A Toulon les hommes sont évalués pendant plusieurs semaines pour confirmer leur place dans l'équipage. Au travers des simulateurs ils pourront se confronter virtuellement à toutes sortes d'épreuves dont certaines, si elles étaient réelles, pourraient être mortelles. Ces qualifications doivent permettre d'établir le meilleur équipage possible. Pendant ce temps les mécaniciens s'emparent du navire avant le grand départ.
Après des semaines d'entraînement à terre, la mission commence enfin par 180 mètres de fond, en Méditerranée Les exercices d'intervention sont déclenchés dès l'aube. Trois entraîneurs sont à bord pour quelques jours. Ils évaluent les hommes et les équipes en situation réelle. Dans le carré, chaque jour, ils préparent les exercices et improvisent de nouvelles situations qui font monter la pression sur l'équipage. La compétence de chacun peut encore être remise en question.. Ils s'apercevront qu'un sous-marin est toujours aveugle. Ici, plus qu'ailleurs, les écrans ne montrent pas le terrain. A bord, c'est toujours le grand écart entre le réel et le virtuel.
Une fois passé le détroit de Gibraltar, le sous-marin glisse vers l'Atlantique pour rejoindre l'Ecosse. La traversée s'annonce longue. L'équipage entre dans un temps immobile fait de jours sans soleil, de silence, de nuits artificielles. A bord, la vie se replie doucement sur elle-même.
La Perle fait surface et approche des côtes de l'Ecosse. L'escale va durer 5 jours. Cinq jours de détente. Cinq jours pour profiter de l'air libre et de vraies heures de sommeil. Cinq jours pour essayer d'accrocher le regard des filles. L'équipage, à présent formé, pourra ensuite participer aux exercices internationaux de l'Otan. Conflit virtuel, géographie imaginaire, alliances et ennemis fictifs, cependant que les vrais avions, les vrais navires de 30 pays différents vont s'employer à affirmer leur force dans l'éventualité d'un véritable état de guerre. Le sous-marin La Perle est un des acteurs du scénario. Nous verrons notre sous-marin traquer sans relâche des navires ennemis et pister le Trenchant, un sous-marin anglais plutôt mal attentionné.
La Perle fait route sur le Cercle Polaire et plonge dans les eaux désertes recouvrant les anciennes frontières invisibles de la guerre froide. A bord commence une nouvelle phase d'activité : recueillir du renseignement et surveiller tous les mouvements suspects. Tous à bord savent qu'un jour ou l'autre, ils pourront être appelés sur l'un des grands sous-marins porteurs de l'arme atomique. Ils seront alors au c¿ur des problèmes de responsabilité que pose à chacun l'utilisation de l'arme nucléaire. Une dernière escale en Norvège annonce la fin de la mission. Bientôt, les hommes retrouveront leurs proches, leurs familles et pourtant une ombre plane sur les choix de vie et de travail qu'ils assument. Réelle ou virtuelle ? Documentaire ou fiction ?