Season 1

Once upon a time, a race known as the Shadow Angels attacked Earth to harvest the life force of all those who inhabited the planet. Thanks to some outrageous miracle, the Shadow Angels went dormant, and humanity was able to live another 12,000 years without fearing their presence. But 11 years after a catastrophe dubbed the Holy Genesis brought ruin to the Earth, the Shadow Angels were stirred from their slumber and resumed the attacks once more.

Il y a 11 ans, une grande catastrophe s'est abattue sur la planète Terre. Cela a provoqué la disparition des deux-tiers de la population humaine. De plus, les glaces de l'Antarctique dégelèrent ce qui fit apparaître la cité d'Atlantis et par conséquent, cela provoqua le réveil des "Fallen Angel", une race d'humains possédant des ailes sommeillant au cœur de la cité engloutie depuis 12000 ans. Afin de protéger la planète en ruine contre les Fallen Angel, des élus possédant des pouvoirs furent réunis afin de piloter des Vector Machines, des vaisseaux de combat pouvant s'unir à 3 pour former un Aquarion. Apollo fait partie de ces jeunes élus bien qu'il ne possède par la paire d'aile qui les distingue des êtres normaux. Suite à la disparition de son meilleur ami Baron, Apollo va rejoindre ces élus afin de combattre ces mystérieux ennemis, dans l'espoir de revoir son ami sain et sauf.

創聖紀0011年の地球――人類は、その人口の2/3を失っていた。11年前の大異変が原因である。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ“堕天翅族”が蘇った。彼らは生物機械兵器“神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人間を捕獲していった。生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。一方、人類は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。ベクターマシンが合体することにより、 “機械天使アクエリオン”が姿を現す。アクエリオンを動かすには、マシンの機械生命と感応、共鳴できる“エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。それには特に鋭敏な五感や純真な魂が要求されるため、10代半ばの少年少女たちがパイロットとして集められた。そして、ついに“機械天使アクエリオン”の合体するときが来た・・・。