御池学園に通う高校1年生の少年森宮依人は、友達とワイワイ遊ぶよりは一人で趣味にいそしむタイプ。そんな依人の趣味は空の写真を撮ること。 その日も夜明けの空を撮ろうと、水辺の森公園に日の出前からやってきてカメラを構えていた。そこで依人は、不思議な少女四方茉莉と出会う… 空が好きで、明け方の空の写真を撮ろうとした依人は、青空にあこがれる不思議な少女・茉莉に出会い、お互いに惹かれていく。茉莉を狙う男の正体とその理由は?そして、彼女の望みは叶うのか?
廃墟の教会で、茉莉が謎の男辻堂に攻撃されているのを目撃する依人。辻堂は、茉莉を「夜禍」と呼び、依人に「関わるな」と忠告する。が、依人は、傷つき倒れた茉莉を家に運ぶ。ベッドで眠る茉莉。攻撃で焼けたその腕の表面が、白く灰化していることに気づく依人。「夜禍」、辻堂の言葉を思い出す。目覚めた茉莉は、屈託なく依人の頭を撫でて礼を言い、お返しにご飯を作ろうとする。が、依人に止められるくらい下手で挫折。代わりにお喋りの相手をすると言い出す茉莉。矢継ぎ早の質問をされて「それよりお前は」と思わず切り返す依人。茉莉は、寂しそうな顔で自分は人間じゃないと答えるのだった。
茉莉が依人の家に住み着いてから数日が経った。依人は、ずっと仮病で休んでいた学校に久々に行こうとする。と、玄関前で依人を心配して様子を見に来た真名と鉢合わせ。茉莉を見られまいとドギマギする依人。さらに放課後、蒼乃の見舞いに行った病院でもそわそわしている依人。その様子を見て不審に思う真名。一方、帰宅した依人の前にはカップめんが積み上げられていた。依人の心配をよそに茉莉が買い物に行って買ってきたのだ。出歩くのは危ないと注意する依人。が、茉莉は気にする様子もない。心労積み重なる依人に、さらに追い討ち。そこへ不審を募らせた真名が訪問してくるのである。
依人の姉蒼乃が入院している加名見総合病院には、依人の同級生真名の妹こよりも入院していた。こよりは、無口で愛想も良くない蒼乃を何故か慕っていて、蒼乃の部屋にも入り浸っていた。だが、こよりの退院が決まってからその態度がぎこちなくなってしまう。いつものように依人と真名が病院に来ても、こよりは、蒼乃の部屋には来ておらず、自分の部屋で思い悩んでいる。そんなある日、こよりは、蒼乃と初めて出会った時のことを思い出すのだった。
商店街のくじ引きでこよりはレジャーランドの招待券が当たり、真名とこよりは依人と紗絵、ちさと、塔子を誘って遊びに行く。水着に着替え、レジャーランドで遊び楽しい時間を過ごしている最中に辻堂とばったり会ってしまう。辻堂もまた、くじ引きで招待券を当て繭子と共に遊びに来ていた。辻堂は茉莉の居場所を聞き出すために依人を追い掛け回す！可愛い水着盛りだくさんのTV未放映話。
依人の家に匿われている茉莉。とはいえ、本人は相変わらず大した緊張感もない様子で日々を過ごしている。ある雨の日、茉莉は依人を外出に誘う。茉莉が行きたかった場所、それは前日の晩、コンビニの帰りに依人が茉莉に教えた空のきれいな場所だった。もちろん雨なのだから、どこに行っても空は雨雲に覆われている。依人は何がなにやらという感じだったが、行った場所で嬉しそうに空を見上げる茉莉を見ているうちにその気持ちを察する。そして、二人の空のスポット巡りが始まるのだった。
依人の助けで辛うじて追っ手を退けた茉莉。そこに居合わせた真名に自分の正体を知られてしまうが、茉莉が普通の人間じゃないとうすうす勘付いていた真名は、素直にその事実を受け入れる。そして、依人は茉莉を匿い続けるに当たって、病院に入院している姉の蒼乃に茉莉の存在を伝える決心をする。正し、そのまま伝えることはさすがにできないので、恋人として紹介することになる。その設定であらためてお互いを意識する依人と茉莉。しかし、茉莉は、依人の姉の名前が「蒼乃」だと知った途端、表情を曇らせるのだった。
失踪してしまった茉莉を探し続ける依人。始めて出会った公園の自販機の前、廃教会、雨のデートで行った川、池どこへ行っても茉莉の姿は見当たらない。真名は、学校にも行かないで茉莉を探し回る依人を心配する。蒼乃は、依人に茉莉のことを忘れさせようと、こよりに手伝ってもらいリビングの模様替えをして空の写真を片付ける。しかし、その行為に依人は怒って家を飛び出してしまう。 追いかけてきた蒼乃と仲直りをするが、廃教会が解体されているのを目撃し依人は複雑な気持ちになるのだった。
学校で居眠りから目覚める依人。前日、朝まで蒼乃とＤＶＤを見ていたからだ。しかしその記憶に違和感を覚える。真名に聞かれ、昨日何をしていたか詳しく思い出そうとするがはっきり思い出せない。やがて記憶が混濁し倒れてしまう。真名に送られ家に帰った依人は、何か大事なことを忘れている気がすると蒼乃に告白する。
路面電車の車庫で対峙する茉莉と蒼乃。 「あなたはもういないの」と無数の折り紙を茉莉に向かって投げつける蒼乃。反撃はせず防戦するだけの茉莉は、次第に追い詰められていく。一方、茉莉を探して車庫の近くの線路沿いに来ていた依人と真名は、遠くで鉄骨の落ちる激しい音を聞きつけ走り出す。
住宅地の廃屋。茉莉を刺してしまったことを思い出した依人。そんな依人に真名は「大事な話がある」と言う。一方、コンビニで繭子と茉莉のための買い出しをしていた辻堂は、紗絵と出会う。さらに一方、造船所の廃倉庫で辻堂を待つ繭子と茉莉。茉莉は、繭子に依人と蒼乃とのはるか昔の因縁と経緯を話す。
自分の部屋の天井を見上げている依人。天井一面に貼ってある空の写真を剥がす。剥がしつつ思い出す。数時間前の公園での決意。茉莉に言った言葉。翌朝、台所で朝食を作りながら前夜のことを思い出す蒼乃。帰ってきた依人に茉莉から蒼乃が隠していたことをすべて聞いたと聞かされる。非難されることを覚悟していた蒼乃に、依人は優しく「姉さんに幸せになってもらいたい、それが俺の願いだから、町を出よう」と言う。一方、造船所の廃倉庫。繭子も茉莉に町を出ると話していた。
月夜の中、屋根の上。茉莉と蒼乃が並んで座っている。 蒼乃の方を見据えて茉莉は依人への想いを話始める。過去に起きた災害・その時の悲劇。ただ、依人との生活を望んでいた蒼乃は依人の形をした物を作りだした、夜禍の力によって…それを知った茉莉は全てを元に、そう蒼乃に生きて欲しいと望んだ茉莉は…
生まれつきの「夜禍」の茉莉と人間から夜禍へとなった蒼乃。 茉莉と依人が望む蒼乃の幸せ。それは人として太陽の下で暮らして欲しいと言う事、たとえ自分の願いが叶わないとしても…運命に翻弄される少女達の物語の結末は……
