三千年もの間、氷河の中に閉じ込められていた少女・レーシェが目覚めた。元・神様の彼女は開口一番「この時代で一番遊戯ゲームの上手い人間を連れてきて」と宣言。指名されたのは「神々の遊び」で無敗のまま3勝中の少年・フェイ。彼女を監視すべく神秘法院ルイン支部を訪れる。そこで彼は、レーシェから「自己紹介神経衰弱」を挑まれて……！？
二人が挑むのは、巨神タイタンによる「神ごっこ」。鬼ごっことかくれんぼがアレンジされたゲームの勝利条件を推理しながら、フェイとレーシェは攻略目指して進んでいく。しかし、タイタンにタッチされていない使徒までも神の配下にされてしまった。そのことから、フェイは隠された「第３のゲーム」の存在を見破るが……？
ミランダから、チームを組むのであれば三人以上でなければならないとの指摘を受け、フェイとレーシェはチームメイト探しを開始する。フェイは知り合いのチームに合流できないか連絡するものの、レーシェに怯えるあまり、誰も取り合ってくれず……！？ そんな中、どうしたものかと策を練り続ける二人の前に、ある少女が現れた。
フェイ、レーシェ、パールが降り立った先は無限神ウロボロスだった。使徒たちは、神にとある単語を言わせれば勝利するゲーム「禁断ワード」に挑むことに。ミィプによるとその単語とは、既に使徒が言った言葉らしいが……。いまだ攻略成功者ゼロの全長一万メートルにも及ぶ神との頭脳戦が、いま始まる！
パールが正式なメンバーとなったものの、ダイヴ希望者が多すぎるためにフェイたちは「神々の遊び」に挑むことができない。そこでミランダは、フェイたちにワールド・ゲームズ・ツアーへの参加を提案する。数ある街の中から選ばれた聖泉都市マル＝ラに向かった彼らを待っていたのは、元使徒の少女・ネルだった——！
二対二で行われるカード戦略系すごろく「Mind Arena」の試合が開始し、ダークス＆ケルリッチに対してフェイ＆パールが立ち向かう。このゲームの勝利条件は、先にゴールに辿り着くか、相手のライフをゼロにするかの二つ。攻撃系の職(クラス)を選択し、高火力のカードで襲い掛かるダークスたち。追い詰められるフェイたちに、果たして挽回の策はあるのか……！？
都市対抗戦に勝利したフェイに、ネルはチームのアナリストになりたいと志願する。しかし、フェイは彼女の「本当にやりたいこと」は他にあるはずだと、自分たちの「神々の遊び」の応援をお願いするのだった。ネルが中継を見守る中、フェイたちはマアトマ２世による「太陽争奪リレー」に挑む！
遂に始まった「太陽争奪リレー」。神を欺くため、フェイたちはチームメイトであっても太陽の花を持つのが誰か明かさずプレイすることを選んだ。しかし、あまりにも多い猫ゴーレムの猛追に遭い、また一人、また一人と使徒が減っていく。劣勢の中、フェイたちに活路はあるのか。
賭け神は、同行者の1勝を賭けて勝利することで使徒の１敗を消してくれる神である。ネルを使徒として復帰させるため、フェイたちは賭け神への挑戦を決めた。一行はルイン支部に戻りネルの歓迎会を実施。パーティーのあと、お風呂でも女子たちは親交を深めるのだが……？ そしていよいよネルは、賭け神との勝負に挑む！
グレモワールが挑んできたのは「三つのイカサマ」。コインの裏表当て、ポーカー、ババ抜きを通して使われている同じイカサマを見破るという勝負だった。しかし、なにせ相手は神。なんでもできる中で、どんなイカサマをしているのか？ ババ抜きまで終えたフェイは、もう一回ババ抜きをやることを提案するのだった。——「次のゲームでお前の必勝を打ち破る」
フェイたちが飛び込んだ「死と再生の迷宮ルシェイメア」は、死んでも無限にリスポーンするダンジョンだった。迷宮には様々なモンスターや凶悪なギミック・罠が満載。フェイたちは攻略のカギとなるアイテムを回収＆クラフトしながら迷宮を探索していくのだった。ミィプによると、最深部にいるラスボスを倒せば現実世界に戻れるらしいが、フェイ達は無事に最深部までたどり着けるのか……！
ウロボロスのワンパンで倒された眠れる獅子は、セーブアイテム・ライオンハートをドロップ。これによって使徒は現実世界に一時帰還できるようになった！ しかし、フェイとウロボロスはこのゲームにストーリーが進まないバグが潜んでいることを見抜いていて……！？
フェイたちは迷宮の最深部に辿り着いたが、やはりラスボスは死んでいた。だがここは「死と再生の迷宮」。ラスボス不在で攻略不可能なら、“復活させてから”倒せばいい。アイテム・黄泉がえりの鈴を使うフェイたちだったが何も起きないようで……？ そこでフェイがある要素に気づくのだった。
