日本の治安を守る秘密のエージェント「リコリス」である井ノ上たきなは、ある事件をきっかけに喫茶「リコリコ」への転属が命じられる。超優秀なNo.1リコリス（？）の千束とバディを組み、DA復帰を目指し意気込むたきなだが、リコリコでの仕事はひとクセもふたクセもあり！？
トップハッカー・ウォールナットからリコリコに依頼が舞い込んだ！同業者のハッカーから命を狙われ、国外逃亡を手助けしてほしいという。リコリコのメンバーは力を合わせてウォールナットを逃がそうとするが、千束たちに厳つい武装集団が襲いかかり……！？
健康診断と体力測定のため、しぶしぶDA本部に行くことになった千束。それを聞きつけたたきなも、DA復帰の直談判をするためついていくことに。たきなと一緒に千束も掛け合うが、まったく聞く耳を持たない司令。さらに、元パートナーのフキは新しい相方と組んでいて……。
DA本部での一件以降、順調なリコリコライフを送る千束とたきな。そんなある日、千束はたきなの下着が■■■■■なことに気づく……。自分のことに無頓着すぎるたきなに呆れた千束は、たきなをショッピングに連れ出すことに！
今回の依頼主は、身体を機械に繋がれた男・松下。自分の先が長くないことを知った松下は、故郷である日本に観光のため訪れる。その護衛を依頼された千束たちは、松下の東京観光を全力でサポート！そんななか、たきなは千束のとある事実を知り——！？
リコリスが連続で襲われる事件が発生。単独行動を避けるべく、たきなは千束の家に泊まり込むことに。ところが、初めての二人暮らしは予想外のことばかりで！？一方、DAが持つ情報をこっそりと探っていたクルミは、リコリス襲撃事件の意外な真実に迫る——。
ミカの元に一通のメールが届いた。たまたまメールを覗き見た千束は、楠木が自分をDAに連れ戻そうとしているんじゃ！？と勘繰り騒ぎ立てる。計画を阻止するため、リコリコの4人は力を合わせ、ミカには内緒で待ち合わせ場所のBARに突撃する！
リコリコが深刻な赤字経営と知ったたきなは、自ら経理担当に名乗り出る。やたら弾を無駄撃ちする千束の制止や、店のメンバーのフォローまで完璧にこなすたきな。さらに新メニューまで考案するが、そのメニューはなんとも形容しがたい形をしていて！？
千束の人工心臓が狙われた。バッテリーの充電ができなくなったことで、千束は余命を宣告される。替えのない人工心臓の手がかりを追うクルミは、ミカに当時のことを尋ねる。一方、DAは大規模な真島の討伐作戦を控え、千束を本部へと呼び出すのだった。
千束はミズキやクルミが自分のことに囚われないよう、喫茶リコリコの閉店を切り出す。その頃、DAに戻ったたきなは千束の命を救うため、真島を足掛かりに吉松を追おうとしていた。ついに真島の依頼者を捕らえ、アジトに潜入するが……？！
真島を止めるため、DAのリコリスたちが延空木に乗り込もうとしていた。作戦直前、楠木から千束と連絡がつかないと聞かされたたきなは、急いで喫茶リコリコに向かう。しかし、ロボ太からの脅迫を受けた千束とミカは、人質に取られた吉松の救出へと向かい――。
旧電波塔で真島との戦いに苦戦を強いられる千束だったが、間一髪のところでたきなが駆けつける。一方、真島の策略により存在が世間に明かされてしまったリコリスたち。本部では楠木の指揮権が剝奪され、延空木にいるフキたちリコリスを処分するという決断が下されていて……？！
延空木での事件も一件落着——と思われたその時、旧電波塔で倒したはずの真島が、再び千束の前に現れた。延空木に爆弾を仕掛けたという真島は、爆破を賭けて千束に一対一の勝負を挑む。千束自身のタイムリミットも迫るなか、最後の戦いが始まる——。
