Anno 1735. In un'isola del Pacifico alcuni inglesi intrattengono scambi con degli indigeni. Fra essi c'è Jim Hawkins, un famoso medico che cura una giovane donna con rimedi naturali, guadagnandosi l'amicizia del capo-tribù. Improvvisamente però un suo amico, l'ufficiale Adam, lo chiama e lo porta su un versante dell'isola dove scoprono la tomba di un pirata di nome Long John Silver. Jim, improvvisamente demoralizzato, comincia a raccontare ad Adam la sua storia.
Dopo la distruzione della locanda, Jim e sua madre vengono portati dal dottor Livesey alla dimora del conte Triloni, il quale, impietosito, gli offre di lavorare per lui e dà a Jim la possibilità di continuare i suoi studi di medicina. Tuttavia Jim gli mostra la mappa e rivela che Billy Bones non è morto per caso, ma per un assassinio. Il conte Triloni è entusiasta per la scoperta del tesoro di Flint, ma lo è ancora di più il dottor Livesey, poiché nel tesoro si trova anche il Codex Indicus, il libro dove i primi coloni spagnoli trascrissero le conoscenze mediche, astronomiche e farmacologiche dei popoli nativi dell'America. Tuttavia Triloni si rende conto che la mappa è priva di coordinate, in quanto Bones le sapeva a memoria. Jim è scoraggiato da questo, ma poi si rende conto che il pappagallo (il quale lo aveva scelto come suo secondo padrone) ha imparato a memoria le coordinate, ovvero 75, 17, 15 e 29. Grazie ad esse Triloni colloca l'isola del tesoro in latitudine 75 ovest e longitudine 15 nord, ovvero nel Mar dei Caraibi. Estasiati dalla scoperta, il trio inizia a preparare una nave.
Jim sulla nave si mette alle dipendenze di Silver, il quale decide di insegnargli parte della vita di mare. Quando però il cuoco gli ordina di andare a prendere un sacco di patate in cambusa, Jim scopre che Tracy, Lynn e Jojo si sono imbarcati di nascosto per scappare da Bristol; il ragazzo promette di mantenere il segreto, conscio che se fossero scoperti il capitano li punirebbe a dovere.
Dopo aver scoperto il piano di Silver, Jim decide di avvertire il capitano; tuttavia l'isola del tesoro è ormai in vista e Smollett offre da bere a tutti, costringendo così Jim a servire tutti i marinai. Jim vorrebbe anche andare a servire il capitano, ma Silver manda Jojo anziché lui; allora il ragazzo finge un malessere e, non appena i pirati si distraggono, usa le funi delle vele per raggiungere la finestra della cabina del capitano. Ivi rivela al dottor Livesey, a Smollett e a Triloni l'intrigo di Silver; anche Jojo ne viene a conoscenza (dato che aveva appena servito da bere il capitano e aveva origliato dalla porta) e, ferito per il fatto che né Jim né Smollett si fidano di lui, se ne torna in cambusa. Smollett decide di dare ai pirati un giorno libero, opportunità che Silver vuole sfruttare per convincere il resto dei marinai a seguirlo; non appena i pirati sbarcano, il capitano fa calare due scialuppe per fuggire. Jim corre a prendere Tracy, Lynn e Jojo, ma quest'ultimo si rifiuta di seguirlo, affermando che seguendo il capitano Smollett al ritorno sarebbe tornato uno schiavo, mentre seguendo Silver può morire da libero. Lui e Jim si separano quindi con un abbraccio.
Jim, Tracy e Lynn raggiungono senza farsi notare l'accampamento dei pirati e, non appena questi si addormentano, il ragazzo corre a parlare con Jojo; questi però si dimostra irremovibile, ma afferma comunque che Jim per lui è un grande amico. Tuttavia Lynn esce per errore allo scoperto e il pappagallo Capitano Flint avverte gli altri pirati, che li catturano facilmente; tuttavia Silver gli impedisce di ucciderli per usarli come ostaggi. All'insaputa di tutti, una figura misteriosa li spia dal folto della giungla.
Dopo essere fuggiti per un soffio da Port Royal, Jim e i suoi amici si trovano per mare senza una meta con Jim ferito. Silver propone di fare vela verso Tortuga, l'isola dei pirati, ove avrebbero trovato rifugio; nonostante l'iniziale diffidenza, presto i ragazzi si rendono conto di non avere scelta e approvano. Durante il viaggio ritrovano l'Albatros, lo chabecco del capitano Acmed (ucciso da Flint nel terzo episodio); dopo aver dato un degno funerale al pirata e alla sua ciurma, il gruppo si rifugia sull'Albatros e lascia l'Hispaniola alla deriva.
Dopo due settimane, Jim e i suoi amici si sono ambientati a Tortuga e sono ormai esperti della vita marina; il più felice di tutti è proprio Jim, il quale, pur essendo conscio di fare una carriera da fuorilegge, si sente finalmente a casa. Un giorno però Druny lo informa che è ora di pagare i conti della locanda e, leggendoli, il ragazzo scopre che Silver gli ha addebitato trenta sterline di rum. Il pirata tuttavia non sembra molto preoccupato, infatti rivela che, secondo l'articolo 11 del codice dei fratelli della costa, è il capitano, ovvero Jim, che deve provvedere a tutta la ciurma. Il ragazzo prova a giocarsela con Silver a dadi, ma il vecchio pirata, essendo un barone provetto, lo batte senza sforzo. Poiché Jim non possiede tutto il denaro per pagare il conto alla locanda, Silver gli mette davanti l'unica opzione possibile : reclutare un equipaggio e assaltare un veliero carico d'oro.
Flint, ricevuto il messaggio del Pustoloso, costruisce con l'armata di zombie una flotta di Vele Nere e salpa per Tortuga con l'intenzione di raderla al suolo. Jim, intanto, è ancora sconvolto per la morte del dottor Livesey e se ne prende la colpa, dato che era stato lui a dargli la mappa; Silver però gli fa capire che le cose sono andate così per puro caso e che la colpa non è certo sua, dato che se non gliela avesse data Jojo sarebbe ancora uno schiavo e Tracy e Lynn sarebbero in convento. Poco dopo Jojo avvista l'armata di zombie e cerca di convincere i pirati di Tortuga a fuggire, ma per ovvie ragioni nessuno gli crede, nemmeno Silver, e i corsari si dividono in due gruppi per difendere meglio l'isola.
Flint invia le più veloci Vele Nere all'inseguimento dell'Albatros e conta di bloccarlo inviando zombie in tutto il Cariben; tuttavia Silver conosce un posto sicuro dove nemmeno il suo vecchio capitano potrà scovarlo. I ragazzi allora aumentano la vele della nave e così seminano le Vele Nere.
Dopo il rapimento di Kainda, Jim e gli altri devono sfuggire agli uomini del Portoghese, ma grazie ad un'astuta manovra di Silver affondano la loro nave e partono alla ricerca della nave su cui viaggia il Portoghese.
Flint raggiunge la nave del Portoghese, su cui ormai l'incendio è stato spento, e l'abbordaggio con gli zombie uccidendo tutti i marinai, per poi trasformare in zombie anch'essi. Hurakan compare però a lui e lo avverte che la sua pazienza è ormai al limite, poiché vuole che Flint si concentri solo sulla missione che lo attende; tuttavia il pirata fa notare al dio che Kainda è molto potente e potrebbe compromettere il suo piano. Hurakan allora acconsente a lasciargli inseguire la strega, avvertendolo però che gliela dovrà consegnare non appena l'avrà catturata.
Jim e gli altri riescono per miracolo a salvarsi dalla caduta dalla cascata. Jojo, distrutto per la morte della madre, si butta nel fiume cercando disperatamente di ritrovarla, ma Jim lo riporta a bordo dopo aver notato che le acque sono piene di caimani. Tracy e Lynn, anche loro affezionate a Kainda, soffrono quanto Jojo, così come Silver e Ben, dato che ora, senza più una figura materna, ci sono solo loro a fare da genitori ai bambini. Silver rivela infatti a Ben di non aver mai avuto un tale peso sulle spalle.
Dopo aver ritrovato lo zombie, Jim escogita un piano per catturarlo, che consiste nel farsi inseguire fino ad una trappola; tuttavia lo zombie, non appena lo vede, anziché attaccarlo scappa. Tracy e Jojo allora lo accerchiano, costringendolo a tornare nella zona della trappola, nella quale rimane imprigionato. Jim così capisce che, se vengono privati di un padrone, gli zombie non sanno più cosa fare e diventano fantocci inoffensivi. Dopo averlo legato, il gruppo prosegue verso la costa. Tuttavia non appena si fermano a bere la linfa di un albero del latte lo zombie fugge e finisce nelle sabbie mobili; Jim è allora costretto a entrare anch'egli nel pantano per tirarlo fuori e, aiutato da Capitano Flint, riesce nell'impresa. Jojo capisce che si trovano vicino a una palude e decide di mettersi subito in marcia per trovare un buon sentiero.
Il Portoghese raggiunge Veracruz e racconta al viceré Ramirez che alcuni pirati stanno giungendo in città per portare un malato di peste così da infettare la popolazione. Il viceré decide allora di catturarli e rinchiuderli.
Mentre sono per mare, Jim decide di tornare a Veracruz per riprendere il Codex; Silver allora propone di travestirlo da messicano, così che non possano riconoscerlo. Dopo aver scurito i capelli e la pelle di Jim e aver addestrato Capitano Flint per raggiungere l'Albatros, Jim scende a terra insieme al pappagallo e si reca in città.
Flint decide di preparare un'esca per i pirati : sparge infatti la voce che un immenso convoglio di navi cariche di oro sta per salpare da Cartagena, così che vengono attirati in una trappola, in cui l'alleanza delle cinque corone li sterminerà tutti. In realtà il piano di Flint è quello di far combattere pirati e marinai tra loro, per poi sterminarli con l'armata di zombie. Hurakan si compiace di questo piano e si complimenta col pirata, affermando che così avrebbe avuto un'infinita armata di zombie con la quale conquistare il mondo intero.
Jim e gli altri sono prigionieri degli altri pirati; i quali si preparano a partire per andare a cercare un tesoro inesistente; Tracy è la più sconvolta di tutti, dato che sa che Xun seguirà suo padre nel massacro. Improvvisamente però ricevono una visita da Feng, il quale ha deciso di credere al figlio e vuole ascoltare la loro storia, dato che sa che Xun ha il potere di capire se le persone sono sincere o meno. Jim gli rivela tutto e Feng comprende la gravità della situazione; tuttavia non vuole abbandonare gli altri pirati e decide di andare in battaglia lo stesso. Jim e gli altri decidono di seguirlo usando uno chabecco regalato a Tracy da Xun, l'Hasetah ("Tempesta" in cinese).
Ancora in fuga dalla battaglia, Jojo confida a Jim che ormai l'odio per Flint e il Portoghese lo sta sopraffando e che rischia di cadere nella vendetta, cosa che aveva promessa a Kainda di non fare; Jim lo rassicura, affermando che avrebbe trovato una soluzione sul Codex. Silver decide di tornare all'isola con la baia nascosta, così da potersi nascondere e pensare al da farsi.
Jim decide di partire alla ricerca di Kainda e quindi di tornare all'insenatura nella quale l'avevano persa. Tuttavia Xun afferma di non poter venire con loro, dato che se non tornasse subito in Cina a prendere il controllo della casata Uhi questa verrebbe schiacciata dagli altri clan. Pertanto lui e Tracy si separano, promettendo di ritrovarsi un giorno, e Xun parte con un contrabbandiere amico di Silver alle Antille Olandesi.