時は未来。そう遠くない未来−−。 加速する地球温暖化を阻止するために、世界に『炭素経済』が導入された。 排出される炭素を抑えるため政府は東京を森林化し、富あるものを超高層建造物アトラスへ移住させた。 ヒロイン・北条國子は地上に置き去りにされた難民たちの希望の星として、女子鑑別所から出所する。 街を蹂躙する戦車を相手に國子のブーメランが宙を舞う。彼女の孤独な闘いが始まる！
旧池袋地区にどこからか砲弾が撃ち込まれる。パニックになる住民たちに國子は事態の鎮圧と調査に向かう。果たして砲撃はどこから来たのか？！ その影で巨額の富を得る少女・香凜が微笑み、従者を弄ぶ平安調の幼女・美邦が現れる。 役者は揃った。樹海と化した東京で、すれ違う謎と想いが戦火を呼ぶ……。
ドゥオモと呼ばれた地上。そこで國子たちと共に暮らしていたニューハーフのミーコは宝くじに当選し、超高層建造物アトラスへ移住することになった。 彼女（彼？）の夢は新六本木にニューハーフ・パブ『熱帯魚』を復活させること。夢と希望を胸にアトラスへ足を踏み入れるミーコだったが、そこで待ち受けていたものは！?
ドゥオモに埋蔵された炭素鉱物を換金してアトラス打倒の軍資金を作るべく、國子は秋葉原に向かう。 一方、世界規模で炭素市場が暴落を始めていた。香凜のプログラミングを盗んだ犯人が世界経済を遊び始めたのだ。香凜はハッキングで犯人の足跡をつかむため秋葉原に潜入する……。
秋葉原を歩く國子は、草薙少尉と出会う。政府と闘う者と政府を護る者。互いの立場こそ違えど、求めるものは同じ。 互いの思いを確認した二人の前に、爆弾雨と呼ばれる巨大な雹が降り注ぎ秋葉原を破壊していく……。
暴走したオロチによって、炭素経済は崩壊の危険にさらされていた。國子は凪子と共に対策に奔走する。 一方、政府軍を辞めた草薙は美邦の待つ月宮殿へ招待される。草薙の持つ剣と美邦の剣が互いに呼び寄せたのか！？
突如あらわれた総一郎の手にかかり、國子は友香とともに女子更正センターに再び収監されてしまう。 そこで待ち受けていたのは、アトラス公社の総裁・鳴瀬涼子だった！ 涼子の執拗なる責め苦が國子を襲う。宿命の対決は果たして……！？
責め苦に耐え抜いた國子に待っていたのは、「死刑」という最悪の決定だった。 “國子死刑”のニュースは日本中を飛び交い、メタルエイジによるの必死の國子奪回作戦が始まる！
更正センターから脱出した國子が目にしたのは、高速道路上で花見を繰り広げる平安朝の集団。呆然としている國子たちに向けて小夜子は対戦車ライフルを発射。 超絶的な戦闘力を見せるモモコに、小夜子は被検体として興味を示しモモコを連れ去ってしまう。
小夜子による執拗な責め苦を受けるモモコ。しかしその最中、小夜子の悲しい過去にモモコは気がついてしまう。 一方、暴走し始めたメデューサは香凜の制御も効かず、その機器はバーチャルからリアル世界へ移行しつつあった。 そのメデューサに向けて太陽光発電衛星アポロンがマーシャル諸島沖に台風を人工的に作り出す。
いくら富を手に入れても、両親は「彼女」の前に姿を現すことはなかった。 しかし謎の少年が香凜の前に姿を現す。香凜の境遇を共に嘆き悲しむが、少年は香凜を外の世界に連れだそうとする。 一方、台風の影響によって戦艦・日本武尊が沈没し、草薙少尉たちは海上に浮かぶ木の葉のように救命活動を待つ身となる。
鳴瀬涼子がついに本格的に動き始めた！ 総理大臣の地位を手に入れた彼女は、アトラスへの移住計画を完全に凍結。メタルエイジの掃討作戦に乗り出した。 そんな最中、小夜子は総理大臣となった「旧友」涼子の下を訪れる。美邦をアトラスの次期党首にと懇願する小夜子を、涼子は最大の侮蔑で彼女の存在を嘗め回す。 一方國子は秋葉原で大量の武器を購入して、来るべき日に備えようとしていた。
ついにメタルエイジの総裁として、アトラスと正面対決をする決意を固めた國子。 自分の未来は、自分で決めるため。すべての人々を幸せにするために、國子は戦闘機に乗り込んだ。 アトラスも、戦闘機や武装ヘリを用いてメタルエイジを待ち受ける。 ついに戦いの火ぶたが切って落とされた！！
上空で、地上で、アトラスとメタルエイジの銃声は鳴り止むことが無かった。 しかしアトラスの猛攻で國子達は散り散りとなる。そしてそれぞれの目の前に、過去の「東京」が浮かび上がる。 それこそがアトラスの用いる最新兵器「擬態装甲」が見せた幻だった。 混乱する國子たちは、池袋方面からアトラスでもないメタルエイジからでもない謎の砲撃に再び襲われる！
謎の砲撃に襲われた國子。しかしその被害はアトラス側にも及んでいた。 さらに東京には有毒ガスも発生。メタルエイジもアトラスも、それぞれの仕業だと憎しみを憶えるが、 その発生源が誰もいないはずの「森」からだということが判明する。これは自然から人類への警鐘なのか！？
国連からの撤退決議に従う國子。これは敗戦なのか！？ 心配する周囲の目を避け、國子が向かった総裁室で國子は凪子追放を言い渡す。 一方、今までの謎の砲撃は驚異的な進化を遂げた植物「ダイダロス」であることが判明する。 國子達はその調査に向かったのだが、途中、武彦が姿を消す……。
國子に銃口を突きつけたのは武彦だった……。 彼の口から語られるアトラスの真の儀式、國子の存在意味、そして武彦が國子に付き従っていた理由……。 衝撃を隠せない國子に練馬支部がダイダロスによって壊滅するという知らせが舞い込んだ。
ダイダロス。 その悪魔の植物は驚異的な成長速度で街を飲み込んでいく。熱源に対して鋼鉄のような種を発射し、発生ガスは光化学スモッグとなって人々を襲う。 國子はダイダロスを倒すため、東京を爆撃で焼き払うことに決めた！ そしてその照準にはドゥオモも……。
住民をアトラスへ避難させ、國子はついに爆撃機に乗って東京上空へと飛び立つ。 ダイダロスの咆吼が轟く上空から、國子はドゥオモに向けての発射スイッチをためらう。 その頃、アトラス内部では凪子とタルシャンがアトラス創世の謎を口にする……。
焦土と化した東京で、國子は草薙と光の筋を見つける。 その光は東京中に走り、荒唐無稽な線を描いているかと思いきや、やがて巨大な印を結ぶ。 一方、暴走を続けるメデューサは南極大陸に向けて巨大な投資を開始。 しかし固有の領土ではない南極への巨額投資が、世界経済を破綻させるきっかけとなってしまった！
空中要塞タイタンが、香凜の住む秋葉原にその照準をロックした。 タイタンから放たれた攻撃は香凜たちネオ・ギルドのみならず、美邦たちをも焼き尽くす業火であった。 しかし水蛭子と化したミーコは、自らの命をもって美邦を救い出す。 ミーコを殺した相手への復讐に燃える美邦であったが、一方メデューサの止まらない暴走が世界を更なる混沌に陥れていく……。
ミーコへの復讐を果たすため、アトラスの後継者になる意志を固めた美邦は、アトラスへの階段を登っていく。 暴走したメデューサは二酸化炭素を排出する人類を滅亡させるべく、世界各国の軍事ネットワークに侵入する。 香凜はメデューサを止めるべく手を尽くすが、その懸命な努力ももはや限界を迎えつつあった。 一方國子もメデューサを止めるためアトラスへの階段を登る。そこで待ち受けていたものは……。
涼子に導かれ、アトラスの心臓部へ向かう美邦。 軍事ネットワークに侵入したメデューサは世界各国の核サイロを開こうとする。残された時間はあとわずか。 もはや人類に残された選択肢は、アトラスのスーパーコンピューター「ゼウス」を意のままに操れる後継者しかない。 美邦と國子、すれ違う想いが世界の命運を握っていた。
世界崩壊へのカウントダウンが始まる中、鳴瀬涼子から彼女の真の目的、國子と美邦の存在意義、そのすべて明かされる。 ちりばめられた点が線につながった時、倒すべき敵は誰なのか、世界創造の謎、そして未来への鍵が見えてきた！ 國子は最後の戦いに向けて、ブーメランを握りしめる。 すべての人の理想郷土〈シャングリ・ラ〉を目指して……。
