あやしげな宗教団体「神地崇教」の教祖の息子・卜部征人は無茶な修行中に命を落とし、異世界転生した。そこは「神」や「宗教」の概念がない、征人にとって理想の世界だったが――!?
アルラルとシルリルを救ったことで活気を取り戻すカクリの面々。だが、皇都側が事件の調査に乗り出したことを征人は耳にする。全能神であるミタマの力があればどうにかなると高を括る征人だが……。
ミタマの力で元の世界に戻ってきたベルトランは、性別が女性に変わってしまい、皇都へ戻るも別人として門前払いを食らってしまう。行き場を失ったベルトランに対し、征人は優しく手を差し伸べるが――!?
コンバインに水道・電気といった近代設備をミタマの力で生み出し、カクリの文明を飛躍的に発展させていく征人。目論見通りに信者を増やしていくが、そこに皇都からの刺客である謎の幼女が現れる。
クレンは自らを「ロキ」と名乗り、アルコーンの一柱であると打ち明ける。そして、ロキは征人とミタマを皇帝の元へと連れ出す。そこで待ち受けていたのは、この世界を支配する「超科学」の存在で――!?
皇国の支配から解放され、さらにアータルと同盟を結んだミタマ教団は、順調に信者を増やしていく。そんな中、征人は「神」を自称し、１万人規模の大教団を率いるアルコーン「ダキニ」の噂を耳にする。
教団からの解放を望むリシュの協力により、ダキニ教団への潜入に成功した征人たち。リシュの影響力を利用し、信者の分断を進める征人だったが、ダキニにその動きを感付かれ、裁判にかけられてしまうことに!?
粛清人の襲撃を受ける征人たちだが、そこに信者数を増したアータルが圧倒的な力で救援に現れる。征人の作戦は、アータルに信者を集中させることで、ダキニ教団を武力制圧することだった！
ダキニ教団の信者を取り込むことに成功した征人たち、だが、自分たちのカクリへと戻ると、そこは外獣によって破壊され、無残な姿となっていた。さらに外獣を操るアルコーン「ガイア」と名乗る幼女が現れ……!?
アルラルたちのバンド活動により、カクリに熱狂的なオンガクブームが巻き起こる。するとミタマのパワーが増加し、神の力は信者数のほか、信頼の強さや結束力によっても変化することを発見した。この検証から、征人はガイアの奇妙な行動に疑いを持ちはじめ……。
ガイアの新たな信者獲得を防ぐため、征人はガイアと子供たちを引き離そうと画策するが、ガイアが作り出した最強の外獣・テュポーンが襲いかかってくる。必死に逃げるも、その道中で征人はテュポーンに食べられてしまい……。
テュポーンの体内にいる征人たちを助けるため、アータルは神の立場を放棄してミタマへ信者を集中させた。この作戦が功を奏し、ミタマのパワーがみるみるうちに増加していく。力が溜まったミタマは、ガイア撃破へ力を尽くす――！
