| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S03E01 | 波乱の前夜祭！姿を現した悪魔の決闘者・トロン |
April 9, 2012
TV Tokyo
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| S03E02 | 行くぜ決勝大会！デュエル・コースターでGO！ |
April 16, 2012
TV Tokyo
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| S03E03 | デュエル・コースターVS爆走列車!! |
April 23, 2012
TV Tokyo
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| S03E04 | 運命のレール 罠カードで運試し!? |
April 30, 2012
TV Tokyo
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| S03E05 | トロンVSドロワ 死蝶の誘い！命懸けのヂャンガルフィールド |
May 7, 2012
TV Tokyo
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| S03E06 | ギャラクシー・アイズ封印!? 宇宙級ナンバーズあらわる！ |
May 14, 2012
TV Tokyo
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| S03E07 | 宇宙大決戦！ネオ・ギャラクシーアイズの逆襲 |
May 21, 2012
TV Tokyo
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| S03E08 | シャーク撃沈！悪夢のファンサービス |
May 28, 2012
TV Tokyo
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| S03E09 | シャーク覚醒！新たなるカオス・ナンバーズあらわる |
June 4, 2012
TV Tokyo
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| S03E10 | 激戦！遊馬VSゴーシュ これがオレのデュエル魂 |
June 11, 2012
TV Tokyo
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| S03E11 | 決戦への序章 新たなる敵Dr.フェイカー |
June 18, 2012
TV Tokyo
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| S03E12 | 消えかけた絆！遊馬VSシャーク、宿命の決闘！！ |
June 25, 2012
TV Tokyo
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| S03E13 | 蘇れシャーク！絆に懸けた「かっとビング！」 |
July 2, 2012
TV Tokyo
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| S03E14 | 恐るべき闇の策略！暴かれたトロンの正体!? |
July 9, 2012
TV Tokyo
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| S03E15 | ネオギャラクシーアイズ咆哮！ 闇を砕く兄弟の絆！ |
July 16, 2012
TV Tokyo
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| S03E16 | ナンバーズ総力戦！ 遊馬VSトロン！驚異の超異空間デュエル！ |
July 23, 2012
TV Tokyo
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| S03E17 | 戦慄のデュエル！立ち上がれ絆の英雄ゼアル!!! |
July 30, 2012
TV Tokyo
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| S03E18 | 勝利を信じて！ファイナル・シャイニング・ドロー！ |
August 13, 2012
TV Tokyo
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| S03E19 | 崩壊への序曲 スフィア・フィールド砲の脅威！ |
August 20, 2012
TV Tokyo
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| S03E20 | 集いし三勇士(さんゆうし)、 未来を賭けたラストデュエル！ |
August 27, 2012
TV Tokyo
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| S03E21 | 戦慄の最凶龍現る！偽骸神龍ハートアース・ドラゴン |
September 3, 2012
TV Tokyo
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| S03E22 | 奇跡のかっとビング！未来を切り開けゼアル!! |
September 10, 2012
TV Tokyo
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| S03E23 | 雌雄決する時！！遊馬VSカイト、WDCもう一つの決勝戦！ |
September 17, 2012
TV Tokyo
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| S03E24 |
幻の大激突！！ダブル希望皇VSダブル銀河眼！！
season finale
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September 24, 2012
TV Tokyo
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