卒業旅行としてホワイトハウスに訪れていた大学生の咲。 ホワイトハウス前でトラブるに巻き込まれていた所をなぜか全裸で現れた男に危機を救われる。 咲は助けてもらったお礼にと全裸男に咲の上着を渡すのだった。 しかしその上着の中には咲のパスポートが入っていたのだった。 咲は滝沢を追い、ワシントンの街を走る!! 咲は無事に日本に帰る事が出来るのか??
全裸男、滝沢と咲は共に日本に帰国する事となった。 そんな折ミサイル事件のせいで空港は大混雑していた。 しかし、なぜか滝沢は電話一本で空港をづることが出来た。 彼が持つ携帯には80億円の電子マネーが入金してあり、その残高が続く限り願いが叶う魔法の携帯であった。 そして…同じ携帯を持つ刑事が一人。 彼は携帯に配信される行動履歴により、滝沢を追っていた。 その刑事の携帯の残高は残り7,000円となっていた…。
滝沢の持っていたパスポートの住所を訪ねた滝沢と咲。 辿り着いたパスポートの住所には併設されたショッピングモールが存在した。 滝沢はその若さにして施設のオーナーなのか?? 2人っきりの夜を施設内のシネコンで明かそうとしていた所に、刑事が侵入。 滝沢は咲を守ろうと刑事と対峙する事になった。 何も知らずに1人朝を迎えた咲。 滝沢と刑事の戦いはいかに??
話は咲の生い立ち。 咲の両親は他界していた。 現在は姉夫婦と同居していたのだった。 実家に戻った咲は就職という現実と直面していた。 そしてその頃滝沢は携帯の履歴を追って医者であるというセレソンに会いに行く。 散々面会を渋った医者は携帯入手経緯を思い出せるという薬を処方した。 薬を服用したその時、滝沢の携帯が鳴る。。 「ごきげんよう、Mr.OUTSIDEだ」
ノブレス携帯の使用法を考えあぐねていた滝沢は使い途を咲に聞きに向かう。 その頃、咲は義理の兄と話をしていた。 「本当にやりたいことが見つかるまで面倒を見てやる」と優しい言葉をかけるのだった。 しかし咲にとってその優しさは辛い思いにかわるのだった…。 「これ以上迷惑はかけられない」と咲は内定者面談に向かう。
画期的なシェアサイト、東のエデンを開発したものの起業を断念した大学サークル「東のエデン」。 ワシントンで起きた話の経緯を知り、東のエデンメンバーは滝沢のシネコンに向かった。 サークル参謀の平澤は滝沢を不審感を拭えない。
失踪してしまった大杉。 滝沢はノブレス携帯で大杉の居場所が分かったのだが、 No.11のセレソンの手によって交通事故に巻き込まれて大杉の捜索を妨害されてしまう。 どうやら大杉はNo.11に捕らえられた模様。 そしてそのNo.11は男性器を切り取る癖を持つ連続殺人鬼の美女だったのだ。 ノブレス携帯は犯罪者にも配られたようだ。
滝沢の記憶と消去したらしい形態の履歴を調べるべくノブレス携帯の解析を決意する。 板津豊、通称「パンツ」なる、すご腕ハッカーに会おうと京都へ向かう。 神童と恐れられた過去を持つ、板津豊だが今は四畳半に引きこもり誰にも会おうとしない。 滝沢は謎を解くために板津の説得に踏み出す。
板津の手によって滝沢のノブレス携帯は解析が進んでいた。 そんな中いよいよい滝沢の過去が明らかにされていく… 活動履歴のログを調べていくとセレソンNo-10は、日本に壊滅的な打撃を与えるほどの依頼を受理していた。 そして活動履歴を探る板津のアパートにはセレソンNo-10と、No-01が迫っていた…
不安が爆発した咲は滝沢に電話をかけた。 滝沢は咲に記憶の謎とMr.OUTSIDEの秘密を知るセレソンNo-01/物部との会話を聞いて欲しいという。 滝沢、そして物部はその記憶の手がかりになるという播磨学園都市に向かった。 物部が真実を明かしていく中、電話越しに真実を知っていく咲。 物部が語る真実とは…!!
日本には第2の危機が迫っていた… エデンメンバーが集まった豊洲にもその危機は確実に迫ってくる!! 滝沢はこの救うに値するかも分らない楽園(日本)を守る事が出来るのか… そしてその方法は?? 二編の映画に続く最終話!!
再び記憶を消し、咲の前から去った滝沢はどこへ向かったのか? 「俺はずっと、君と一緒に旅した場所にいます」 60 発のミサイル事件から半年後――。 滝沢のノブレス携帯に残されたメッセージと新たな履歴を手掛かりに、咲はニューヨークへと出発した。 『一緒に旅した場所』という言葉の意味が彼女だけに分かるメッセージだと信じて・・・。 咲はもう一度滝沢に会うことが出来るのか? 滝沢がジュイスに依頼した「この国の王様になる」とはどういう意味なのか? 日本を救う新たな戦いが今、始まる。
ニューヨークから帰国した滝沢朗は、“東のエデン”のメンバーと合流。 セレソンゲームに決着をつけるため、内閣総理大臣の別邸へ向かう。 滝沢の帰国と同時に、セレソンたちの思惑も交錯する。 ゲームはいよいよ最終局面を迎えつつあった。 一方咲は、滝沢の過去にまつわる、ある秘密を掴むのだが……。 滝沢の出生の秘密は・・・。 セレソンゲームの結末は・・・。 Mr.OUTSIDEの正体は・・・。 滝沢と咲の恋の行方は・・・。 そして、この国はどうなっていくのか・・・。