出向く。すると、なんとそこにはボランティアスタッフとして働く直樹の妻・倫子（中越典子）の姿が！ 倫子とふたりのボランティアスタッフと話す直樹と由真。すると、見せられたアルバムの中に、見覚えのあるバッジを付けた女子高生の写真を発見。 名前は久保美幸。母親と幼い弟と三人で、良く来店していたそうだが、最近は毎日のようにバイトしているのだとか。直樹と由真は、美幸の母親・美奈子と接触。自身は健康面の問題で働かず、美幸ばかりに頼っていると言う。 やがて、押収した証拠物からオーナー・岡本博子の指紋が検出される。国木田班長（中村梅雀）と小宮山志保（羽田美智子）が事情聴取すると、彼女は思わぬことを自供し始めて…？
鑑識活動の講習会に登壇する猪狩哲治（伊東四朗）。参加している刑事の中に、小宮山志保（羽田美智子）の姿もある。講習の内容は、10年前、猪狩が実際に現場鑑識に入った事件についてだ。ある飲食店で、被疑者に突き飛ばされ、頭を強く打ち付けた被害者は死亡。犯行を示す証拠は十分に採取されており、取り調べの当初は被疑者も殺害を認めていたが、裁判所が出した判決はなんと無罪で…。その時、志保のスマートフォンに浅輪直樹（井ノ原快彦）から事件を告げるメールが飛び込んでくるのだった。 あるマンション。背中から血を流し絶命している被害者・香野裕哉の姿が。臨場した直樹、高尾由真（深川麻衣）ら特捜班メンバーは、凶器はプロが使用する刃渡りの短い包丁であることを知る。背中の刺し傷以外、争った形跡は見つからなかったので、犯人は香野と面識があった可能性が高い。 やがて、直樹の捜査で、香野は10年前、殺人事件を起こしたが、正当防衛が認められ無罪になっていたことが発覚。志保は講習の内容を思い出し、猪狩に話を聞きに行くのだった。 青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、そして国木田班長（中村梅雀）は、飲食店を営む、当時の被害者の父親・剛田浩司に注目。正当防衛とはいえ、香野に息子を殺された恨みによる犯行なのだろうか？ やがて、三ツ矢翔平（向井康二）が香野のスマートフォンを解析すると、最近、頻繁に連絡を取っていたフリーの事件記者の存在が明らかになるのだった。
ある議員の街頭演説中に、聴衆の男性が発砲され重体となる事件が発生。たまたま現場に居合わせた小宮山志保（羽田美智子）、高尾由真（深川麻衣）、早瀬川真澄（原沙知絵）はすぐさま捜査を開始する。ほどなくして、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班メンバーも現場に集結。すると聴衆の後ろに、かつての連続殺人犯が被っていた白い仮面の人物がいたことが発覚する。模倣犯の仕業なのだろうか？ 一方で、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）が現場付近の防犯カメラを解析すると、フードデリバリーサービスの若い男が、バッグから新聞紙でくるんだ拳銃のようなものを取り出している姿を発見するのだった。 やがて、現場からタクシーで逃走した男、フードデリバリー配達員、電子決済で白い仮面を購入した人物の３人が特定される。この中に真犯人が…？ 時を同じくして、警察庁警備局公安課の折口（風見しんご）に呼び出された新藤亮（山田裕貴）は、発砲事件発生直後の映像に、死んだはずの三島（矢野聖人）が映っていることを確認する。新藤は、事の真相を握っているであろう、ある半グレグループに近づくべく、再び潜入捜査を開始する。 そして、直樹、国木田班長（中村梅雀）ら特捜班は、発砲事件の容疑者３人を取り調べることに。すると、SNS上では、白い仮面を被った殺人犯が神格化されており、彼に共感を示す者たちが多数いることがわかって…？
特捜班が部屋を移ることとなり、引っ越し当日、浅輪直樹（井ノ原快彦）たちは朝から荷物と格闘してバタバタ。そんな慌ただしさの中で、突然、国土交通大臣・諏訪部孝一から直に呼び出しが入る。いったい何事なのか、困惑しながら直樹と国木田誠二（中村梅雀）が議員会館に出向くと、諏訪部は衝撃の依頼を持ちかける。
「大臣を辞任しなければ1000人を爆死させる」――国土交通大臣・諏訪部孝一（神尾佑）を脅す謎の爆弾魔の捜査を極秘裏に進めていた浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班。第二の爆破事件が起きた直後、諏訪部の秘書・高石沙月（知念里奈）から3通目の脅迫メールが届いたという知らせが入る。そこには「こちらは本気だ。残り999人を救いたければ、明日の17時までに過去の罪を認め辞任しろ」と書かれていた。いったい諏訪部の“過去の罪”とは何のことなのか、直樹は引っかかる。
ドキュメンタリー動画制作会社のディレクター・本条美緒（水崎綾女）が自宅寝室で死んでいるのが見つかった。浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場したところ、室内には争った形跡があり、何者かともみあいになった末、室内にあった三脚で殴られたものと思われた。
住宅街にある階段の植え込みから、弁護士・上原弦太（平埜生成）の遺体が見つかり、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。被害者は何者かに殴られた勢いで転落し、頭部を打ったものと思われた。そんな中、青柳靖（吹越満）が植え込みの中から、小さなバッジを発見。現場近くの私立高校の校章だとわかる。 もしや生徒による犯行なのか…!? 直樹たちが副校長・下川修三（佐伯新）に事情を聴いたところ、上原は学校で起きた問題に法的立場からアドバイスする“スクールロイヤー”を務めており、最近ではダンス部のトラブルに対応していたことが明らかになる。ダンス部顧問・石上仁美（吹越ともみ）によると、1カ月ほど前から校外の練習場所に部員たちの活動をのぞき見するような不審人物が現れるようになり、上原に相談し追い払ってもらったという。だがその際、男ともめたようで、以来、上原はダンス部の放課後練習を毎日のように見張っていたらしい。 その矢先、現場に落ちていた校章バッジは、足のケガで休部中のダンス部部長・畑中美玖（長澤樹）のものと判明。美玖はどこで校章を落としたのかもわからないと関与を否定するが、やはりダンス部が事件と関係しているのか!? それとも上原を逆恨みした不審な男の犯行なのか!? 捜査を進めた直樹たちは、やがて学校に潜む“闇”に突き当たることに…!?
居酒屋チェーンの社長・城川太一（戸井勝海）が殺されたと聞き、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は現場へ…。しかし臨場したところ、なんと“遺体がない”ことが発覚する。 通報者で城川の秘書・紺野亜由美（我妻三輪子）によると、朝から社長と連絡が取れなかったため、スマートフォンの位置情報を頼りに付近を探し歩き、路地裏に大量の血だまりと城川の携帯電話を発見。動転して「殺人事件が起きた」と通報してしまったという。その後、事件の夜、何者かがスーツケースを引いて歩くような音を耳にしたという近隣住民からの証言も浮上。犯人は殺害後、スーツケースに入れて遺体を運んだのだろうか!? まもなく、妻・早紀（片岡礼子）や専務の槇村俊平（大迫一平）の話から、城川は最近、生物学者・小田嶋博史（水橋研二）の研究に興味を持ち、1億円も投資していたとわかる。小田嶋は不老不死の能力を持つクラゲを研究しており、そのメカニズムを人類に転用できないかと模索していた。さらには、おしどり夫婦のイメージで知られていた城川夫妻の仲が実は冷え切っており、城川が数々の秘密を抱えていたことも明らかになる…。 やがて、この遺体なき殺人事件は予想だにしない展開へ…。監察医・早瀬川真澄（原沙知絵）は特捜班の依頼により、前代未聞の検視に挑むこととなるが…!?
人気洋食店の店主・今井信彦（大堀こういち）が厨房で頭部から血を流して殺害されているのが発見され、浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班が臨場する。鍋の中には煮込み途中らしいビーフシチューが残されており、仕込みの最中に何者かに襲われたものと思われた。 今井は味に厳しい職人気質の料理人で、妻亡きあと、息子の安彦（山口貴也）と２人で店を切り盛りしていたが、５年前に父子は激しく衝突。仲違いした末に、安彦は出て行ったという。 そして３年ほど前からは、岸川恭弥（山口大地）という従業員が今井を手伝ってきたが、店の看板メニューであるビーフシチューに関しては今井が工程のすべてを担当。直樹は現場に未開封の野菜ジュースのパックが置いてあったことを不思議に思うが、岸川もなぜかはわからないという。 ところが、現場の遺留指紋を照合したところ、衝撃の事実が判明する。なんと岸川は未成年だった10年前、強盗致死事件を起こし、少年院に送致された過去を持っていたのだ。 しかも殺された今井が３週間前、800万円という大金を預金からおろしていた事実が浮上。もしや、岸川が金銭目的で殺害したのか…!? そんな中、直樹は岸川の靴が泥で汚れていることに気づくが…!?
警視庁が公開している身元不明遺体の似顔絵を見たという女性・関口エリ（宮田早苗）が、「どういうことか説明してほしい」と抗議にやって来た。エリによると、５年半前に亡くなった”行旅死亡人”の女性の似顔絵が娘・萌絵（工藤遥）にそっくりだが、萌絵は生きているはずだというのだ。いったいどういうことなのか!? 疑問を抱いた浅輪直樹（井ノ原快彦）は、エリから詳しい事情を聴くことに…。 エリの娘、萌絵は10年ほど前、劇団女優を志して家出同然で上京。エリは８年前、内緒で公演を見に行って以来、娘とは会うことも声を聴くこともしていないが、毎年、エリの誕生日には萌絵からプレゼントと直筆の手紙が届くという。エリはまた、身元不明遺体の服装が萌絵の趣味とはかけ離れて派手なものであることや、遺留品の中に愛用の指輪がないことも娘とは違う人物である証だと主張するが、似顔絵があまりにもそっくりなのが解せないと話す。 萌絵は生きていてるのか!? それとも彼女の死を隠したい第三者が萌絵だと偽ってエリに手紙を送っているのか!? 手がかりを求めて劇団を訪ねたところ、代表の松島信人（おおたけこういち）、劇団出身の声優・小川奈央（北原里英）は、萌絵は６年前に理由も言わずに劇団を辞めたと証言。それ以来、行方を知らないと話す。 その後、３年前に萌絵の姿を見たという人物が浮上！ やはりエリのいうとおり、彼女は生存しており、犯罪に巻き込まれて身を隠しているのか!? 謎はさらに深まっていくが…!?
浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班に、特殊事件捜査係から緊急応援要請が入った。都内の大型ニュータウンに暮らす小学６年生・篠原吉宏（嶺岸煌桜）が学校帰りに何者かに誘拐され、父・信一郎（金子岳憲）の携帯電話に身代金を要求する脅迫メールが届いたという。現場は奇しくも直樹が子ども時代を過ごした場所で、直樹はまさか自分が住んでいた街の事件を担当するなんて…と驚きながらも極秘捜査をスタートする。 現在、幹線道路が工事中のため、ニュータウンに出入りするには３つの橋のいずれかを徒歩で渡らなければならず、監視カメラをチェックした結果、吉宏の姿は確認できなかった。つまり被害者は地域内で監禁されており、犯人はニュータウン内に暮らす住民である可能性が高いと思われた。 特捜班メンバーは、吉宏と同じ小学校に通う子どもたちに、それとなく聞き込みを開始。青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、吉宏が誘拐された日、サングラスをかけた見知らぬ男と一緒にいたという目撃証言を得る。一方、村瀬志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）は事件当日の帰り道、吉宏がスーツケースを持った怪しげな女と話していたという目撃証言をつかみ、それぞれ行方を追跡する。 そんな中、直樹は吉宏の部屋から錆びた鉄の輪を発見。それがいったい何なのか、気にかかるが…!? そして、刻一刻と身代金受け渡しのタイムリミットが近づく中、直樹は謎の少年を見かけて後を追うが…!?
特捜班主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は妻の倫子（中越典子）と参加した地域のゴミ拾い活動で、ボランティアの世話役を担当する真田雅弘（佐戸井けん太）と知り合う。奇しくも、真田は警視庁勤務で留置担当官だという。 その矢先、データサービス企業を営む社長・三倉陽平（イワゴウサトシ）が刺殺される事件が発生。捜査をはじめたところ、三倉に恨みを募らせる男の存在が浮かぶ。
浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班メンバーはオフィスの模様替えについて話し合うも、意見がバラバラで打合せは大モメ。そんな中、事件発生の知らせが舞い込み、一同は現場のマンションに急行する。早朝、マンション内で大きな落下音が響いたため複数の住人が廊下に出て確認したところ、中庭で管理人・林田浩児（中村シユン）が頭から血を流して死んでいたという。遺体のそばには割れた植木鉢が落ちており、鉢と頭部の傷は合致したが、自分でぶつかったのか、殴られたのか、はたまた上から落ちてきたのかは不明だった。 特捜班は、直樹と新藤亮（山田裕貴）、小宮山志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）の３チームに分かれて住民への聞き込みを開始。被害者との関係や動機、アリバイを探りはじめる。ところが、現場のマンションは間取りや家賃がバラバラなこともあり、住人たちもビジネス系インフルエンサー・佐野兼一（平岡祐太）や元教師・平西淳（徳井優）、フリーター・島川政二（木村了）、クラブに勤める女性・角山哉子（三倉佳奈）、AIプログラマー・井上龍生（夙川アトム）など仕事や生活ぶりはさまざまだった。バラバラなのは捜査に当たった特捜班も同じで、６人はそれぞれ異なる住人に疑いの目を向けて…!?
ある休日、特捜班メンバーの高尾由真（深川麻衣）は先輩の小宮山志保（羽田美智子）を誘って、高校時代の親友・寺本麻里佳（長井短）が営む、人気の古民家カフェを訪れた。麻里佳と開店前に待ち合わせして店に入ったところ、麻里佳の共同経営者で調理を担当する藤沢睦美（宮﨑香蓮）が厨房で刺殺されているのが見つかる。麻里佳やアルバイトの熊井寛人（草野大成）によると、睦美は事件の夜、ひとりで店に残っていたらしい。 臨場した特捜班の主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は、遺体の右手が何かを握っていたような形になっているのが気にかかる。また、カフェの前に集まった野次馬の中に挙動不審な男を発見。彼は以前、よく店を訪れていた元常連客の長谷渉（長谷川ティティ）だとわかるが…。 そんな中、睦美はフードコンサルティング会社の社員・樽谷宏（見津賢）と最近、トラブルになっていたことも発覚する。樽谷と彼の上司・小林沙織（河井青葉）がいうには、経営について様々なアドバイスをし、順調に売り上げが伸びていたにもかかわらず、１週間前にすべての契約を白紙に戻すと睦美から一方的に告げられたという。 その矢先、麻里佳と睦美が店の経営をめぐって言い争いをしていたことが発覚。さらに、麻里佳について次々と知らない事実が浮上していき、周囲の人間にたくさんの嘘をついていたことが判明。麻里佳への疑惑がふくらむ中、由真は刑事として、最後まで真実を追求することができるのか…!?そして苦悩する由真を見つめる直樹が取った行動とは…!?
特捜班刑事の新藤亮（山田裕貴）、高尾由真（深川麻衣）、捜査支援分析センターの分析官・三ツ矢翔平（向井康二）の若手３人は、出先で事件に遭遇する。雑居ビル内にあるレンタルスペースで、人気コミック誌編集長・門倉裕一（天野浩成）が刺殺体となって見つかったのだ。折しも、特捜班主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は休暇を取得し、妻・倫子（中越典子）と旅行中…。３人は直樹がいなくても若手だけでできるところを見せようと、張り切って初動捜査を開始する。 新藤たちが第一発見者の編集者・星川敏志（大津尋葵）に事情を聴いたところ、現場のレンタルスペースではその日、デジタルコミック誌へと異動になった小松翔吾（小松和重）の送別会が行われる予定だったとわかる。送別会は午後６時からなのにもかかわらず、星川は門倉になぜか２時から会場を借りておくよう指示されたという。 まもなく、殺された門倉の携帯から「送別会の前に一人で会場に来てほしい」と小松を呼び出したメッセージが見つかり、異動を恨んだ小松による犯行ではないかという線が浮上する。しかし、小松は私用があったため呼び出しには応じなかった、と関与を否定して…！？ 一方、直樹と倫子は旅先でデッサンの描かれたノートを拾ったことから、持ち主の平花鈴（平澤宏々路）と知り合う。彼女は東京で“ある人物”にだまされたと打ち明けて…！？ そんな中、班長の国木田誠二（中村梅雀）は、特捜班のメンバーひとりひとりに意味深な言葉を掛けていき…！？
浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、1年前に絵画修復師夫妻――井吹光一郎（三嶋健太）、華（足立梨花）――が殺傷された事件の捜査を引き継ぐこととなった。 当時、夫妻の工房では世界的評価も高い新進画家・千堂小夏（清水葉月）の代表作『愛の記憶』を修復中で、犯人は光一郎を刺殺し、華をベランダから突き落とした上で、『愛の記憶』を盗み出していた。捜査本部は絵画窃盗グループの犯行とにらんだものの証拠がつかめず、盗まれた『愛の記憶』も行方不明という状況で長らく動きがなかったが、なんと事件以来、昏睡状態が続いていた華が１年ぶりに意識を取り戻したのだ。 唯一の目撃者である華の証言が得られれば事件はすぐに解決するものと思われたが、直樹と新藤亮（山田裕貴）が医師を訪ねたところ、衝撃の事実が判明！ なんと華は事件の１年前から当日まで一切の記憶を失っていたのだ。事件を思い出すのは彼女にとってつらいことでしかないのでは、と直樹はためらうが、華は記憶を取り戻すため事件現場の工房に連れて行ってほしいと言いだす。工房は現在、事件の第一発見者でもあるスタッフの九條学（堀家一希）が、華の代わりに守っていたが…。 一方、小宮山志保（羽田美智子）と高尾由真（深川麻衣）は小夏から事情を聴く。小夏は１年間、毎週のように華の病室を見舞っていたが、彼女が目を覚ました日にかぎって病室に顔を出すことはなかった。小夏は井吹夫妻とは美術大学時代の同期で、『愛の記憶』は光一郎と華をモデルに描いたものだと打ち明けて…。
ある夜、特捜班主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）は妻・倫子（中越典子）から連絡を受け、後輩の新藤亮（山田裕貴）、高尾由真（深川麻衣）とともに雑居ビルの一室に駆けつける。なんと倫子が鉄パイプの下敷きになって絶命している男性を発見したのだ。 現場はプロテイン製造販売会社が倉庫として借りている一室で、社長の江田陽一（和田正人）からコラボスイーツの制作を持ちかけられた倫子がプロテインのサンプル受け渡しのため現場を訪れたところ、遺体に遭遇したという。江田の会社では最近、メディアでも引っ張りだこで、若者を中心に絶大な人気を誇るカリスマフィットネストレーナー・高野紗希（ソニン）とコラボするなど、コラボ商品開発に力を入れているようだった。 江田によると、この雑居ビルは改装工事中で廊下に資材が立てかけられていたらしく、空き巣に入った男が物色中に資材を倒し、運悪く後頭部に鉄パイプが当たったのではないかと思われた。だが、直樹は現場の状況に不自然なものを感じ、何者かが男を殺して事故に見せかけようとしたのではとにらむ。 やがて、死んでいたのは空き巣ではなく、フリーの週刊誌記者・柴崎宏隆（伊崎右典）で、紗希と江田とは浅からぬ因縁があることが判明。 しかし、紗希と江田はそれぞれ死亡推定時刻には完璧なアリバイがあると主張し、捜査によってそれが証明される。直樹ら特捜班を前に不敵で大胆な振る舞いで犯行を否定する紗希の鉄壁のアリバイを崩し、真相を暴くことができるのか!?
廃工場で目を覚ました特捜班刑事・青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は、ギョッとする。２人の手はなぜか手錠でつながれており、警察手帳、携帯電話、手錠の鍵まで何者かに奪われていた…。 その日、特捜班は朝から建設会社社長・大槻道長（林和義）が殺害された事件の捜査を開始。第一発見者でもある部長・船岡達郎（六角慎司）によると、最近、被害者とトラブルがあったのは2名――1カ月ほど前に退職した元社員・浪口正徳（倉沢学）と、会社の金を使い込んで解雇された息子の純也（滝川広大）だった。主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）と新藤亮（山田裕貴）は浪口を、小宮山志保（羽田美智子）と高尾由真(深川麻衣)は純也を調べることとなり、青柳と矢沢は会社周辺の聴きこみへ。すると、社員・勝呂文平（高橋努）の不審な行動が浮上。２人で勝呂を追跡していたところ、何者かに殴られてしまい意識を失ったのだった…。 勝呂が夕刻発のカナダ行き航空券を所持していたこともあり、青柳たちは一刻も早く廃工場を出て勝呂を追わなければと焦るも、手錠が邪魔して追跡に大苦戦して…!? 一方、青柳たちと連絡が取れないことを心配した直樹は、２人が勝呂を追っていたことを察知。ところがその矢先、突然、直樹たちの前にひとりの女性が出現。高峰千尋（佐藤江梨子）と名乗る彼女は「自分が社長を殺した」と言いだすが…!?
昼休み、特捜班メンバーから弁当を頼まれて買いに出た新藤亮（山田裕貴）は、街角でボストンバックを抱え、うずくまっている男性を見つける。男性は苦悶の表情で「お願いします…娘を助けて…」と言い残し、意識を失ってしまった。彼が見せたスマートフォンには「娘は預かった。1億円用意しろ。13時までに駅に持ってこい」という脅迫メッセージと拘束された女の子の画像が残されていた上、バッグの中には大量の札束が…。驚いていると、追い打ちをかけるように「１秒でも過ぎれば娘の命はない」という非通知のメッセージが届く。 誘拐事件が起きていること、しかも身代金受け渡し時刻まであまり猶予がないことを悟った新藤は、通りかかったフードデリバリー配達員に救急要請を依頼して男性のことを頼むと、自分はバッグを抱えて指示された駅に向けて走りだす。 新藤から連絡を受けた主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、すぐさま新藤のバックアップにまわるべく捜査を開始。倒れた男性は、議員秘書の谷繁秀輝（吉田悟郎）で、彼の父は黒い噂が絶えない国会議員・谷繁正秀（山田明郷）と判明。そして誘拐されたのは、秀輝と妻・明里（早瀬マミ）の娘で小学５年生の風花（中村たんぽぽ）とわかる。だが、警察に通報は入っておらず、谷繁家が内々で対処しようとしたものと思われた。 その頃、なんとか指定された時間内に目的の駅に到着した新藤。だが、犯人から場所の変更指示が入り、新藤はまた全力で走ることに…。さらに、犯人とは別に、身代金を狙う謎の2人組が出現して…!?
ある休日、特捜班の主任・浅輪直樹（井ノ原快彦）と小宮山志保（羽田美智子）は、かつて鑑識官だった猪狩哲治（伊東四朗）の依頼を受け、古びたマンションに向かった。実は、猪狩の知人・佐々木敏江（中田喜子）が２カ月前に自室で孤独死したのだが、猪狩は生前、敏江から「自分はロクな死に方をしないと思う。死んだら調べてほしい」と頼まれていたという。 マンション管理組合理事長・堀井一郎（真砂京之介）や管理人・小坂真子（笛木優子）によると、敏江は30年前に夫と死別。定年まで弁当工場を勤め上げたあと、猪狩も所属する俳句の会に参加したものの気難しい性格で周囲となじめず、孤独に暮らしていたらしい。発見されたときは死後数週間経過しており、持病もあったことから心臓発作と判断されたようだった。 さっそく、敏江の部屋を確認した直樹たち。彼女には家族も友人もいないとのことだったが、室内には若者に人気のゲーム機や容量の大きな炊飯器も置かれ、誰かを家に呼んでいたような形跡があった。さらに、金庫の中には銀行通帳と古い写真、彼女が参加したらしい“終活セミナー”の書類が残されており、死亡推定日の少し前に銀行口座から400万円がおろされていたことが判明する。いったいその400万円はどこへいったのか…!? また、写真には若き日の敏江と夫らしき人物、幼い女の子がおさめられており、敏江に娘がいる可能性が浮上して…。 そんな中、ある人物が捜査線上に浮かぶ。それは終活セミナーのスタッフ・新田春斗（島村龍乃介）で、彼は青柳靖（吹越満）が更生を見届けてきた人物だった。敏江は病死ではなく殺人なのか!? そして彼女の死に春斗はかかわっているのか!? 真実を突き止めるため、直樹は猪狩の“弟子”でもある鑑識官・佐久間朗（宮近海斗）に、“ある検証”を要請するが…!? 遺品が語る孤独死の真実とは…!?
特捜班主任の浅輪直樹（井ノ原快彦）と後輩刑事の新藤亮（山田裕貴）は宝石店強盗事件の捜査中、繁華街で容疑者とよく似た男・朝倉昭雄（森谷勇太）と遭遇する。実は事件後、強盗犯が路地で覆面を脱いで顔をあらわにする動画がネット上に出回っていたのだ。２人は必死に朝倉を追うが、あえなく取り逃がしてしまう。追跡の最中、直樹は新藤から「自分は“主任”を目指している」、つまり今の直樹の立場と取ってかわるつもりだと、ハッキリ告げられて…。 一方、青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）は拳銃密売犯を追い、あるバーを張りこんでいた。この店のトイレで行われた取り引きが撮影された動画がネットに上がっていたのだ。２人は動画と似た男・馬場（フェルナンデス 直行）を発見し、追い詰めるが…。 そして小宮山志保（羽田美智子）は高尾由真（深川麻衣）から応援要請を受け、現場の高級住宅街に急行。その付近では最近、ペット窃盗事件が立て続けに起きていることがわかり…。 その後、捜査支援分析センター（SSBC）副所長・村瀬健吾（津田寛治）と分析官・三ツ矢翔平（向井康二）の解析により、３つの事件をつなぐ戦慄の事実が判明！ 捜査は思いもよらぬ局面へと突入していくことに――。さらに、直樹は警務部人事第二課に呼び出され、“まさかの打診”を受けるが…!?
宝石店強盗、拳銃密売、連続ペット窃盗という３つの事件がすべてフェイク動画による冤罪であることに気づいた浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班は、真犯人が新たに作成したと思しき犯行予告動画を調べていた。しかし、「150歳の老人の誕生祝いに、男は祝砲の弾を込め、女は皿に鳥の頭を盛って、新しい指揮者が古い指揮者を殺す」――という不気味なメッセージの謎が解けないばかりか、動画の最後に出現した真犯人らしき男についても手がかりは皆無で、犯行予告の日まであと３日しかないにもかかわらず、捜査は暗礁に乗り上げていた。 そんなとき、犯行予告日に警視庁150周年記念式典が開催されることが判明。真犯人の狙いは、このイベントなのか…!? 奇しくも150周年記念式典は、警視庁音楽隊に異動した特捜班前班長・国木田誠二（中村梅雀）の初舞台でもあった。 すぐさま式典の予定会場に向かった特捜班は、犯行予告動画に映っていた男・出口一郎（柏原収史）を発見して確保する。ところが、その背後で突然、爆発が…!? さらに、捜査支援分析センター（SSBC）副所長・村瀬健吾（津田寛治）と分析官・三ツ矢翔平（向井康二）が、ネット上にまた新たな犯行予告動画を発見！ その動画に出現したのは、またしても見知らぬ女の顔だった…。 他人の“顔”を利用してディープフェイク動画を作り、その顔を次々と脱ぎ捨てて犯罪を重ねていく真犯人は、いったい何者なのか…!? そして、なんと直樹の“顔”まで盗まれる衝撃の事態が発生!? 大勢の観客が集まる式典で大パニックが巻き起こる事態に！その式典で、何を思ったか、新藤亮（山田裕貴）がバディを組む直樹とは別行動を取りはじめて…。 犯人の顔も目的もつかめない、すべてが謎に包まれた犯罪に、特捜班はどう立ち向かうのか…!? 最後まで結末が読めない衝撃の展開が待ち受ける、シーズン最終回！
5年前の巡査部長夫妻殺害と1年前の警部補殺害の容疑で暴力団、龍丸会の会長・田野崎（伊東孝明）を逮捕した警視庁捜査一課特捜班。取り調べを進めるが、主任の直樹（井ノ原快彦）は、妙に素直に取り調べに応じ、ついには全面自供までした田野崎の態度が腑に落ちない…。 時を同じくして、警察庁審議官の桃子（名取裕子）が特捜班を訪ねてくる。相談があって警視総監・神田川（里見浩太朗）を訪ねたら、特捜班のところへ行けと言われたという。桃子は、ナイフを持った男に襲われた大学の後輩で検察庁・検事長の法子（山本未來）を守ってほしいと言い、直樹らが警護と襲撃犯の捜査をすることに。しかし、班長・宗方（寺尾聰）は桃子が何か隠しごとをしていると感じていた…。 早速、検察庁を訪れた直樹と新藤（山田裕貴）は、検察事務官の美里（山本千尋）から、法子を襲った男を裏で操っているのは元検事長の杉浦（羽場裕一）だと告げられる。杉浦は自分の不倫スキャンダルを法子がジャーナリストの千夏（田山由起）にリークしたと思い込んで、逆恨みしていると言うのだ。さらに、杉浦は、龍丸会から分裂して巨大勢力になった帝都龍丸会の顧問弁護士をしているので、犯人は帝都龍丸会の構成員に違いないと憤る美里を、法子は検事長らしく“憶測だけで語ることは許されない”と、いさめる。 一方、法子の襲撃現場の防犯カメラの映像を見ていた志保（羽田美智子）と村瀬（津田寛治）は、慌てて立ち去る女を発見。それは杉浦の不倫スキャンダルの相手で銀座のクラブのママ・涼香（井上晴美）だった。 数日後、特捜班に涼香が殺されたという連絡が。背中を刺され、布で目隠しされた涼香の遺体を目にした直樹らは、目隠しは犯人が何かを暗示しているのではないかと疑う。さらに、青柳（吹越満）と矢沢（田口浩正）の捜査で、涼香は十年前に龍丸会の会長・田野崎の愛人だったことが判明する。 涼香が何らかの理由で法子に接触しようとしていたこともあり、警護しながら法子の周辺も探ることになった特捜班。捜査にかこつけ、実は一目惚れしていた美里に話を聞きに行った新藤だが、龍丸会の男を見掛け、彼女と別れて尾行を開始する。するとその時、何者かが新藤の背中を刺した…！
