大手IT企業の社長令嬢が連れ去られ、1億円もの身代金を要求される誘拐事件が発生する。早期解決を目指す捜査本部は、各部署から人員をかき集め体制を強化。「特命捜査対策室」からも第6係の刑事・矢代朋（波瑠）が招集される。誘拐されたのは中学生の幸田遥花（畑芽育）。犯人が電話で、父親・幸田雅也（戸次重幸）に遥花の声を聞かせたとき、遥花は「かもめ」とだけ口にしたという。まるで意味が分からない朋だが、その一言は文字フェチの同僚・鳴海理沙（鈴木京香）に12年前のある未解決事件を思い出させることに…！ それは主婦・坂下菜々美（高岡早紀）の娘・芽以が誘拐された事件。実は当時、芽以も今回と同様に「かもめ」という言葉を発していた――。 まもなく身代金の受け渡し役に任命された朋は、雅也の秘書に扮し、指定場所に赴く。ところが犯人の指示で方々を走らされた結果、自慢の体力があだとなり、本物の秘書でないことが犯人に露見！ 身代金はまんまと誘拐犯の手に渡り、人質も解放されないという最悪の事態を招き…。 一方、理沙は「特命捜査対策室」の室長・古賀清成（沢村一樹）から、犯人と雅也の通話解析を命じられる。そんな中、朋は先輩刑事・草加慎司（遠藤憲一）から、12年前の未解決事件の詳細を聞くことに。その事件は、今回の誘拐事件と奇妙な共通点を持っていただけでなく、理沙を人嫌いにさせる原因にもなっていて…!?