Tom et Julie doivent arrêter et interroger Joseph Spung, un homme radioactif très recherché. Pendant la mission, ils se font lancer des fléchettes tranquillisantes. À son réveil, Tom réalise que Franz a capturé Julie.
La nouvelle mission de Tom est de désamorcer une bombe atomique que Split, un scientifique fou, a greffée dans le cerveau de sa femme. Le nouveau partenaire de Tom est Steve, un stagiaire vraiment très énervant.
Tom et son nouveau partenaire Raw, un ancien tueur un peu fêlé, se rendent dans une école où il vient d'y avoir une alerte à la bombe. Ils se font capturer par Sophie, une petite fille qui n'aime pas l'école.
Cédric Nipch, un jeune génie autiste, est soupçonné d'être à l'origine d'une importante fuite d'information. La mission de Tom est de le retrouver, aidé par Francine, une femme sombre et mystérieuse.
Marc Plate planifie de contaminer l'eau de la ville. La mission de Tom : arrêter Marc Plate. Le partenaire de Tom : Bruno Saint-Louis, un pince-sans-rire plutôt arrogant.
Franz annonce au clan des Wing Wong qu'il veut échanger Julie contre leur loyauté. La mission de Tom : sauver Julie. Le partenaire de Tom : Ham, un homme semi-invisible qui dégage une odeur particulière.
Tom est fait prisonnier par Franz. Il est sauvé par un drone envoyé par l'Agence. Il s'engage ensuite dans une quête tumultueuse pour trouver le bureau de Franz, bien dissimulé dans son repère.
Tom, inconscient, se fait greffer une micropuce dans la tempe. Il retrouve Franz, sur le toit d'un édifice du centre-ville, qui l'invite à faire exploser l'agence et à tuer Julie, ligotée sur une chaise.