元素消失から６０年。人類は最盛期の十分の一に減少している。ある日、中学1年のレン、キアラ、ホミはこつ然と現れた幽霊城に気づき侵入する。するとアンドロイド（ユノ）が現れ、有無を言わさずQEX（モンスター）が出現しているネガアースへ送り込まれてしまう。ユノの指示でなんとかQEXから地球由来の元素（ポジ元素）を回収した3人は、謎の「おばちゃん（カー博士）」からエレメントハンターにならないかと誘われる。
カー博士からエレメントハンターにならないかと誘われるが、うなずけないレンたち。博士は今の地球の状況をクイズ形式でレクチャーする。そこにQEアラートが！ネガアースでレンたちはコロニーチームと初めて接触する。そして爆発に巻き込まれて死の恐怖を味わう。レンは悔しさからエレメントハンターになりリベンジしたいが、キアラとホミはどうしても怖い。
エレメントハンターになる決心が付かないキアラとホミ。レンはしびれを切らしてひとりでネガアースに向かおうとする。ネガアースではコロニーチームがＱＥＸ相手に苦戦。その時、まほろばタウンで銀の元素消失が起きる。思い出の写真（銀塩写真）が消えたのを目の当たりにしたキアラとホミはエレメントハンターになることを決意する。
太平洋で大規模な酸素の消失が起きる。街頭テレビの前で地球を救う決意をするレンとキアラ。そこにユノから呼び出しが。ネガアースでは光合成する不思議なカンガルーがＱＥＸ化していた。コロニーチームもやってきて「素人は帰れ」と一喝。しかし、その目の前で、ホミの作戦で地球チームは見事ポジ酸素を回収する。
レンたちが向かったのはネガアースの北極点。3人は凍えるが、ブースターウェアを着たコロニーチームは平然。そこに、水素を求めて生物を襲うＱＥＸが現れる。レンたちはＱＥＸ分解の作戦をたて実行しようとするが、コロニーチームにブースターウェアを着ていなければ命がなくなると指摘される。しかたなく回収をコロニーチームにゆずった。後日、キアラにブースターウェアが届く。送り主はアリーだった。
アリーから送られたブースターウェアの性能は予想以上だった。一方、アリーは訓練中に集中力を欠きミスを犯す。「私らしいってどんなこと？」。親の期待に応えることでここまでやってきたアリー。 ＱＥアラートでネガアースに飛んだ両チームは動かない宝石のようなＱＥＸと遭遇。レンは無謀にもＱＥＸの前でお尻をたたいて挑発する。この行動にヒントを得たアリーはレンと同じ行動に出てベリリウムを回収する。アリーが自分らしさに気づく回。
養父に「お前にもできる」と迫られる夢を見てうなされるホミ。体が弱く役に立たない自分にいらだっている。ＱＥアラートでネガアースに飛んだ3人がみたのは自在に変化する泥のＱＥＸだった。ホミの前では養父の形に、キアラの前ではタコに。ＱＥＸは相手の恐怖の対象に変化するらしい。すっかり萎縮して部屋にこもるホミの元にユノが激励に現れる。渋るホミを担いでネガアースに送り込み、ホミに作戦を立てさせる。自分の得意なこと、できることに気づき自信を取り戻すホミ。
金の元素消失が起きた。世界は大恐慌に陥る。政府はネガアースから金を回収するためにエレメントハンターを向かわせる。その任務の最中に肩を痛めるロドニー。そこに素早い動きのオサムシＱＥＸが現れる。レンたちも到着し、虫好きのレンが寿司酢のにおいでおびき寄せることを提案。ロドニーの指示の元、6人がしぶしぶ協力してリアクターエッジで寿司酢と王水を作り、金の回収に成功する。ロドニーのプライドと根性が発揮される。
元素回収にもなれてきた地球チーム。しかしレンは、元素回収にかまけて宿題は未提出・成績もガタ落ち、先生と両親から大目玉をくらう。 ネガアースでは、ヌタウナギＱＥＸが出現。干潮になると穴に隠れる習性があり、そこをねらって攻撃することになる。干潮は夜中。こっそり抜け出すレンに気づく両親。両親はレンを問い詰めるが、レンは何も言えない。怒った両親は学校以外の外出を禁止する。しかし、レンが必死に何かをがんばっていることに気づいた両親は、「やべきことはちゃんとやる」と約束するレンを許す。
オタクのトムは任務そっちのけで鉱物採集をしている。 そこにピンクの川のようなＱＥＸが迫ってくる。 シロアリにヘリウムが入り込んだのだ。 レンたちは水素を使ってヘリウムを回収したいが、まだもっていない。 そこにトムが現れ、レンの宝物のアイドルのブロマイドと交換で水素のプレパラートを貸す。 トムと初めて話したホミは、深い知識に感嘆し友達になりたいと思うが、断わられる。 トムは友人を必要としないらしい。
再び現れたカオリエリマキとの戦いに手間取るレンたち。 しかしキアラには親友ナターシャとの約束があった。 プロスケーターを目指すナターシャは元素消失のない町を求めて引っ越しを繰り返していて、日曜にまた転校するのだ。 キアラは、ナターシャのためにスケートの衣装を作ることを決意。 最後の別れの時間が近づいている時に、QEアラートがなる。 キアラを気遣うレンとホミはコロニーのエレメントハンターに協力をたのむ。 元素を無事に回収したキアラは、ギリギリでナターシャとお別れをすることができた。
もうすぐ１４歳になるアリー、エレメントハンターの卒業が迫っていた。QEアラートで出動する両チーム。そこにはパイプウニQEX「センボンウニ」が！対象の動きを正確に予想して電撃を撃ってくる！ レンはアリーと一緒に溶岩洞窟に逃げ込み初めてうちとけて話をする。 その時、レンはうっかりカー博士の事を話してしまう。コロニーに帰ってからカー博士のことを調べだすアリー。 その情報は最重要機密だった。 アリーは、司令官の警告を無視してカー博士について調べ続ける。
カー博士の情報を調べ続けるアリー。それに警戒する政府首脳部。 そこにＱＥアラート。過去に死亡事故をおこしたやっかいな植物ＱＥＸ「オウジュ」が目覚めたのだ。 「非公式のエレメントハンターを排除せよ」という副大統領の命令にしたがい、コフはアリーたちに待機命令をだす。何も知らずにネガアースに向かうレンたち。レンがひとりで先にオウジュを発見し「楽勝」と挑み掛かる。そこに命令を無視したアリーが駆けつけて止めるが、レンは攻撃をやめなず、あっという間に捕まってしまう。アリーがギリギリで助けるが、今度はアリーが！アリーを取り込んだオウジュが大爆発する。
アリーはレンを助けるために爆発に巻き込まれた。不安なまま情報を待つレン。そこに臨時ニュースが流れ、「アリー殉職」が発表された。レンはアリーを死なせてしまったトラウマで深く落ち込み、戦闘ができなくなる。殉職という情報に不審を抱いたカー博士は、アリー生存を突き止め、地球へ脱出させることを計画する。アリーは命がけの脱出を決行する。
戦闘できない自分にショックを受けうずくまるレン。そこにユノが現れコロニーからの脱出カプセルを回収しにいくと告げる。乗っているのはアリー！狂喜するレン。しかし、脱出カプセルはパラシュートがうまく起動せず着水に失敗。カプセルの中のアリーは動かない。その後、アリーはめざめるが、レンはトラウマが克服できず戦闘できない。コロニーでは、エレメントハンターの新リーダーがロドニーとトムに紹介される。なんと、アイドルのハンナだった。
新リーダーになったハンナは、政府に「プロジェクト」での自分の役割の大切さを強調し芸能活動の継続を認めさせ、ロドニーとトムを付き人としてこき使う。一方で、ネガアースでは超人的な能力を発揮する。しかも、レンたちが苦労して化学反応させた元素まであっさりと横取りしてしまう。性格も超人的だった！
ロドニーの父親は火星移住計画でのビジネスを行い政治家を目指している。一方キアラの父親は相変わらずの失業中。 QEXの出動地点には高層ビルのような奇岩がそびえている。岩の穴から出てきた正体不明の軟体動物にホミとレン、ハンナとトムがさらわれてしまう。幼虫の餌にされるのだ。残ったロドニーとキアラは協力して救助に向かい、コウモリとカニが合体したQEX「カサネセッタ」と戦う。
故郷を訪ねたアリーは、元素消失の現実を目の当たりにし、地球チームに協力する決意を固めて帰ってくる。アリーは、みんなに感謝の気持ちを込めて料理をするが、あまりのまずさに倒れるレン。キアラは慰めようとするが、アリーとの会話はすれ違う。カー博士はアリーに元素消失の原因についての自分の仮説を説明する。そのスケールの大きさに驚愕するアリー。一方で、レンたちはアリーを街に誘い出し理解し合おうとする。
出現したＱＥＸ「セキショウビ」は、見かけは「石」だが、移動し繁殖もする無機生命体QEX。瞬時に移動するＱＥＸを追って、クレバスの底に降りるコロニーチームに対し、地球チームは新たに加わったアリーの指示で地上待機させられる。不満がつのるレン。しかし、結果的に再び現れたセキショウビをレンたちが攻撃して元素を回収する。一方でコロニーチームはネガアースにはあるはずのないものを発見していた。
一度分解したはずのＱＥＸセキショウビが再び出現。残された小さな組織から再生したらしい。なんなく回収をしたレンたちだが、そこにオオアリクイのような生物が現れキアラをさらってしまう。子どもの餌にしようというのだ。逃げ出そうとしたキアラは、誤って激流に落ちてしまう。レンとホミは助けようと後を追うが、ホミが心臓の発作をおこしてしまう。ひとりだけ先に帰ろうとするホミに、ユノが衝撃のひとこと！「3人一緒じゃないと帰れないんです」。「え～！」おどろくレンとホミ。一方、キアラはロドニーに助けられる。そこで二人はリアクターエッジそっくりの金属片を発見する。
ネガアースで俊足のQEX「オンソク」に振り回されているレンたちの前に、マシンにのったコロニーチームが現れ華麗にカルシウムを回収してしまう。がっかりしたレンたちが帰還しようとポータルにもどると、そこに見上げるほど強大な足の生えた円盤のような謎の生命体がいた！黄金色の触手がレンたちを襲う！やっとラボに戻ったレンたちにユノが秘密兵器「かくれみの」を与える。再出動してなんとかスキャンできたレンたち。驚くべき事に円盤形生命体は３２種類のポジ元素でできていた…。
円盤形生命体を分析すると、体の中心にカリホルニウムの固まりがあった。カリホルニウムは地球では自然界には存在しない元素。驚く一同に、カー博士は「今まで通りQEXとのみ対峙するように」と告げる。 コロニーでは、発見した金属が円盤形生命体＝ネオQEXの関節に酷似していることに気づく。 出動したレンたちはパンダQEXから臭素を回収する。そこに地中からネオＱＥＸが現れる。それを追いかけるようにマシンにのったコロニーチームも飛び出してくる。ネオＱＥＸから攻撃され、ロドニーをキアラがかばって絶体絶命に！その時、ネオＱＥＸは突然停止し、液体金属となって地下に染みこんでしまう。
キアラの母親奈緒美はアクション女優で忍者映画を撮影中。その撮影現場でチタンの元素消失が起きた。命は助かったものの、映画制作は中止になり、落ち込む奈緒美を励ますキアラ。ネガアースには、手裏剣を撃ってくるムササビＱＥＸ「ネゴロノブスマ」が現れる。てんてこ舞いしているとさらにネオＱＥＸも出現！地球チームはネオＱＥＸの足がＢＥＣ化していないバナジウムであることを突き止め回収に成功するが、倒れたネオＱＥＸはネゴロノブスマのチタンを吸収し、武器を作って襲ってくる。危機一髪のところ、ネオＱＥＸは突然、地面に吸い込まれていく。
レンの父親、ダンは元素消失に巻き込まれ、両足を骨折する。定食屋は母親のアンがひとりで切り盛りすることに。 しかし、レンは任務に夢中で店を手伝おうとしない。キアラはそんなレンに怒りを感じている。 ネオＱＥＸの正体は依然分からないが、地球チームがカメＱＥＸ「ミズガミ」と戦っていると、また現れた。頭部を変化させて大砲のようなものを作ると発射し、山を破壊する！いったんは地中に消えるが、再び現れ、今度は大轟音を２回発射する。ハンナはなにかに気づいたらしい。
ネオQEXの発した音を攻撃ではなくコンタクトだと主張するレン。アリーとカー博士がレンの意見に賛成し、ネオＱＥＸとコミュニケーションを試みることになる。コロニーでは、マジモトがネオＱＥＸとのコンタクトを主張するが、川嶋長官が敵だと反論。元素消失の元凶であると訴える。 レンたちはサボテンQEX「サバクケンザン」からアルミニウムを回収した後、ネオQEXとコンタクトを始める。レンが打つ銅鑼の音に反応するネオＱＥＸ。一方コロニーは言語分析を使ってコンタクトを試みる。ところが、ネオQEXは突然ハンナとホミを体内に飲み込んで湖に消える。
ネオＱＥＸにとらえられたホミとハンナ。不思議な膜の中で、ホミは子どもの頃の記憶を甦らせる。母親に死なれ孤児になった2歳のホミ。検査の結果、次元フィルターローブはあるが心臓疾患があるので地球に戻されたことを思い出す。ハンナは、「作られた子供」「政府の道具」という呪縛を思い返している。目覚めた二人は、お互いの耳の形がよく似ていることに気づく。
カー博士は、ネオＱＥＸを操る知的生命体がマントルの中にいるのではないかと考えた。一方で、ホミはハンナと自分が兄弟ではないかと考え、ハンナの髪のＤＮＡ鑑定とユノに頼む。 地球チームが、カワセミＱＥＸ「コバルトソニドリ」と戦っていると、突然、ホミ型のネオＱＥＸが現れる。コロニーチームの前にもハンナ型のネオＱＥＸが現れていた。 キアラが知的生命体とのコンタクト優先を主張し、カー博士は遂にレンたちが元素回収をする本当の目的を告白する。カー博士の過去と３人の頭の中にあるナノポータルの存在を知るレンたち。 再び出動した地球チームは、コバルトを回収した後、ホミ型ネオＱＥＸと握手してみる。するとレンとホミの視野と思考が重なった！
知的生命体と繋がった時、レンとホミの思考と視野が重なった。脳の中にあるナノポータルが活性化した証拠だ。しかしキアラにはなんの変化もない。焦るキアラ。一方、政府は、ネオＱＥＸの背後にはマグマの中に生息する生命体がいて、コンタクトできれば、元素消失のヒントが得られると考えた。もし先に地球チームがコンタクトに成功していたとしたら、強硬手段に出ることも視野に入れて。 ＱＥアラートが鳴った！出動前、ユノはホミに、ＤＮＡ鑑定の結果、髪の毛の持ち主はホミと兄弟の可能性が高いと告げる。 ネガアースでマグマ生命体の調査をするコロニーチーム。地球チームは、今まで通りＱＥＸを追う。キアラは、卵を守っているツチブタによく似た生物を発見する。そこにＱＥＸ「モウシン」が現れる。どうやら、つがいの雄がＱＥＸ化してしまったらしい。ツチブタの好物「蟻酸」を使ってレンがアルミニウムを回収！ツチブタは仲の良いつがいにもどった。その時、突然地面が割れ、地底におちた３人はマグマの中から現れたシェイプシフター（ホミが命名）とつながりコンタクトに成功する。シェイプシフターは小さなパーツを３人の前に置いた。
アリーはカー博士に託された「ポータルの中で未知の出口を見つける」というミッションをこなしている。元素消失を止める鍵になるらしいのだが、成果は芳しくない。ネガアースから戻ったレンたちは、シェイプシフターに貰ったパーツをカー博士に見せる。 早速解析すると、パーツは不完全ながらなにかの情報記憶装置で中にナノポータルもあることがわかる。 カー博士は「私の仮説通り、これで元素消失から地球を救える！」と興奮する。３人の脳内情報から、シェイプシフターは、遠い昔に３つに分断され、残りの二つの部族も同じようにパーツを持っていることがわかる。 第２の部族に接触するために、マグマが吹き出しているポイント「ホットスポット」に行けばいいことがわかり、早速ネガアースへ。 氷に覆われたその場所には、ペンギンらしき生物の群れがいた。火口にＸ線を打ち込んでシェイプシフターを待つレンたちの前に、ペンギンＱＥＸ「ヒョウザンオウ」が現れる。 一方、政府は、早期火星移住を訴える川嶋長官がゼロ副大統領に政策改善を迫っていた。「地球の存続さえ怪しい時に、元素回収などなんの意味もない！」と。レンは、やってきたコロニーチームのトムの知識に助けられながら、ヒョウザンオウからスズを回収した。その時、キアラのもっているパーツが光り出した！気づいたトムはすかさずパーツをスキャンする。コロニーチームはレンたちがシェイプシフターとすでにコンタクト済みで、パーツを手に入れていることを知る。その時、地面が割れ、吹き出した溶岩が、コロニーチームと地球チームを分断した！
シェイプシフター 第２の部族 ディー族の出現を喜ぶ地球チームと、避けられていると察し焦るコロニーチーム。ハンナが無理にコンタクトしようと溶岩を飛び越えた瞬間、雪崩が発生！キアラとハンナがクレバスにおちてしまう。川嶋に「パーツを奪い取れ」と命令されているハンナはキアラに近づく。そこに現れたＱＥＸ「ヒョウガオウ」。キアラとハンナが競い合って攻撃し、リチウムを回収する。すると今度はブリザードが来た！避難した洞窟の中で、キアラに身の上話をするハンナ。キアラは同情し心を許すが、それはハンナの作戦だった。ハンナは巧みにパーツを盗んでしまう。気づいて追いかけるキアラ。逃げるハンナにホミは「君と僕は兄弟なんだ！」と告げる。動揺するハンナ。フライングライドで逃げるハンナに、地中から現れた巨大な蝶が迫りパーツを取り上げる。そして、口吻を使って地球チームとつながり「いにしえの約束に基づき、鍵を託さん…」という言葉と共に、パーツを２つ渡す。２つのパーツを合わせると、ふわりと人影のようなものが浮かび上がった。
シェイプシフターからもらったパーツを解析も進み、３つ目のパーツ獲得に燃える地球チーム。一方で、政府は、二つのパーツを民間人にとられた失態に意見が割れる。地球チームと手を組むことを主張するマジモト。「奪い取れ！」と主張する川嶋長官。その川嶋に、ゼロは衝撃の事実を伝える。地球以外の場所、月でも元素消失が起こっていたのだ。そうなると火星も安全とはいえなくなり、火星移住計画は救済策ではなくなったのだ。 焦った川嶋は、さらなる作戦を開始し、ハンナに一枚のチップを渡す。そこには、過去のポータル実験で起きた死亡事故が記されていた。実験を行ったのはカー博士で、死亡した宇宙飛行士はなんとレンの祖父だったのだ。ハンナはレンにこの事実を伝える。驚くレン。カー博士は、レンがエレメントハンターをやめると言い出すことを覚悟で、実験の詳細をレンに聞かせる。全てを理解したレンは、エレメントハンターを続ける決心をカー博士に告げる。カー博士は思わずレンを抱きしめようとする！
シェイプシフターとのコンタクトを目指して地底探索を始めたレンたち。アリーは、ポータルの未知の出口を探してアプローチを続けている。地球では、止まらない元素消失に焦る市民がデモ活動を繰り返している。 政府はカー博士の探索を行うが、ネット上にトラップが張り巡らされていて見つけることはできない。 焦っている川嶋長官はハンナに、シェイプシフターの爆破を命じた。ハンナは、娘の命をもかえりみない養父・川嶋に絶望する。 地底にはダンゴムシＱＥＸ「ダンガンチュウ」が現れ両チームを襲う。永久磁石化し、周囲の鉄鉱石を引き寄せるＱＥＸに全員が避難するが、ハンナだけは避難しないばかりか、マグマへダイブしようとする。ホミが決死の覚悟で助けるがハンナの絶望は止まらない。ＱＥＸからネオジムを回収すると、シェイプシフター第３の部族が現れ、３つ目のパーツは地殻活動によって失ってしまったことを告げる。
ますます加速する元素消失。しかし、元素消失を止める鍵を握る３つ目のパーツは失われていた。 アリーは、元素消失の原因は地球とネガアースの間にあるゼロの壁にあるでは…と考えポータルへのアプローチを続けているが、成果は上がらない。アリーを慰めるユノ。 ホミは、ネガアースの過去の大陸移動から失われたパーツが有りそうな場所を推測する。大人たちが希望を捨てたのに、前向きに挑戦を続けるレンたち。 そして、アリーは遂にポータルの中で未知の出口を発見する！ だが、その瞬間、突然、ポータルがロックされてしまう！
ネガアースに閉じこめられたエレメントハンターたち。アリーが、ポータルの中で未知の出口を認識し、アプローチしようとした瞬間にロックされてしまったのだ。エネルギー供給が絶たれたので、数日間で、ブースターウェアもマシンも使えなくなる。サバイバルに成功しても、ネガアースで生きられるのは長くても数年。ポジ元素におかされた物を食べればＱＥＸ化する危険もある。 パーツの情報、ポータルの３つ目の出口と、元素消失を解く鍵がそろいつつあるのに、最悪の状態だ。 カー博士は、アリーの見た３つ目の出口の存在から、ポータルは３つあると推測し、その出口からならレンたちは帰れると考えた。しかし、その情報を伝える術はただひとつ。ユノの体内のサブアトミックチップにその情報を書き込み、ユノを地中のコアまで潜らせて元素消失に載せてネガアースに送るしかない。しかし、それには政府の協力が不可欠。カー博士は、遂に政府の会議の場に姿を現し、協力を要請した。ネガアースでエレメントハンターたちは、ＱＥＸに襲われていた。ただ逃げまどうばかりの６人。レンはそこで３つ目のパーツを探しに行くことを提案する。まっていてもしかたないと考えたのだ。ロドニーとレンの２人は、パーツがありそうな海底に向かった。しかし、鉄の結晶に襲われる！
「ネガアースに閉じこめられたエレメントハンターたちを救出するために、ユノをコアに送り溶解させる」というカー博士の作戦は決行されることになる。しかし、アリーは、ユノの溶解・消滅を受け入れられない。夜の屋上でお互いの友情を確かめ合う２人。泣き笑いのアリー。地球では、ユノをコアに送り込む準備が着々と進んでいる。遂に、ユノがカプセルに搭乗し大量の溶解鉄と共に地中へ発進した。コアまでは１週間。ユノは体内で、サブアトミックチップを増殖しながら潜っていく。コアに達したユノは自らを溶解させ、ユノの体内のサブアトミックチップは、地球帰還する情報を載せてネガアースに送られた。
バッテリーはギリギリだが、とにかく行動しよう！と、レンたちは３つ目のパーツを探して海中に潜った。巨大な柱の迷路をくぐり抜けると、ダイヤの金庫の中にパーツを発見！パーツを取り出した時、キアラのブースターウェアのバッテリーが切れた！続いてレンのバッテリーも！３人が助け合ってギリギリで海面まで浮上した。真っ先に助けに向かうロドニー。獲得した３つのパーツをあわせると、なんとユノが浮かび上がった。ユノは「４０００万年待った」「ナイスな大人になってください」と訳のわからない事をいいながら、ポータルは実は３つありそこからなら地球に帰還できると告げて消えてしまう。６人はユノに教わった方法で地球に帰る。ほっと安堵するレンたちに、アリーはユノの消滅を伝える。
コロニーではパーツの解析が進められ、遂に元素消失を止める方法が判った。ユノが４０００万年前のネガアースに流れ込んでシェイプシフターともに長い時間をかけて解決方法を探り出し知らせてきたのだ。 会議では、元素消失の原因は十一次元にあり、そこにいけるのは、脳にナノポータルをもったレンたち三人だけだということが明かされる。十一次元に飛ぶことを決断する三人。命の保証がない十一次元へ飛ぶミッション。その前に一旦家に帰ったレンたちには、何気ない日常生活がいつもと違って見える。戻ってきたレンたちに、カー博士は元素消失の原因は私にあると告白する。遙か昔に叫んだ言葉が十一次元に眠っていた時空虫を目覚めさせ、宇宙感染症を引き起こしたのだという。６人は地球の期待を一身に背負ってポータルにアプローチする。
ポータルから次々にはじき出されるハンナ、トム、ロドニー。一方でレンたちは、不思議な空間に入り込んでいた。大量に増えた自分たちや膜宇宙の波…理解出来ない世界が広がっている。カー博士がレンたちに頭の中で語りかけてきた。「想像しなさい。この世界はあなたたちの認識にゆだねられている」と。レンたちは想像力を働かせて十一次元を作り上げていく。そこに現れたのは、５歳の少女エイミー。カー博士の昔の姿だ。エイミーが「地球なんかなくなっちゃえ！」と叫ぶと元素消失が起きる。連動して地球でも大規模な元素消失が起こり続けている。もはや限界レベル。十一次元には崩れ落ちるがれきの中に、最強の敵・ジゲンノリュウが現れる。エイミーのエネルギーが実体化したものだ。戦うレンたち。ぼろぼろになりなんとか倒したのに、元素消失は止まらなかった…。
元素消失が止まらず、地球は最終段階を迎えている…。十一次元では、レンたち三人が必死にエイミーを説得していた。しかし、エイミーは三人を寄せ付けない。エイミーのもっていたぬいぐるみからは、幼い頃、両親を津波で失った悲しい記憶が流れ出してくる。エイミーは両親を殺した津波を起こした地球を憎んだのだ。荒れ狂い続けるエイミーの心。カー博士は、レンたちに「私に体をください」と語りかけた。実体化したカーに、エイミーは母親を重ねる。５歳の自分の心を抱き留めるようにしてエイミーを抱いて昇天していくカー博士。虹色の雪が降り注ぎ、元素消失は止まった。 再生作業が進む地球で、６人はそれぞれの人生を歩み始めている。カー博士の遺言は「地球の未来を決めるのは、子どもたちです」だった。