大学教授・塚本秀平（吉田栄作）のもとで百人一首を研究していた大学生・舞阪佳織（福原遥）が、白昼の駅前駐輪場で刺殺された。事件当時、現場から立ち去る男の目撃情報があったにもかかわらず、被疑者を捕まえることはできなかった…。佳織は百人一首の一札を握って絶命していたが、その意味を見つけ出すこともできず、事件は通り魔による凶行とみなされ“未解決”のまま凍結していた――。 その5年後、腕に「MISEBAYANA」というタトゥーのある男が殺される。その男はほかでもない、佳織と交際していた会社員・与田秀樹（深水元基）だった！ 2つの事件に関連はあるのか、そして被疑者は一体誰なのか…。その謎を解くべく、「特命捜査対策室」第6係の熱血刑事・矢代朋（波瑠）は事件現場へ出向き、捜査を開始。第6係が専門とする文書捜査の域を出た行動に「特命捜査対策室」室長・古賀清成（沢村一樹）は目くじらを立てるが、朋は意に介せず、足を使った捜査を続行する。 そんな中、朋は佳織が持っていた百人一首の箱に“間違ったもの”が入っていた、との情報を得る。その“間違ったもの”と“彼女の日記に頻出する言葉”を分析した文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は、佳織の知られざる一面を推察。さらに、箱の中にあるべき1枚がないことに気づき…!? 朋と理沙は手掛かりを求め、塚本のもとへ。だが、塚本からはこれといった手掛かりを得ることは出来ない。その矢先、佳織の同級生から得た些細な証言が思わぬトリガーとなり、朋の脳裏に“これまでの捜査を根底から覆す記憶”がよみがえる――。