無鉄砲な熱血捜査で負傷した警視庁捜査一課強行犯係の刑事・矢代朋（波瑠）は復帰早々、異動を命じられる。異動先は薄暗い地下にある窓際部署――「特命捜査対策室」第6係。未解決事件の文書捜査を担当する「文書解読係」だった！ 朋は戸惑いながらも、文書解読のエキスパートと呼ばれる不愛想な先輩刑事・鳴海理沙（鈴木京香）らとともに、新部署で働き始めることに。だが、その業務内容の実態は、単なる捜査資料の“倉庫番”にすぎず…。 そんな折、強行犯係の刑事たちが理沙のもとへ、つい先日起こった連続変死事件の被害者である女性2人の遺書を持ち込む。その遺書を読んだ理沙はすぐさま犯人像と犯行動機を解析するが、強行犯係たちは懐疑的…。その矢先、新たな情報が第6係にもたらされる。先の被害女性2人の部屋に、10年前の日付が記されたミステリー作家・嶋野泉水（中山美穂）のサイン入り自著があったというのだ。実は、泉水は10年前に密室状態の自宅で腹部を刺されて死亡！ 密室トリックの解明はおろか、犯人の目星さえ付けられないまま、捜査は打ち切りになっていた――。 事情を聞いた朋はやる気満々で、強行犯係に10年前の事件の合同再捜査を提案。朋の熱血ぶりを冷めた目で見る理沙だが、朋が聞き込み捜査で直感したという推理を聞くや、興味を示しだし…!?
大手IT企業の社長令嬢が連れ去られ、1億円もの身代金を要求される誘拐事件が発生する。早期解決を目指す捜査本部は、各部署から人員をかき集め体制を強化。「特命捜査対策室」からも第6係の刑事・矢代朋（波瑠）が招集される。誘拐されたのは中学生の幸田遥花（畑芽育）。犯人が電話で、父親・幸田雅也（戸次重幸）に遥花の声を聞かせたとき、遥花は「かもめ」とだけ口にしたという。まるで意味が分からない朋だが、その一言は文字フェチの同僚・鳴海理沙（鈴木京香）に12年前のある未解決事件を思い出させることに…！ それは主婦・坂下菜々美（高岡早紀）の娘・芽以が誘拐された事件。実は当時、芽以も今回と同様に「かもめ」という言葉を発していた――。 まもなく身代金の受け渡し役に任命された朋は、雅也の秘書に扮し、指定場所に赴く。ところが犯人の指示で方々を走らされた結果、自慢の体力があだとなり、本物の秘書でないことが犯人に露見！ 身代金はまんまと誘拐犯の手に渡り、人質も解放されないという最悪の事態を招き…。 一方、理沙は「特命捜査対策室」の室長・古賀清成（沢村一樹）から、犯人と雅也の通話解析を命じられる。そんな中、朋は先輩刑事・草加慎司（遠藤憲一）から、12年前の未解決事件の詳細を聞くことに。その事件は、今回の誘拐事件と奇妙な共通点を持っていただけでなく、理沙を人嫌いにさせる原因にもなっていて…!?
大学教授・塚本秀平（吉田栄作）のもとで百人一首を研究していた大学生・舞阪佳織（福原遥）が、白昼の駅前駐輪場で刺殺された。事件当時、現場から立ち去る男の目撃情報があったにもかかわらず、被疑者を捕まえることはできなかった…。佳織は百人一首の一札を握って絶命していたが、その意味を見つけ出すこともできず、事件は通り魔による凶行とみなされ“未解決”のまま凍結していた――。 その5年後、腕に「MISEBAYANA」というタトゥーのある男が殺される。その男はほかでもない、佳織と交際していた会社員・与田秀樹（深水元基）だった！ 2つの事件に関連はあるのか、そして被疑者は一体誰なのか…。その謎を解くべく、「特命捜査対策室」第6係の熱血刑事・矢代朋（波瑠）は事件現場へ出向き、捜査を開始。第6係が専門とする文書捜査の域を出た行動に「特命捜査対策室」室長・古賀清成（沢村一樹）は目くじらを立てるが、朋は意に介せず、足を使った捜査を続行する。 そんな中、朋は佳織が持っていた百人一首の箱に“間違ったもの”が入っていた、との情報を得る。その“間違ったもの”と“彼女の日記に頻出する言葉”を分析した文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は、佳織の知られざる一面を推察。さらに、箱の中にあるべき1枚がないことに気づき…!? 朋と理沙は手掛かりを求め、塚本のもとへ。だが、塚本からはこれといった手掛かりを得ることは出来ない。その矢先、佳織の同級生から得た些細な証言が思わぬトリガーとなり、朋の脳裏に“これまでの捜査を根底から覆す記憶”がよみがえる――。
ショップ店員・長瀬真智（吉井怜）が山中の橋から転落し、全身打撲で意識不明の重体に陥った。この事件が発端となり、ひとつの未解決事件の捜査が再び動き出す。真智が乗っていた車から採取された毛髪のDNAが、ある失踪者のものと一致したからだ。失踪者は近所でも“理想の主婦”と評判だった藤田里美（真飛聖）。里美は15年前、代議士の夫・藤田晃一（堀部圭亮）と息子2人と共に祭りに来ていたが、まるで神隠しのように突如姿を消してしまっていた――。 真智の車からは、毛髪だけでなく、9桁の数字が羅列された“謎の文書”も見つかっていた。妙に張り切る「特命捜査対策室」室長・古賀清成（沢村一樹）から“捜査の脇役”扱いをされながらも、「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋（波瑠）は文書を解読して捜査に貢献しようと奮起。やがて証拠文書の紙が移動図書館のチラシだと突き止めた朋は、9桁の数字が蔵書の資料コードだとにらみ、番号から割り出した蔵書と資料をかき集める。すると、それらはすべて失踪事件に関する書籍や、里美が失踪した事件に関する記事で…！ やがて、真智と15年前の事件現場との間に“ある接点”があったことが判明。そんな中、里美が息子たちに託した手書きレシピを見た第6係の文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は「字が泣いている」と言い出す！ さらに、息子たちへの直筆メッセージにもぬぐえない違和感を覚え…!?
厚生労働省の官僚・須賀勇蔵（児玉頼信）が突然、腹部大動脈りゅう破裂で死亡した！ 原因は体内から見つかった「モスキートペアン」と呼ばれる小型鉗子。実は、須賀は5年前に「松河総合病院」で大腸がん手術を受けており、モスキートペアンはその際に放置されてしまったものだとみなされる。 思わぬ形であぶり出された5年前の医療ミス疑惑…。しかも、この疑惑がある未解決事件にも光を当てることになる。実は、手術の1週間後には、同院の放射線技師・中尾勲（町井祥真）が刺殺される事件も起こっていたのだ！ 当時、警察が手掛かりにしたのは中尾が最期に残した、たった一文字の血文字「も」。だが、捜査は思いのほか難航し、事件解決には至らずにいた――。 「特命捜査対策室」第6係の熱血刑事・矢代朋（波瑠）と文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は、この未解決事件に注目。中尾が殺されたのは「術後のレントゲン撮影で体内のモスキートペアンに気づいたため」で、ダイイングメッセージの「も」はモスキートペアンを示唆していたのでは…と推察する。だが、執刀医を務めた現院長・松河正一（植草克秀）をはじめ、手術関係者にはアリバイがあり…。 そんな中、今は別の病院に移っている手術関係者のリストを見た朋は、目を見張る。そこに記された第一助手の名前は松河森次（宮迫博之）――数カ月前、捜査中に重傷を負った朋を、死の淵から救ってくれた恩人だったのだ！ 朋はさっそく森次に捜査協力を依頼。「松河総合病院」が頑なに開示拒否する須賀のカルテを手に入れようとする。ちょうどその頃、第6係の係長・財津喜延（高田純次）は、驚愕の新事実をもたらす文書を入手。その筆跡と“ある一文字”に、理沙が鋭く反応し…!?
ダンサーの遠藤千鶴（板野友美）が鉄パイプで頭部を殴打され、殺害された。犯人は財布を奪って逃走。警察は強盗目的と怨念の両面から捜査したが、事件解決につながる手がかりは見つけられぬまま、時が過ぎていった――。 その6年後、「特命捜査対策室」第6係の熱血刑事・矢代朋（波瑠）は高校の同窓会に参加。そこで再会した磯野賢治（柳下大）から、千鶴を殺した犯人が分かったかもしれないと耳打ちされる。そう…千鶴はほかでもない、朋たちの同級生だったのだ！ どういうことなのか気になった朋は、磯野が雇われ店長をしているカフェバーへ。同窓会グループのSNSページを初めて見せられ、そこに登録しているメンバーの中に犯人がいる、との推理を聞かされる。だが、磯野が何かを言いかけた途端、同窓生の西島圭人（桐山漣）と袴田高一郎（榊原徹士）が来店し、会話は中断。朋は続きが気になりながらも、磯野に促されるまま帰宅する。 ところが3日後、とんでもない事件が起こってしまう。磯野がカフェバー内で何者かに刺殺されたのだ！ しかもその日、磯野が同窓生・吉井友莉子（入山法子）と口論している現場を、従業員が目撃しており…!? 激しく動揺する朋。そんな朋を心配した刑事・草加慎司（遠藤憲一）の呼びかけで、第6係は自発的に捜査を開始。磯野が言っていた同窓会グループの投稿に注目する。そんな中、文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は、一見どうでもいい話を綴った千鶴の投稿文の中に、ある暗号を見つけ出し…!?
2003年秋――。警備会社の現金輸送車が襲われ、現金三億円を強奪された。だが、犯人特定につながる遺留品はごくわずか。事件は無念にも、迷宮入りしてしまった…。 それから15年後、都内で男の死体を見つけたとの通報が入る。ところが警察官が駆けつけると、そこに残されていたのは不可解なカードと、今や懐かしい二千円札のみ。死体は跡形もなく消えており、その後1キロ離れた路上で発見される…という奇怪な事件が起こる。銃殺体で見つかったのは、中古品の転売ビジネスをしている藤枝信也（長谷川朝晴）だ。藤枝を殺したのは誰なのか、そもそも彼の死体はなぜ移動したのか…。捜査に乗り出した強行犯係の面々が訝しがる中、驚きの事実が判明する。現場に落ちていた二千円札は、15年前の三億円強奪事件で盗まれたものだったのだ！ 未解決事件が絡んできたことで、矢代朋（波瑠）ら「特命捜査対策室」第6係のメンバーも捜査に参加。藤枝の殺害現場に残されたカードの解読は、文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）に託される。理沙はすぐさま、アルファベットと記号が１字ずつ印刷された全9枚のカードを精査。「RISK（危険）, HELP（助けて）」というメッセージの読み取りに成功する。そんな中、このメッセージの発信者をめぐって、朋が“突拍子もない推理”を提示し…！ やがて別の場所で、また同じ種類のカードが9枚見つかる。だが、今度はさすがの理沙も解読にてこずり、捜査は難航してしまう。その矢先、第3のカードが発見され、ある会社の名前が導き出される。しかも、その会社の社員・百々瀬佐智（谷村美月）が一昨日前から無断欠勤していることが判明し…!? 謎多き事件の真相を解明すべく、まい進する朋。そんな朋を“絶体絶命の危機”が襲う――。
百々瀬佐智（谷村美月）を誘拐し、その父・百々瀬博昭（石黒賢）から身代金をせしめて逃亡した秋田昇（岡田浩暉）が、「特命捜査対策室」第6係の熱血刑事・矢代朋（波瑠）を銃で撃って逃走した！ まもなく、朋を撃った拳銃と、4日前に藤枝信也（長谷川朝晴）を撃った拳銃が同じものだと判明。どちらも秋田の犯行だったと裏付けられる。 しかし同時に、不穏な情報も浮かび上がる。なんと使用された拳銃は、科捜研で15年前に登録されている晴海東署のものと同じだったのだ！ それが事実ならば、警察の威信にかかわる大問題になってしまう…。「特命捜査対策室」の室長・古賀清成（沢村一樹）は取り急ぎ、部下たちに箝口令を発令。そんな古賀の前に再び、元刑事局長・野々村慎太郎（岩城滉一）が現れ…。 その矢先、秋田が潜伏先のホテルで、何者かに胸を刺されて死亡。秋田の自宅からは、思わぬものが見つかる。それは、藤枝の遺体発見現場に落ちていた二千円札と続き番号の札――ともに15年前の三億円強奪事件で3人組の犯人に盗まれたものだった！ 仮に秋田と藤枝が三億円強奪事件の犯人だったとしたら…2人を殺したのは残る1人の犯人という可能性もある。無事解放された佐智からも話を聞きながら、絡み合う事件の真相を追い求めていくことに。そんな中、三億円強奪事件の捜査資料に目を通した文字フェチ刑事・理沙（鈴木京香）は、ある筆跡に違和感を覚える。 何度も見立てが覆り、二転三転する捜査。そんな中、一連の事件の背景に“言葉を使った驚愕のからくり”が浮かび上がる――。
テレビにも出演するほどの売れっ子弁護士・有田賢太郎（大鶴義丹）が、自身の不倫騒動で好奇と非難の目にさらされる中、撲殺体となって見つかった。奇妙なことに、遺体の周辺には破られた紙片が散乱。貼り合わすと、不穏な一文が浮かび上がる。それは…「もーいちど ころす しょーしたい」という文言だった！警察はすぐさま、有田の家族や勤務先の法律事務所、そして愛人だった女優・遠山夏希（黒川智花）への聴取を開始。だが、有力な容疑者は特定できず、時は過ぎていったのだった--。この未解決事件の発生から5年。警視庁捜査一課「第3強行犯捜査 殺人犯捜査」第5係の刑事・岡部守（工藤阿須加）が、つい先日係長に昇進した桑部一郎（山内圭哉）の依頼を携え、未解決事件の文書捜査を担当する「文書解読係」こと「特命捜査対策室」第6係を訪問。ある新事件の文書を解読してほしい、と頼みに来る。被害者は建築現場の日雇い労働者・幸坂達治（宮川一朗太）。現場から逃亡した男に火をつけられたと思われる幸坂は、指紋も取れないほど無残な焼死体で見つかった上、彼の部屋にはなんと「もーいちど ころす しょーしたい」と書かれた紙が落ちていたのだ！
クセのある書風で「藤原」と刺繍されているスーツを着た男性が、他殺体で見つかった。刺繍の文字が気になった「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋（波瑠）が、文字のエキスパートである先輩・鳴海理沙（鈴木京香）に見せると、理沙はハッと目を見張る。その書風は、理沙も大好きな鎌倉初期の歌人・藤原定家の筆跡を模した《定家様（ていかよう）》だったからだ！ 被害者は“ただの藤原さん”ではないとにらむ理沙。と同時に、彼女の脳裏には“ある未解決事件”の記憶がよみがえる――。 それは今から10年前、国文学の権威である啓星大学の教授・板橋京介（佐渡稔）が、研究室内で何者かに殺された事件。研究室からは、古書店「大蔵堂」の店主・倉木達也（合田雅吏）が「鑑定のため板橋に預けていた」と主張する古書が消えていたのだが、その古書こそは藤原定家の直筆による写本＝《定家本》の可能性がある代物だったのだ！ 消えた古書がもし本物の《定家本》ならば、国宝級の大発見だ。まるで恋でもしたかのように興奮した理沙は、いつもなら嫌がる外回りの捜査を率先して開始。さっそく朋と一緒に、10年前の事件で一時は疑いの目を向けられた啓星大学の国文学教授・真田誠（松下由樹）の自宅を訪問する。改めて10年前のことを聞きたいと告げる朋たちに対し、怒りをあらわにする誠の夫・真田学（野間口徹）。一方、誠自身は快く応対してくれるが、有力な手がかりとなるような話は出てこず…。 その矢先、両事件の新接点が判明する。なんと“刺繍の被害者”は8年前まで「大蔵堂」に勤めていた藤原伸一（おかやまはじめ）だったのだ！ この事実をもとに「特命捜査対策室」室長・古賀清成（沢村一樹）は“大胆な仮説”を立て、両事件を正式に関連付けて捜査することを決定。朋も古賀の仮説には一理あると考えるが、理沙はなぜか全否定し、自分のやり方で単独捜査すると宣言して…!?
熱心な指導で私立稜泉学園のバスケットボール部を全国大会初出場へと導いた名物コーチ・片山彰（谷田歩）。そんな学園きっての英雄ともいえる片山が全国大会の開幕前日、何者かに殺された。だが、犯人の特定は思いのほか難航…。事件は未解決のまま、月日は流れてしまっていた――。 あれから3年。ある日、参議院議員の公設秘書・上原望（沢井美優）が自宅のリビングで殺されているのが見つかる。しかも、リビングのDVDデッキに入っていたディスクには、非常に整った筆跡で「稜泉学園バスケ部 木曜日」と記されていたのだ！ 収録されていた映像は、例の未解決事件から3年が経ち、再び全国大会出場の切符を手にした同校バスケ部の特集番組。だが奇妙なことに、録画されていたのは番組の途中からで、ディスクに残された指紋も被害者のものではなかったのだ！ 2つの事件には何らかのつながりがある――そうにらんだ矢代朋（波瑠）ら「特命捜査対策室」第6係のメンバーは、さっそく録画された番組の元映像を手配し、最初から見直すことに。すると、そこに収められていた3年前の片山の指導映像に、なぜか望の姿が映り込んでいることが判明し…!? 手がかりを求めて稜泉学園へ向かった朋は、3年前に同校バスケ部のキャプテンだった教育実習生・唐木田玲一（伊藤健太郎）が、授業で国語辞典を使ったクイズを展開している姿を目撃。興味を示す朋に、玲一は高校時代に感銘を受けた国語教師・藤沢さおり（高梨臨）の授業の受け売りなのだと明かす。密かに玲一自身の“ある行動”が気になっていた朋は、彼が持っていた高校時代の授業ノートを借り、文書捜査のエキスパートである鳴海理沙（鈴木京香）に見てもらうことに。すると、理沙は“ある単語”と“出題された日付”の間に、どうにも拭えない違和感を覚え…!?
5年前の未解決事件で何者かに殺された棋士・「居飛車のプリンス」こと佐田貴雄（足立理）の娘・彩子（久保田紗友）が、亡き父の後援会長だった外食チェーンの経営者・山井英俊（長谷川初範）と共に、警視庁の相談窓口にやって来た。なんでも今になって突然、佐田が殺された際に盗まれた将棋駒がネットオークションに出品され、1週間も経たぬうちに出品が取り消されるという、不可解な出来事があったというのだ。話を聞いた矢代朋（波瑠）ら「特命捜査対策室」第6係のメンバーは、すぐさま事件を再捜査することに！ まずは出品された駒が本物かどうかを確かめるため、朋ははるばる山形へと足を運ぶ。 朋が向かった先は、一番弟子・桜木歩（永井大）に伝統を継承しながら、将棋駒作りに専念する職人・桜木正村（小野武彦）の工房。実は、出品された駒は17年前、「毎朝杯」決勝戦でライバル棋士・「千駄ヶ谷の虎」こと西川悟（木瀬哲弥）に勝った佐田に贈られたもので、正村の作品だったのだ。オークションの画像を見て、自分が作った駒で間違いないという正村。しかもよくよく話を聞くと、この対局で「二歩」を打って反則負けした西川が、同日夜に暴力団員を殺して行方をくらます事件が起こっていたことも明らかになる！ 5年前の「居飛車のプリンス」殺害事件と、17年前の「千駄ヶ谷の虎」が起こした殺人事件――将棋界の頂上決戦…その勝者と敗者が絡む2つの未解決事件の接点を求め、朋たちは捜査を続行。まもなく、幼い頃から良きライバルとして切磋琢磨してきた佐田と西川が、プロになってからは同じ女性に惚れてしまったことで関係がギクシャクしていたことが判明し…。 その矢先、佐田の娘・彩子は父に宛てられた差出人不明の手紙の束を発見する。しかも妙なことに、どの手紙にも“謎の3文字”が記載されていて…!? そんな中、第6係の鳴海理沙（鈴木京香）と国木田哲夫（谷原章介）は17年前の対局を再現。当時は見過ごされていた“ある事実”に気づき…！
閉店間際の銀行に3人組の男が押し入り、立てこもった。しかも人質の中には、「特命捜査対策室」第6係の刑事・草加慎司（遠藤憲一）の娘で、3年前に妻と共に家を出ていった草加美里（佐久間由衣）がいた上に、なぜか犯人は「草加という刑事に電話させろ」と警察に要求してきたのだ。そんな中、防犯カメラ映像で、漢数字の「三」が書かれた紙を持たされる美里と、犯人の一人の顔を確認した草加は息をのむ。その男はある未解決事件の捜査で出会った河本直也（矢野聖人）だったからだ！ 草加が担当した未解決事件とは12年前、専門学校生・麦野奈津（水谷果穂）が帰宅途中に刺殺され、地面にダイイングメッセージともとれる漢数字「三」の文字が書き残されていた事件。しかし、奈津に当時つきまとい、漢数字「三」が名前に入っていることから真っ先に容疑がかかった大学生・三田良平（佐藤祐基）のアリバイは完璧…。奈津の父が経営する児童養護施設で育った直也から、必ず犯人を捕まえてほしいと懇願された草加は逮捕を誓ったが、必死の捜査もむなしく三田のアリバイは崩せず、他に犯人も特定できず仕舞いだった――。 草加は立てこもり犯の指示に従い、すぐさま電話。すると、直也は人質の命を盾に取り、約18時間後の翌朝10時までに奈津を殺した犯人を捕まえるよう要求する。自分のせいで起こった事件だと、自責の念に駆られる草加。だが、人質の家族は捜査に直接関われないため、自らの手で決着をつけることはできず…。 まもなく直也以外の立てこもり犯は、同じ児童養護施設で育った高村青斗（落合モトキ）と竜崎健一（山根和馬）で、3人とも奈津と仲が良かったことが判明する。さらに矢代朋（波瑠）は、12年前の事件当日、直也の施設卒業を祝う会のために奈津が用意した寄せ書きを入手。そこに書かれた「麦」の文字に、文書捜査のエキスパート・鳴海理沙（鈴木京香）は引っかかり…。 その矢先、人質の一人が持病を発症。直也は急病人と交換する人質として、理沙を指名する！ 覚悟を決めた理沙は、朋と草加に“ある文書”にも違和感があったと告げ、銀行へ入っていくが…!?
人気イタリアンレストランのオーナー・入沢博人（武田航平）が手足を縛られた状態で、新店舗の冷凍施設に閉じ込められ、凍死した未解決事件から5年――。成功のノウハウをまとめた自著『億りびと』を上梓したばかりのネット長者・西松文也（渡辺邦斗）が、入沢と同じように手足を縛られ、ホテルのバスタブで溺死しているのが見つかった。その遺体を見た「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋（波瑠）は、くるぶしに彫られた奇妙な刺青に目を留める。文書捜査のエキスパート・鳴海理沙（鈴木京香）によると、その刺青は「梵字」。しかも、5年前の被害者・入沢の腕にも「梵字」の刺青が彫られていたというではないか！ 2つの事件にはつながりがあると直感し、捜査に乗り出そうとする朋。その矢先、「特命捜査対策室」の室長・古賀清成（沢村一樹）を介し、警視庁刑事部のナンバー2である参事官・小野塚吾郎（筧 利夫）から呼び出しがかかる。なんでも、小野塚の肝いりで新設された「捜査情報係」に所属する刑事が、3日前から行方不明になっているため、朋に捜してほしいというのだ。その刑事とは、朋が新人時代に世話になった富野康彦（市原 隼人）。新人たちから「ミスターパーフェクト」と呼ばれていたエリート刑事で、朋も慕っていた人物だった！ さっそく富野の自宅へ向かった朋は、鍵が開いたままで、室内も荒らされていることを疑問視。さらに、部屋の固定電話の留守録ボタンが点滅していることに気づく。そこに残されていたのは、楽器店に勤める富野の恋人・杉山貴子（北乃 きい）からのメッセージ！ 朋はすぐさま貴子に会いに行くが、富野と3日ほど連絡が取れないことはよくあるそうで、貴子にも居場所などに心当たりがないという…。 一方、5年前の事件を洗い直していた第6係の草加慎司（遠藤憲一）と国木田哲夫（谷原章介）は、入沢と西松がかつて年配者を狙った詐欺商法でつながっていたとの情報を入手。そんな中、事件関係者の背後に“理沙と関わりのある超大物”の影がちらつき出し…！ やがて、朋も耳を疑う形でつながっていく“2つの未解決事件”と“エリート刑事の逃亡劇”――。その先には、とてつもない闇が待ち受けていて…!?
5年前の未解決事件で殺された人気イタリアンレストランのオーナー・入沢博人（武田航平）と、つい先日殺されたネット長者・西松文也（渡辺邦斗）。共に「梵字」の刺青を入れた被害者2人は、かつて同じ詐欺事件で逮捕されていた。しかも、彼らを不起訴処分へ導いた弁護士・若林守（矢柴俊博）は、行方をくらましたエリート刑事・富野康彦（市原隼人）の捜索を「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋（波瑠）に極秘依頼した警視庁幹部・小野塚吾郎（筧利夫）と、裏でつながっていたのだ――。 徐々に明るみになる“警察組織が絡んだ闇”…。そんな中、富野が警視庁から持ち出した拳銃で、「特命捜査対策室」の室長・古賀清成（沢村一樹）を撃ち、またも姿を消してしまう！ あの「ミスターパーフェクト」と呼ばれる正義漢の富野がなぜ…。富野の行動に納得がいかない朋。そんな中、富野が“ある重要書類”を朋に手渡してもらうため、古賀と落ち合ったことが判明する。その重要書類とは…小野塚が10年前、製薬会社の経理担当・釘本洋介（桜井聖）を無罪と知りながら、殺人罪で送検した事件に関する、門外不出の証言記録だった！ しかし、富野はその記録を託す前に、古賀を銃撃している。一体なぜ彼は、大切な橋渡し役となる古賀を撃ったのか――。謎が謎を呼ぶ中、朋は富野の部屋に残っていた“謎の波線”を手がかりに、捜査を大きく一歩進める“ある仮説”を立てる。だがその矢先、小野塚の黒い采配によって、朋は富野の捜索担当から外されてしまい…！ 窮地に立たされながらも、“文書捜査官”としての使命を全うすべく立ち上がる第6係の面々。そんな中、文書捜査のエキスパート・鳴海理沙（鈴木京香）は意を決し、若林が構える法律事務所の相談役を務める警視庁の超大物OB・牧野孝蔵（竜雷太）に会いに行くのだが…!? やがて朋らは、富野の恋人・杉山貴子（北乃きい）と10年前の冤罪事件に“思わぬ接点”があったとの情報を入手。さらに、新たに見つかった証拠物を目にした理沙のもとに、“文字の神様”が降りてきて…!?
