ショップ店員・長瀬真智（吉井怜）が山中の橋から転落し、全身打撲で意識不明の重体に陥った。この事件が発端となり、ひとつの未解決事件の捜査が再び動き出す。真智が乗っていた車から採取された毛髪のDNAが、ある失踪者のものと一致したからだ。失踪者は近所でも“理想の主婦”と評判だった藤田里美（真飛聖）。里美は15年前、代議士の夫・藤田晃一（堀部圭亮）と息子2人と共に祭りに来ていたが、まるで神隠しのように突如姿を消してしまっていた――。 真智の車からは、毛髪だけでなく、9桁の数字が羅列された“謎の文書”も見つかっていた。妙に張り切る「特命捜査対策室」室長・古賀清成（沢村一樹）から“捜査の脇役”扱いをされながらも、「特命捜査対策室」第6係の刑事・矢代朋（波瑠）は文書を解読して捜査に貢献しようと奮起。やがて証拠文書の紙が移動図書館のチラシだと突き止めた朋は、9桁の数字が蔵書の資料コードだとにらみ、番号から割り出した蔵書と資料をかき集める。すると、それらはすべて失踪事件に関する書籍や、里美が失踪した事件に関する記事で…！ やがて、真智と15年前の事件現場との間に“ある接点”があったことが判明。そんな中、里美が息子たちに託した手書きレシピを見た第6係の文字フェチ刑事・鳴海理沙（鈴木京香）は「字が泣いている」と言い出す！ さらに、息子たちへの直筆メッセージにもぬぐえない違和感を覚え…!?