ステータスも低く、いわゆるモブキャラである高校生・高木海斗は、日本に現れたダンジョンで毎日スライムだけを狩って小遣い稼ぎをして平凡な毎日を過ごしていた。 ある日見たこともない黄金色のスライムを倒し、時価数億円の激レアアイテム・サーバントカードを入手する。 意を決して召喚すると、そこに現れたのはこの世の思えない美しさの戦乙女(ヴァルキリー)だった。
サーバント、シルフィーを仲間にした海斗は、第二階層へと挑戦する。 二年前の恐怖を克服し、辛くもゴブリンを打ち倒した海斗は「ゴブリンスレイヤー(仮)」のスキルを手に入れる。 その後も着々と第二階層を攻略しレベルアップする海斗だが、次の階層への挑戦には準備不足が否めず、再びスライム狩りの日々へ―。 第三階層への挑戦を目前に控えた海斗とシルフィーの前に、銀色のスライムが現れ――!?
新たに顕現したサーバント、子爵級悪魔のルシェリアはわがままで超横暴! 戸惑いながらもついつい甘やかしてしまう海斗であったが、シルフィーは不機嫌に…。 正反対のサーバント2人に振り回されながらも、順調にレベルアップを重ね三階層へと突入! より深い階層へと挑戦するため、スライムを狩り備える海斗であったが、またしてもレアと思しきスライムが現れてーー
レアスライムから魔法を獲得した海斗だったが、扱いに苦戦し、特訓の毎日を過ごしていた。 更なるレベルアップのために4階層に挑戦するが、虫系モンスターに虫嫌いのシルフィー・ルシェリアは大暴れで次々と敵を倒していってしまう。次の階層までたどり着いてしまった海斗達は、ひょんなことから隠しダンジョンを発見! その奥に待ち構えていたボスは、スキル無効の強敵で……追い詰められた海斗が思いついた作戦とは?
探索イベントに参加することになった海斗は、パーティメンバーである愛理、ミク、光梨と共に7階層攻略へと進んでいた。 モンスターを倒していく中で、海斗も自力でゴーレムを倒すことに成功。実力を認められた海斗は「また一緒にパーティーを組んでほしい」とお願いされるも、シルフィーとルシェリアからは猛反対されてしまう。 悩む海斗に、クラスメイトの春香からデートのお誘いが!春香と過ごす中で海斗はとある決意を固める。
パーティ編成の許諾を得た海斗は、愛理達三人と共に探索を進めていた。 新たに会得した魔氷剣を武器にゴーレム達をなぎ倒し、周囲から刺激も受け、どんどん才能を開花させていく海斗。 その矢先、大型モンスターに遭遇し、運悪く閉じ込められてしまう。全員の力をもってしても歯が立たない大ピンチに、海斗はシルフィーとルシェリアを呼び出すことに。 幼女サーバント二人を従える海斗に愛理、ミク、光梨はーー?
海斗と春香は、愛理の通う王華学院のオープンキャンパスに訪れていた。なぜか付いてきた真司・隼人をよそに、春香との甘~い学園生活を妄想し、浮かれる海斗。 そこに合流したミク、光梨と共に親睦を深めながら豪奢な校内を見学していく。その中で、ついダンジョンの話題を口にしてしまい、海斗は春香から冷たい視線を向けられてしまう。 一方、愛理は胸に抱えていたもやもやの正体に気づき始めるーー。
海斗は、むくれるシルフィー、ルシェリアをなだめるため、久々に1階層でスライム狩りをしていた。そこに虹色に輝くスライムが現れ、理力(リリョク) の手袋を手に入れる。 新たなアイテムを手に入れた海斗は、パーティメンバーと合流し、9階層への探索を試みる。そこで、深層にしかいないはずのモンスター・オルトロスに襲われてしまう! なんとか苦しい戦いに勝利するも、怪しげに笑みを浮かべる悪魔、ベルリアが現れてーー。
先の戦いでレベルアップした海斗達は、手に入れたスキルを試していた。これからの冒険に役立ちそうなスキルに、嬉しそうな面々。新たに仲間となったサーバント・ベルリアも、従順に海斗に尽くしてくれる様子。 順調そうなダンジョン攻略はさておき、受験に向けて、愛理邸での勉強会が開催される。しかし、それぞれ気になることがあるようで、勉強が手につかない様子……。そこで、愛理が提案してきたのはまさかの滝行であった!
10階層を目前に倒れてしまった光梨。病室で眠っている彼女を眺め、ミクは光梨との出会いに想いを馳せていた。 心配そうな面持ちで見守る海斗達に告げられたのは、光梨は重い病に蝕まれているという衝撃の事実だった。治療をする唯一の手段は、都市伝説的存在の神秘の霊薬ーーエリクサーをダンジョンで手に入れる事だけ……。 絶対に手に入れて見せるという固い決意を胸に、海斗達はより深い階層まで潜ってゆく。
光梨を助けたい一心で、ダンジョンに潜りエリクサーを求め続ける日々を送る海斗。消耗しきったその様子に周囲は心配するが、光梨を救う目的のために頑張る海斗を強く止めることができずにいた。 レアアイテムの可能性に賭け、海斗はサーバント達のみを連れて、12階層への偵察を試みる。その矢先、暴走したモンスターの大群、「スタンピード」に巻き込まれてしまうーー。
サーバント達の懸命な介抱のおかげで何とか一命を取り留めた海斗であったが、死の淵を経験したことで強烈な心の傷を負ってしまう。 「もうダンジョンにはいかない」そう告げる海斗に、春香は亡き父の語った『英雄』について話をする。 今までの出会いを思い返し、立ち直った海斗は原点回帰しスライム狩りに打って出る。光梨の命のリミットが刻々と迫る中、海斗はエリクサーを見つけることができるのかー!?