I nostri eroi trovano un cane abbandonato a bordo di una piccola barca alla deriva in laguna, e decidono di chiamarlo Cuba. Purtroppo i loro genitori non ne vogliono sapere di tenerlo: l'unica soluzione è affidarlo al Capitano.
I ragazzi fanno amicizia con Alessandro, un giocatore di pallacanestro della serie A. Il cestista insegna loro le regole e le tecniche del basket, in modo che possano formare una squadra.
I nostri piccoli eroi questa volta sono nei guai: sono stati accusati di furto da un avido negoziante. Disperati, Gianni, Malcolm, Marta e Valerio si rifugiano nello "squero", il cantiere delle gondole del Capitano, al quale chiedono aiuto.
I ragazzi scoprono che il Capitano ha occupato la loro tana al vecchio cantiere delle gondole, per evitare di finire in un ospizio: decidono quindi di attuare una curiosa protesta...
I ragazzi della compagnia della Pietra di Marco Polo sono convinti che uno di loro, Adi, sia stato preso in ostaggio da un turista giapponese: in realtà il piccolo si è semplicemente prestato a fare da guida al simpatico orientale in giro per Venezia.
Adi ha comprato un magnifico carillon che custodisce gelosamente: gli ricorda infatti la giovane e dolcissima ballerina che ha incontrato per le calli di Venezia e di cui si è subito innamorato.
Durante il Carnevale di Venezia il piccolo Adi si spaventa alla vista dei genitori mascherati da fantasmi e decide di nascondersi dentro la cassaforte che proprio lui ha portato nel rifugio della banda: purtroppo nessuno dei fratelli conosce la combinazione per liberarlo...
I nostri eroi, affascinati dai racconti del vecchio Capitano e dalla mappa tatuata sul suo petto, si mettono alla ricerca di antichi tesori nascosti nei palazzi nobiliari di Venezia.
La compagnia della Pietra di Marco Polo ha bisogno di soldi per partecipare a una riffa nella quale si vince un motorino. I ragazzi chiedono un prestito al Capitano, che però gli invita a lavorare piuttosto che indebitarsi: scopriranno così i diversi mestieri praticati a Venezia.
Al termine dell'anno scolastico Marta viene bocciata e, per il timore di dover affrontare i rimproveri dei genitori, decide di scappare di casa.
I ragazzi della Pietra di Marco Polo hanno quindici giorni di tempo per prepararsi a una grande regata che si terrà sul Canal Grande e, nel frattempo, cercano anche di scoprire i punti deboli degli avversari.
Per aiutare il loro amico Isaia, che ha rotto una costosissima statua nel negozio di suo padre, Adi e gli altri ragazzi della banda organizzano uno spettacolo teatrale di beneficienza.
Marta è innamorata di un ragazzo francese che suona la chitarra e i suoi fratelli, che non vedono di buon occhio la faccenda, chiedono a un liutaio un "mandolino torbato": il giovane infatti è a Venezia alla ricerca di questo antico strumento, e tornerebbe in patria solo dopo averlo trovato.
Un cuginetto si aggrega alla banda, e tutti insieme i ragazzi devono vedersela con un gruppo rivale di piccoli teppisti. Questi ultimi riescono a impossessarsi della Pietra di Marco Polo, e ai nostri eroi tocca prepararsi per lo scontro...
La famiglia di Adi ospita Valerio mentre i suoi genitori sono in viaggio. Stranamente il ragazzino segue una dieta e ha una lista degli alimenti che può mangiare: presto la "mania del secolo" contagia tutti, a partire dalla mamma.
I ragazzi della Pietra di Marco Polo vanno in vacanza dai nonni in campagna, dove scoprono un mondo completamente diverso rispetto alla loro città di laguna.
La famiglia di Adi riceve un avviso di sfratto: i genitori sono disperati perché hanno solo un mese di tempo per trovare un'altra casa e i prezzi sono proibitivi.
Il Capitano racconta ai ragazzi di quando, da piccolo, trascorreva le sue giornate su un'isoletta della laguna. Purtroppo non ricorda più dove si trovi esattamente: la banda allora si mette all'opera, riuscendo a scovare una mappa di tutte le isole veneziane.
La madre di Adi ha una forte allergia e così lui e i suoi fratelli devono sbrigarsela da soli, sia in casa che fuori.
Il piccolo Adi deve subire un intervento per togliere le tonsille, ma lui non ne vuol sapere...
In laguna viene trovato un delfino e i nostri eroi decidono di farlo addestrare dagli istruttori di un centro specializzato. Adi in particolare vorrebbe che il suo nuovo amico rimanesse per sempre nel delfinario, ma ben presto l'animale sente il bisogno di tornare libero.
Adi sente i genitori parlare di crisi e lo riferisce ai fratelli: i ragazzi cominciano ad aver paura per il proprio futuro e così insieme decidono di trovarsi dei lavoretti per sopravvivere alle ristrettezze economiche.
I ragazzi della Pietra di Marco Polo trovano nel loro rifugio al cantiere delle gondole un signore addormentato, Ludovico. Il Capitano spiega che l'uomo, a causa di diversi problemi, è diventato un alcolizzato, e la banda decide di aiutarlo a smettere di bere.
Samuela si fidanza con un giovane che in breve tempo dimostra di essere un'altra persona rispetto a come si era presentato. I fratelli minori cercano di tirarla fuori dai pasticci.
Adi si imbatte in una cicogna con una ferita a una zampa e un'ala spezzata; insieme ai suoi compagni decide di curarla.