本が大好きな女子大生・本須麗乃は本に埋もれて亡くなり、気がつくと別の世界で、病弱な少女・マインとして転生していた。本があれば、どんな環境でも耐えられると思ったマイン。さっそく本がないか家中を探し回るが、どこにも本が見つからない。さらに母親のエーファと一緒に街へ出ても、文字すらなかなか見かけることができない。そこは識字率が低く、本がとても高価な世界だったのだ――。
本が貴重なこの世界で、マインは自ら本を作ろうと決意する。だが、体が弱いマイン。姉のトゥーリと一緒に、父親・ギュンターの忘れ物を届けるため門へ行こうとするが、少し歩いただけで息が上がってしまう。そんなマインの前に、ルッツが現れる。マインと同い年のご近所さんだ。転んだマインに手を差し伸べてくれるルッツにマインは感激する。そして、門へ着いたマインはそこで古い石板をもらい、字を書ける喜びをかみしめる。
冬。雪に閉ざされる中、マインは本作りの第一歩としてパピルスもどきを作ることに。一方、姉のトゥーリは夏に洗礼式を控え、母・エーファから様々な仕事を教わっていた。マインも見習い仕事について考えるよう言われるが、相変わらず本のことしか頭にない。 そんなマインと家族との距離は冬を過ごす間に徐々に縮まっていき、マインはトゥーリの洗礼式のためにある物をプレゼントしたいと思いつく。
春になり、家族に森へ行きたいと言うマイン。だが、体力がないからと反対されてしまう。しばらく門へ通い、皆に遅れずに歩けるようになれば、森へ行っても良いと言うのだ。オットーの書類仕事を手伝うことになったマインは、門へ通いながら体力をつけることに。そして、次第に歩けるようになり、ついに森へ行くことを許されたマイン。さっそく森で、粘土板を作ろうとするのだが……。
季節は夏に移り、トゥーリの洗礼式の日がやって来た。マインが作った髪飾りをつけ、注目を集めるトゥーリ。そして森へ行く機会が増えたマインは、ルッツに手伝ってもらいながら木簡作りを始める。そんな中、マインはルッツに、オットーに会わせてほしいと頼まれた。ルッツには、旅商人になりたいという夢があったのだ。だが、度重なる紙作りの失敗にショックを受けたマインは、オットーとの会合を前に高熱で倒れてしまうのだった。
ルッツをオットーに紹介することになったマイン。だが、それはただの会合ではなく、見習い先を紹介してもらうという意味を持っていた。身なりを整え、緊張しつつ会合に臨むマインとルッツ。そんな二人の前に、オットーとベンノが現れる。オットーの旅商人時代の知り合いだというベンノは、値踏みするように二人を見、ルッツに商人になって何を売りたいかを聞く。果たして二人の答えは……。
いよいよ紙作りをすることになり、わくわくするマイン。そんなマインとルッツに、ベンノから呼び出しがかかる。紙作りに必要な材料を、ベンノが調達してくれると言うのだ。マインは、材料の担保や今後の援助についてベンノと交渉。そして不思議なインクを使い、契約魔術を結ぶ。だがその帰り道、いつもは快活なルッツの態度がよそよそしいことが気になるマイン。ルッツは、ベンノと平気で難しい話をするマインに違和感を覚えていた。
本格的に紙作りの作業が始まった。マインとルッツは作業用の倉庫を借り、必要な道具を揃えていく。さらに二人は森へ行き、木の枝を蒸して紙を作ることに。だが、慣れた様子で紙作りを進めていくマインに、ルッツはさらに違和感を募らせる。紙ができたら話をしたいと言うルッツ。そして最初の紙が完成した時、ルッツはマインに、これまでの疑念をぶつけるのだった。
ベンノに連れられて商業ギルドへ行ったマインたちは、そこでギルド長に会うことになった。マインが作っているという髪飾りを見て、驚くギルド長。それは、ギルド長の孫娘・フリーダが欲しがり、ずっと探していた髪飾りだったのだ。ギルド長から、フリーダの髪飾りを作るよう依頼されたマインは、フリーダに会いに行くことに。フリーダは、可憐で可愛らしい少女だったのだが……。
すっかりフリーダに気に入られたマイン。フリーダの話から、マインは身食いという病気だったことが分かる。治すためには、多額のお金がかかるらしい。そのことに気づいていたベンノは、商品についてのマインの情報を買ってくれる。さらに髪飾りの注文を受け、新しい商品のアイデアも次々と考えていくマイン。だが、そんな最中にも身食いの熱はマインを蝕んでいき……。
気がつくと、マインはフリーダの家にいた。フリーダの持っていた壊れかけの魔術具のおかげで、マインは命を取りとめたのだ。だがフリーダは、これで身食いを治せたわけではないと言う。この先、魔術具を持つ貴族と契約して貴族に飼い殺されて生きるか、このまま家族の元で朽ち果てるか、二つに一つを選ばなければならない。マインに残された時間は、あと一年。しかし、マインは家族に本当のことをなかなか話せずにいた。
それぞれの進む道が決まったマインとルッツ。そして、二人の洗礼式の日がやってきた。初めて神殿に入ったマインは、神殿長が読む聖典に目を奪われる。その洗礼式の最中、ひょんなことからマインは神殿の中で迷子になり、偶然、図書室を見つける。転生してからはじめて目にする図書室に感激するマイン。しかし、中に入ろうとしても入れない。図書室には神殿関係者しか入れないのだ。その話を聞いたマインは……。
神殿の巫女見習いになりたいと言うマインに、激怒するギュンター。神官や巫女見習いは孤児がなるもの。しかも神殿に住み込みで、きつい仕事をしなければならないらしい。マインは、巫女見習いになるのを諦めることにする。そして再び神殿へやって来たマインは、神殿長と神官長のフェルディナンドに、巫女見習いの話を断ろうとするが……。そこで思わぬことが起こってしまう。
神殿に呼び出されるマインと両親。交渉次第では、貴族に近い扱いの青色巫女見習いになれるかもしれないと聞き、ギュンターはマインを守る覚悟を決める。そして、交渉の日。神殿長は、マインの両親の貧しい身なりを見たとたん、これまでの温和な態度を一変。両親の言葉には聞く耳をもたず、マインを差し出すよう命じる。断固として断るギュンター。そんなギュンターに神殿長が牙を剥く！
フェルディナンドの側近のユストクスとエックハルトは、フェルディナンドの命を受けて青色巫女見習いになることが決まったマインの身辺を探ることに。情報収集が趣味で女装も厭わないユストクスは大張り切り。一方、エックハルトは下町の臭いにやられてダウンしてしまう。果たして二人は、下町でマインの情報を得ることができるのか！？
マインの洗礼式の衣装が見たいと言われてコリンナの家を訪問することになったマイン、トゥーリ、エーファ。トゥーリはあこがれのコリンナに会えるとあって大喜び。そんな中、コリンナが髪飾りの権利を買い取りたいと言い出し、マインとベンノの価格交渉が始まる。はじめて見る『商人マイン』にトゥーリは圧倒されるのだった……。
いよいよ神殿の巫女見習いになることになったマイン。神殿に入るまでの間、これまでの ことをベンノに報告したり、カトルカールの試食会をしたりと、慌ただしく過ごす。そし て、マインが神殿へ行く日がやって来た。フェルディナンドによって誓いの儀式が行われ、 青色巫女見習いとして認められるマイン。そして、これからマインの身辺の世話をすると いう側仕えたちを紹介されるのだが......。
神殿での生活が始まった。新しい仕事を覚えていくマインだが、側仕えたちはマインに反抗的な態度を取る。中でもフェルディナンドの側仕えだったフランは、貴族らしさの欠片もないマインに仕えることに不満を持っていた。一方、マインも側仕えが信用できず、ちっとも神殿に馴染もうとしない。そんな中、寄付金を納めることになったマインはベンノを伴い神官長の元へと赴くことになった。
フランの信頼を勝ち取ったマイン。しかし、ギルとデリアはまだマインを主と認めない。「与えるべきもの」を与えていないからだ。神殿では主が側仕えの衣食住を保証するのだ。マインは、麗乃時代とも下町とも異なる神殿での常識に戸惑いながらもギルに食事を与えるためにはどうすれば良いかを考える。一方、自分たちに歩み寄ろうとするマインの姿に、ギルとデリアの心も揺れて……。
孤児院に案内してもらったマインは、飢えた幼い子供たちを見てショックで倒れてしまう。なんとか子供たちを救えないかとフェルディナンドに相談するが、孤児たちに対して責任を負えるのかと問われ、答えることが出来ない。しかし、飢えた子供たちの姿が頭から離れないマイン。大好きな読書も手につかなくなってしまう。そんな中、ルッツの一言からマインは孤児を救う方法があるかもしれない、と希望を見出す。
孤児院長に就任したマインは、手始めに孤児院の大掃除をすることに。さらに採集の仕方やスープ作りを教え、孤児院の環境を改善する。働けば報われることを知った子供たちは、率先してマインのために動くようになり、マインは子供たちから慕われる。そして季節は夏になり、子供たちにも星祭りを体験させたいと思うマイン。フェルディナンドの許可を得て、孤児院の庭でタウの実をぶつけ合うが、そこで不思議なことが起きる。
ルッツが家出してしまった。ルッツが商人になることに反対していた父のディードと言い争いになり、飛び出してしまったらしい。一方、ベンノはルッツを養子にすると言い出し、ルッツの家族と険悪になる。どうすればいいのかと悩むマイン。フェルディナンドは双方の話を聞くようにと助言する。親身になってくれるフェルディナンドが意外なマイン。こうして、神殿でルッツの家族会議が行われることになる。
エーファに赤ちゃんが生まれることを知ったマインは、子供用の絵本を作ろうと決意する。絵本作りのため、絵が上手いヴィルマを側仕えにしてほしいと懇願するマイン。さらに、音楽の得意なロジーナも側仕えに加わり、マインは新たに二人の側仕えを迎えることになった。だが、ヴィルマは何か事情がある様子で、孤児院から出たがらない。一方ロジーナは、マインにフェシュピールという楽器を教えくれることになったのだが……。
本格的な絵本作りが始まった。マインはルッツやトゥーリ、孤児院の子供たちに協力して貰いながらインクを手作りし、試行錯誤をくり返して作業を進めていく。これまでの道のりを振り返り、ここまで来られたのはみんなのおかげだと胸がいっぱいになるマイン。一方、みんなが本作りを頑張っている姿を見て、頑なに孤児院の外に出たがらなかったヴィルマの心にある変化が起きていた……。
秋になり、青色神官たちが収穫祭へと出発する中、マインは図書室へ行くことにする。久しぶりに本が読めると、うきうきするマイン。だが図書室の扉を開けたとたん、マインは茫然とする。図書室の中が荒らされ、本や資料が撒き散らされていたのだ。こうなったら十進分類法を使い、好きなように片づけようと奮起するマイン。一方、フェルディナンドはこの世界にはない不思議な知識を持つマインに疑念を抱くのだった。
フェルディナンドから、冬の間、神殿に籠るようにと言われたマイン。家族に反対されるものの、神殿に残ることを決意する。マインには孤児院長としての、そして青色巫女見習いとしての責任感が芽生えていたのだ。そして、冬が近づいてきたある日のこと。騎士団から要請がきて、マインは儀式を行なうことになる。衣裳を着替え、貴族街へと連れて来られたマイン。そこには、鎧に身を固めた騎士たちが整列していた。
騎士団からの要請で、出動することになったマイン。フェルディナンドの騎獣に同乗し、空を駆ける。行き先は、森の奥。そこで、巨大化したトロンベが暴れているのだ。枝を振り回すトロンベを見て、驚くマイン。騎士たちは黒く変化させた武器で戦い、トロンベは弱っていく。だがその時、マインの護衛を任されていたシキコーザが、マインを平民だと見下し、威嚇したことで、とんでもない事件が起こってしまう。
トロンベの討伐が終わると、マインは熱を出して寝込んでしまう。そして、ようやく回復したマインが久しぶりに神殿へ行くと、フェルディナンドの部屋に呼ばれた。フェルディナンドは、魔力がけた違いに多く、不思議な知識を持つマインの正体を見極めようとしていたのだ。フェルディナンドの薬を飲み、魔術具をつけたマインは眠くなり、気を失う。そこでマインが見たものとは――。
本好きの下剋上 司書になるためには手段を選んでいられません 総集編1 総集編 第一章 「本好きの再下剋上その1」 ＜第1期総集編＞ナレーション：田村睦心
本好きの下剋上 司書になるためには手段を選んでいられません 総集編2 総集編 第二章 「本好きの再下剋上その2」 ＜第2期総集編＞ナレーション：三瓶由布子
秋の終わり。マインは聖典絵本を量産して売り出したり、鍛冶職人見習いのヨハンにパトロンになって欲しいと頼まれたり、次の目標へ向けて精力的に本作りに取り組んでいた。だがそんな中、インク協会会長のヴォルフが、マインのことをかぎ回っていることがわかる。マインはベンノからある事を提案されるのだが……。
神殿で、冬籠もりをすることになったマイン。だが、早々にホームシックになってしまう。さらに、ベンノとフェルディナンド、カルステッドとの会談では、ヴォルフが危険な人物で貴族とも繋がりがあることが判明。不思議な知識と強大な魔力を持つマインは、貴族たちからも狙われる存在だったのだ。危険を回避するためにフェルディナンドが下した決断とは！？
マインの護衛として騎士のダームエルがつくことになった。おかげで出歩くことができるようになったマインは、図書室に行けると大喜び。奉納式を行ない、小聖杯に魔力を満たす職務を果たしながらも、下町へヨハンに注文していた品を受けとりに行く等、本作りへの情熱は失わない。そして春が近づき、家に帰れる日を心待ちにするマイン。だが、そんなマインに残酷な事実が告げられる。
祈念式へ向かうことになったマインたち。そこへ、ジルヴェスターという青色神官が現れる。自由奔放なジルヴェスターにからかわれ、戸惑うマイン。ジルヴェスターを牽制しながら各地の農村を回り、祈念式を立派に務める。そしてマインたち一行は、以前からマインに興味を持っていたというゲルラッハ子爵のもとを訪れることに。だが、その日の夜――。大変な事件が起こってしまう！
祈念式を終え、マインたちが神殿に帰って来た。ジルヴェスターは、孤児院や工房を見てみたいと、マインを案内係に任命。聖典絵本を作る様子等を見て回る。そして去り際、ジルヴェスターはマインに、「いざという時のお守りだ」と、黒い石のついたネックレスを渡す。一方、ジルヴェスターと共に本作りの様子を見たフェルディナンドは、マインの技術は歴史を変えてしまうと、危機感を募らせるのだった。
久しぶりに家に帰ったマイン。弟のカミルが生まれ、これまで以上に本を作ろうと決意する。そんなマインの前に、強力な助っ人が現れた。インク職人のハイディだ。好奇心旺盛で研究熱心なハイディは、すぐにマインと気が合い、色インクの開発が始まった。試行錯誤を繰り返すマインとハイディ。そんな中、神殿では捨て子の赤ん坊、ディルクの面倒を見ることになる。
赤ん坊のディルクが、高熱を出してしまった。ディルクを可愛がり、親身に面倒を見ていたデリアは、心配でたまらない。症状を見て、ディルクが身食いではないかと気づいたマイン。フェルディナンドと相談の末、ディルクを守るために、身食いであることを隠して育てることにする。マインは、ハイディと共に色インクの実験を進めつつ、神殿でディルクの世話をしていたのだが……。
ハイディの工房からの帰り道。非常事態を知らせる鐘が鳴り、救援信号の赤い光が上がる。何があったのかと、不安になるマイン。状況がはっきりするまで、マインは安全のため、家に引きこもることになった。束の間の家族との時間を過ごすマイン。そして、ようやく外出を許されたマインが神殿へ行くと……。そこに、ディルクの姿はなかった。そしてマインに、さらなる危機が襲いかかる！
門番のミスで、他領の貴族の馬車が町に入りこんでしまった。マインが狙われていることを知っているギュンターは、マインを守るために奮闘する。だが、謎の男たちに襲われてしまうマイン。ジルヴェスターの言葉を思い出し、黒いお守りに血判を押す。しかし、状況は何も変わらない。そんな中、マインを狙う者たちが、ついに牙を剥く！そして、ディルクも巻き込んだ神殿長たちの陰謀が明らかになる。
不当な契約を迫る神殿長とビンデバルトに、魔力を暴走させたマイン。そこへ現れたフェルディナンドは、ビンデバルトと対戦する。さらに一同のもとへ、ジルヴェスターとカルステッドもやって来た。神殿長とビンデバルトは、自分たちに刃向かったマインに、罰を与えてほしいと要求。一同の裁定が行なわれる。そして、マインは大切な家族に、一つの決断をしたことを告げることになる――。
