父の転勤で高校入学と同時に一人暮らしを始めることになった里見孝太郎。 見つけた物件は《ころな荘１０６号室》。家賃五千円、いわくつきの格安物件だ。 その晩、孝太郎の前に"幽霊"の東本願早苗が現れ先住権を主張、孝太郎を部屋から追い出そうとする！すると窓を突き破り"コスプレイヤー"が乱入！さらに畳の下からは"地底人"、壁の中から"異星人"が！？ 次々と現れる可愛い侵略者たちと、孝太郎との壮絶な（？）闘いの火蓋が 今切られた！？
《ころな荘》の大家・静香から突き付けられた「ころな陸戦規定」を前に考えをめぐらせる侵略者たち。 孝太郎は入学式当日に入部した「編み物研究会」に通い、会長・桜庭晴海に編み物を教わる吉祥春風高校生活を心のオアシスとしていた。 しかし時期外れの転入生が4名現れて...。―― あの手この手を使ってついに高校生活にも侵略開始!?
六畳間をめぐる攻防、その新たな線上に選ばれたのは《部活対抗障害物マラソン》！ 孝太郎は「編み物研」として晴海＆早苗と一緒に出場、ティアとキリハは配下を従え準備万端、しかも裏で何かを画策しているようで...!? コスプレ研究会の魔の手にかかった【自称】魔法少女ゆりかも泣く泣く競技に出場し、対決は思わぬ結末を迎えることに――!?
商店街の福引で、海辺の温泉宿の宿泊券を手に入れた一行は、106号室の攻防戦を一時休戦。 真夏のバカンスに繰り出すことに。浮かれる一同は水着ショップを訪れるが、早苗は楽しいだけではない様子...。孝太郎は偶然避暑に訪れていた桜庭晴海となんだか良い雰囲気に。 ところが、はしゃぐ美女軍団に怪しげな影が忍び寄っていて――!?
「俺たちは敵同士」― 孝太郎の言葉にショックを受けた早苗は一人、宿を飛び出すがゴーストハンターに囚われてしまう！ ゆりかの目撃情報を頼りに、早苗救出のため立ち上がった一同は、敵のアジトに殴り込むが...。 その頃、女悪霊に心を見透かされた早苗はさらなる疑心暗鬼に陥っていた。果たして悪霊たちの目的とは？ 孝太郎が出した切り札とは ――!?
文化祭直前、演目の決まらない演劇部を助けるべく、孝太郎たちは侵略ポイントをかけたシナリオ対決をすることに。 僅差ながら見事採用されたのはティアが執筆した『白銀の姫と青い騎士』。 主演の姫役に抜擢された桜庭晴海は、誰もが目を奪われる意外な才能を見せる。晴海の稽古相手を務める孝太郎に、ティアは本物の青騎士が重なって見えていた...。 一方、ゆりかは六畳間にあるものを持ち込んでいた...波乱が起きる予感!?
文化祭本番に向けてティアから青騎士の猛特訓を受ける孝太郎。 それぞれが準備に追われる中、舞台袖には見覚えのない人物が...？ ある日の稽古中、機材が倒れティアをかばった孝太郎は怪我をしてしまう。ティアの皇位継承権剥奪を目論むライバル・クランが現れ攻撃を仕掛けてきたのだ。 お互いを知り尽くしたティアとクランは、激しい戦いを繰り広げる！ 一方、ヘラクレスオオカブトも生命の危機に晒されていた――!?
魔法少女であることを誰にも信じてもらえないゆりか。そんな時【悪の魔法少女 ダークネイビー真希】が吉祥春風高校に転入してきた！ 同じ魔法少女である真希の正体、「ころな荘106号室」の危機を伝えても、まるで聞く耳を持たない孝太郎たち。さらには「ころな荘」で真希の歓迎会まで開いていて...。 晴海に背中を押されたゆりかは、六畳間と仲間たちを守るため、1人闘う決意をする――!?
晴海を庇い倒れたゆりか。不思議な光に包まれた晴海から、魔法の剣を授けられた孝太郎が応戦するも真希は姿を消す。 一方学校では、ティアとキリハ達が連絡が付かなくなった孝太郎達の身を案じていた。 ゆりかが魔法少女になった経緯を聞いた孝太郎と晴海は、彼女と一緒に戦うことを伝え「ころな荘106号室」向かう。 すでに魔力を制御した真希と、満身創痍のゆりかの決着は――！？
キリハの頼みで、幼稚園のヒーローショーに出演することになった一同。滞りなくショーを続けるも、突然『太陽部隊・サンレンジャー』が乱入してきた!? 突っ込み所満載の敵を無視し、ショーは大盛況のうちに幕を降ろす。 ショーの後も忙しく姿を消したキリハは、商店街で清掃ボランティア活動を手伝っていた...。 孝太郎は、地上侵略を目論む彼女が町の人たちと親しげに話す様子を見て、以前より感じていた違和感を口にする。 「キリハは侵略するには優しすぎる」――!?
キリハが孝太郎を誘った先は、かつて一度だけ来たことがあるという遊園地。2人を尾行する早苗たちは、映画館に入るがそこは「昆虫戦士カブトンガー」のヒーローショー会場!? 消えたルースに戦々恐々の一同。一方、子供のようにはしゃぐキリハと観覧車に乗り込んだ孝太郎。 そこで彼女の地上侵略の目的と、初恋の話を聞く。 しかし地中から不気味な轟音が聞こえてきていて――!?
「ころな荘106号室」での共同生活もすっかり落ち着いた12月、学校はクリスマスの話題でもちきりに。 『青騎士』舞台続編の稽古が始まるという時に、孝太郎はみんなに内緒でアルバイトを増やしていた。「恋人ができたんじゃ!?」とわくわく＆ヤキモキする周囲に迫られる孝太郎。 六畳一間の攻防戦はいったいどうなる...!?
