“国の組織ＣＩＲＳ(サーズ)”によって新たに作られた、特殊技能訓練校「美浜学園」… 様々な理由で行き場を失くした少女たちに与えられたのは、銃と実弾。 拳銃を使用するレナ、狙撃を得意とするトーカ、爆弾と情報処理のクリス、諜報活動担当の忍者ムラサキ。 彼女たちは、日々、ＳＯＲＤ(ソード)のメンバーとして、警察や自衛隊には解決できない事件にあたり、危険な活動を繰り返す。 Ｋ県Ｕ港――。入国予定だった要人が突如として姿を消した。 ＳＯＲＤのメンバーは失踪事件の捜索を開始するが、消えた“荷物”を捉えようとする度に、もう少しの所で逃げていく。 姉妹校『京船桜が丘』のＳＯＲＤメンバーである、双子姉妹との協力、および確執。 そして――夜の街を疾走する謎の女ライダー「ソウルスピード」・マキの噂――。 追跡はやがて壮絶な死闘となり、心身ともに引き裂かれてゆく。 …しかしそれは、レナたちの出逢いにまで遡る過去への旅でもあった。
日本へ入国予定だった海外からの要人が突如として姿を消した。美浜学園・SORD(ソード)のメンバーたちは失踪事件の捜索支援を開始する。美浜の姉妹校「京船桜が丘」に在籍する双子姉妹との協力、および確執。謎の女ライダー「ソウル・スピード」の噂。追跡はやがて壮絶な死闘となり、心身ともに引き裂かれてゆく。それは、レナとハルトの出逢いにまで遡る過去への旅でもあった。
特殊技能訓練校･美浜学園の狙撃手トーカは、民間委託型工作諜報員育成機関SORDのメンバーたちと共に聖エール外国人学校との海外合同合宿のためフィリピン離島へと向かう。しかし武器密造組織壊滅を目的とした極秘作戦の“トラブル”に巻き込まれ、聖エールの脱走者グミを追う作戦に参加することに。任務に際しトーカは、両親との記憶や、昔の友人･シホとの果たされることのなかった約束と邂逅し、グミの境遇に想いを馳せる。それぞれの思惑が交差する中、トーカの導き出した答えとは――?
レナたちが所属する美浜学園A組に、初等部のタイガがやってきた。タイガの上官に任命されたのは前線での戦闘要員ではないクリス。クリスはその理由をハンドラーのハルトに問う。そして、射撃訓練のためにはまず体力が必要だと指摘されたタイガは、厳しいトレーニングを自主的に繰り返していた。トレーニングで疲れて眠ってしまったタイガを背中に感じながら、クリスはある想いを抱くのだった。
タイガが研修に出かけた医科大学でテロによる爆発事件が発生。その犯人は新興宗教組織のメンバーで、兵器として転用可能なウイルスを手に入れることを画策していた。事件を知った国連は、ウイルスが世界中に広がるのを防ぐため熱処理兵器による空爆で建物ごと殲滅することを決定する。その知らせを受けたA組に指示されたのは、出動禁止命令。しかし、クリスは命令を無視してタイガの救出へと1人向かうのだった。
爆弾を使いテロリストを立ち向かうクリスだったが、敵の銃弾によって負傷してしまう。そんなクリスを救護するタイガはテロリストに囲まれ窮地に陥る。一方A組は、作戦失敗時には現場処分されることを条件に学園長から許可を得て現場へ出動。タイガとクリス救出のため、美浜学園A組がテロリスト殲滅作戦を開始する。
ムラサキの姉・ユーキが海外赴任を終えA組に帰ってきた。ユーキは人の懐に入ることや嘘が得意で学園長やハルトとも仲が良く、その慣れ慣れしさにレナは多少苛立ちを感じてしまう。また妹のムラサキは、ユーキがA組に戻ってきてから調子を崩していた。ユーキとムラサキの間に何があったのか。ハルトは2人と出会った頃の話をレナたちに語る。
SORDが生まれるより数年前。ハルトは山奥にあるユーキの実家を訪れていた。彼女の村には「幻刀(ファントムブレード)」という特殊な技が伝えられているらしい。師匠を超えるため剣の技を会得するまでは帰らないと決めたハルトは、村で生活することに。そこでユーキの妹・サキ（ムラサキ）と出会う。サキは人見知りだったが少しずつハルトに心を開いていく。そんなある日、村が襲撃され、サキはその犯人がハルトだと思い込み暴走してしまう。
まだSORDが「ファントムトリガー」と呼ばれていた頃の話に遡る。とある実験で生まれたハルトは美浜学園の生徒である仙石イチル、野上たちによって育てられ、その中の1人・蒼井アオイによく懐いていた。日々、裏稼業をこなしながら慣れない子育てに振り回されるアオイたち。そんな人殺し集団の中で、ハルトはすくすくと成長していく。いかにして「蒼井ハルト」という存在が生まれたのか。その過去が遂に明かされる──
ハルトは幼いながら現場を経験し、人斬りとしての才能を見せはじめていた。ある日、宗教組織を壊滅させる仕事がファントムトリガーのもとに舞い込んできた。ハルトもアオイたちと共に、敵の本拠地に向かい作戦を決行する。しかしそこに居たのはハルトたちがよく知る人物だった。
美浜学園A組に海外派遣の話が浮上し、担任の有坂は決断を迫られていた。有坂はレナたちと面談をして、彼女たちそれぞれが何を守るために戦いに赴こうとしているかを見定めようとする。そしてA組が向かう戦場には、エニシとクロエがいる新興宗教組織“ザ・フェイタル・アンサー(TFA)“が待っていた。
