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絶対、火影になってやるんだってばよ!! 木ノ葉隠れの里の落ちこばれ忍者、うずまきナルトの夢はいつか里一番の忍者「火影」の名を受け継ぐ事。その身に封印された尾獣「九尾の妖狐」ゆえに孤独な過去を背負ったナルトだが、サスケとサクラという仲間を得、上忍カカシ率いる第七班の一員として任務をスタートさせた!!
人知を超えた力を持ち、忍界大戦の折には、各国、隠れ里が競ってそれを軍事利用しようと躍起になった尾獣——そのひとつ『三尾』を狙う大蛇丸が動き出した。 ナルトが自来也のもと、風遁螺旋手裏剣にかわる新たな術、忍ガマとのコラボ忍術の修業に励む中、大蛇丸のアジト発見の報せを受けた木ノ葉隠れの里では、綱手の命令により結成された、カカシ、キバ、シノ、ヒナタの小隊がアジト探索へと乗り出す。 一方、大蛇丸のアジトでは、サスケの才能を目の当たりにし嫉妬心をあらわにする晶遁使い（しょうとんつかい）のくノ一・紅蓮（グレン）が、大蛇丸よりある計画を持ちかけられていた。その鍵となるのはカブトとともに三尾召還実験を行う少年・幽鬼丸（ユウキマル）である。幽鬼丸は特殊な能力を持ち、自分には帰れる場所がないと思い込んでいる変わった少年だ。 その幽鬼丸とナルトが偶然に出会い心を通わせたのも束の間、幽鬼丸は新たな三尾召還実験のため、大蛇丸の命を受けた紅蓮とともに旅立つことになる。 やがて仲間たちと合流する紅蓮。そこに敵を追跡中だったカカシたちが現れ、両者はついに戦いに突入。だが、初めて戦う相手と術にカカシたちは思いがけず苦戦することになるのである。 そして同じ頃、すべての尾獣狩りを目論む暁も三尾の情報を得て、その捕獲のため不穏な動きを見せ始めていた。 ここに忍界大戦以来の一大事、尾獣を巡る、大蛇丸、暁、そして木ノ葉の争いが始まろうとしていた。
うずまきボルト、参上だってばさ!! 平和と共に近代化が進んだ木ノ葉隠れの里。高いビルが立ち並び、巨大モニターには映像が流れ、区画と区画を結ぶ雷車が里の中を走り抜ける。忍の里とはいえ一般の人が増え、忍の生き方も変わりつつあるそんな時代―― 里のリーダー、七代目火影・うずまきナルトの息子であるボルトは、忍者を育てる学校“忍者学校（アカデミー）”に入学する。周りの生徒達はボルトの事を“火影の息子”と偏見の目で見るのだが、ボルトは持ち前の破天荒な性格でそんなものは跳ね飛ばす！ ボルトは新しい仲間と出会い、そして勃発する謎の事件にどう挑むのか？ 皆の心の中を疾風の如く駆け抜けて行く“うずまきボルト”の物語が今、始まる!!
