７歳の男児が銃殺されるという事件が発生し、神奈川県警捜査一課・警部の伊達一義（堺雅人）は、遺体発見現場に急行する。現場には、すでに鑑識課・巡査部長の久遠健志（錦戸亮）ら鑑識官が到着していて、証拠物の採取を行っていた。そんなところへ、捜査一課に配属になったばかりのキャリア刑事、警部補・宮城あすか（杏）がやってくる。 ジャケットにジャージという奇妙な格好で取り調べをする伊達を見たあすかに、久遠と来栖淳之介（平山浩行）は、あれが自分たちやあすかの上司だと説明。変わり者で、怒ったこともないから"仏の伊達さん"と呼ばれているという男を見たあすかは驚く。遺体と対峙していたその背中に、猛烈な怒りが立ち込めているのを感じたからだ。 その後の調べで、男児・河相満（貴島康成）は、改造銃で撃たれていたことが判明。犯人は、銃の威力を試すために、泣き叫ぶ満を的にして連射したのだ。その凄惨なやり口に、刑事たちの怒りは高まる。 そんな折、捜査一課・警視正の井筒将明（鹿賀丈史）に会ったあすかは、井筒から伊達があすかの兄・夏樹とコンビを組んでいた刑事だと聞く。 翌日、木内亨（細田よしひこ）という男が、自分が改造銃を作ったと出頭してきた。木内は、高校時代にいじめられていた新垣豪太（山根和馬）に強制され改造銃を作ったと自白。そして、新垣に呼び出され、銃の威力を試すといって満を撃つところを見せられたと言う。木内の供述通り、満の殺害現場には新垣の指紋が付いた改造銃が残されていた。来栖らは、目撃情報とも一致する新垣を逮捕しろ、と色めき立つが、伊達と久遠は
老人ホームが全焼し、入居者9名、職員1名が死亡する事故が起こった。その後の調査で、9名の入居者のうち5名に施設の経営者を受取人にした生命保険がかけられていたことが判明する。報告を受けた伊達一義（堺雅人）は、施設の経営者・春日恒夫（鈴木浩介）を事情聴取。しかし、春日は、入居者の希望で受取人になっていたことがわかる。金に困っておらず、人格者と評判の春日に、宮城あすか（杏）は、事故かもしれないと思い始める。 そんななか、伊達は、焼死した入居者に逃げた様子がないことを疑問に思う。久遠健志（錦戸亮）は、睡眠薬で眠らされていた可能性を示唆するが、検死の結果、その可能性は退けられる。 伊達はあすかとともに、出火原因を作ったとされる入居者・高原スズエの自宅を訪問。応対したスズエの息子夫婦は、世間からのバッシングを受け、母親を恨んでいた。 その後、片桐冴子（りょう）に呼び出された伊達は、事件当日にホームでインフルエンザの予防接種が行われていたと聞く。さらに冴子は、法で裁かれなかった容疑者が行方不明になる"神隠し"を調査してみようと思っていると明かす。 伊達とあすかは、予防接種を行ったという医師・羽鳥晴信（東根作寿英）を訪ねる。羽鳥はスズエの夫の主治医でもあったが、心筋梗塞で入院した夫は、羽鳥の診察後に容態が急変して死亡。スズエはそれを医療ミスだと、クレームを付けていたという。そのことで立場が悪くなった羽鳥がスズエを恨み、注射に毒を入れて殺害したのではないか――。そんな仮説が立てられたが、立証はできない。 そんな折、羽鳥の病院で聞き込み
伊達一義（堺雅人）は、自らが経営する老人ホームに放火し10名を死亡させた春日恒夫（鈴木浩介）に制裁を加える。それを目撃した久遠健志（錦戸亮）は、伊達の"別の顔"を知ってしまう。 そんな折、心中と思われる若い男女の遺体が発見された。第一発見者は、女・内海晴香（重廣礼香）の婚約者・山原哲司（黄川田将也）で、晴香と一緒に死亡した男は晴香の元恋人・猪俣政典（中村邦晃）だという。晴香のストーカーだった猪俣に動機も物証もあることから、猪俣による無理心中と断定されるが、伊達は腑に落ちない。 早速、伊達は宮城あすか（杏）を連れて山原に会う。山原は、猪俣が晴香に付きまとい暴力を振るうこともあったようだと証言。晴香はそんな男をなぜ部屋に入れたのだろうか、と尋ねる伊達に、山原は、自分や周囲の目を気にしていたんだろうと答える。 同じ頃、ルポライター・片桐冴子（りょう）は、井筒将明（鹿賀丈史）を訪ね、過去に17人の事件の容疑者が行方不明になっている"神隠し"について切り出す。それらの事件のうち２件はマスコミに公表されていないことから、冴子は、警察内部の人間が関与する可能性もあると言う。 一方、伊達は山原を疑うが完璧なアリバイの前に行き詰まりを感じていた。そんなとき、再び晴香の実家を訪ねた伊達は、窓にかかるカーテンに目をやる。それは晴香が母親にプレゼントした、断熱効果のあるものだという。伊達は、同じカーテンが晴香の殺害現場にあったことを思い出し、山原がそれを使い遺体の死亡推定時刻を偽装したのだと確信する。
法から逃れた者に制裁を加えていた伊達一義（堺雅人）は、その行為に久遠健志（錦戸亮）を巻き込んだことを三上国治（大杉漣）から責められる。伊達は、久遠が昔の自分に似ていて放っておけなかったと弁明する。 その頃、11人を死傷させた無差別殺人犯・椎名高弘（窪田正孝）に心神喪失が認められ、無罪の判決が下った。 久遠は、事件発生当初から被害者のうち女子高生・皆瀬桃子（金澤美穂）だけが3度も刺されていることを問題視。もしも桃子を狙った犯行ならば、心神喪失は偽装になるのでは、と指摘していた。しかし、無差別殺人の路線が崩されることはなかった。 そんな久遠の話を聞いた伊達は、確定した無罪が覆ることはないと知りつつも、3日間の休暇を取ると桃子の自宅へ。しかし、桃子の父・士郎（甲本雅裕）は、桃子と椎名に接点はなかったはずだと答える。 その後、桃子の携帯電話を調べると、友人・柏木奈美（近藤未来）から「店にあいつが来ていた」というメールを受信していたことがわかる。伊達は、奈美が働くカラオケ店を訪ねるが、奈美はメールを覚えていなかった。さらに伊達は店長（まいど豊）に、防犯カメラの映像を見せてくれと頼むが、休暇中で刑事だと言えないため拒否される。すると、宮城あすか（杏）が現れ、スッと警察手帳を掲げた。 伊達とあすかは、映像を丁寧に調べていくが、なかなか収穫は得られない。が、夜も更けたとき、ある映像が伊達の目に止まる。それは、喫煙で補導された3人組の高校生で、そのなかのひとりが椎名だった。さらに映像から、店で働く桃子と、姿は隠れていたが士郎がいたこ
伊達一義（堺雅人）は、無差別殺人犯・椎名高弘（窪田正孝）が、どうやって心神喪失を装っていたのかが気にかかる。宮城あすか（杏）は、精神鑑定士を上手くだましたのでは、と言うが腑に落ちない。 そんな折、練炭自殺を図った男女３人の遺体が発見された。３人は、昨年起きた、高校生殺人事件の被害者家族だった。被害者家族がなぜ――と驚くあすかに、久遠健志（錦戸亮）は、３人の個人的な問題を派手に書きたてた週刊誌の記事を見せる。伊達は、たとえ記事が真実だったとしても、一家心中を図るまで追い込まれた理由が気になる。すると、記事を見ていたあすかが、伊達を呼ぶ。なんと、高校生殺人事件の加害者の弁護士と、椎名を担当した弁護士が同じだと言うのだ。 早速、伊達とあすかは、弁護士・氷川成美（鈴木砂羽）を訪ね、被害者家族がバッシングを受けるようになった原因が、成美の発言にあったのでは、と切り出す。しかし成美は、それを一蹴。さらに、椎名の鑑定も、心神喪失で間違いはないと自信を覗かせる。そんななか、片桐冴子（りょう）から、椎名の鑑定を行った精神鑑定士・幸田弘道（小須田康人）が行方不明になっているとの情報が入る。伊達と同様、椎名の偽装だけで鑑定結果が誤魔化せるはずはないと感じていた冴子は、鑑定士に目を付けたのだ。 翌日、伊達とあすかは、幸田の自宅を訪ねる。妻・京香（春木みさよ）は、最近、幸田の様子がおかしかったと証言。伊達らが自宅を調べると、金庫から京香に宛てた遺書が見つかり、そこには、椎名の精神鑑定結果を改ざんしたと書かれていた。遺書を見つけたことで
ある街で、宝石店などを狙った窃盗傷害事件が連続で起き、伊達一義（堺雅人）らはその捜査を担当する。 そんななか、事件を管轄する警察署から捜査一課にクレームが入った。久遠健志（錦戸亮）が、その付近で父親から虐待を受けていると噂される小学生・吉永文弥（渡邉甚平）を自宅に訪ねたからだ。すでに所轄の警察官が父親に会い、虐待はなかったと確認したのに、県警本部の久遠が訪問したことで所轄は体面を汚されたというのだ。結局、減俸に処されたが文弥が虐待されていると確信する久遠は、伊達から携帯電話を借りると、訪問時に文弥に渡した自分の携帯電話にメールを送る。そこで、自分も親から虐待を受けていたこと、それでも友だちにはそれを知られたくなくて誤魔化していたことを明かす。 同じ頃、久遠に父親から虐待されていた過去があったと知った伊達は、文弥の自宅周辺で聞き込みをはじめる。すると、文弥の父親・広之（高杉亘）が、酒グセの悪さで評判になっていることがわかる。久遠は、野球好きの文弥とキャッチボールをするなどして、距離を縮めていた。文弥は、虐待は認めないものの、自分を守ろうとする久遠の存在が心強かった。 その頃、宮城あすか（杏）は、"神隠し"を追う片桐冴子（りょう）の協力を得て、兄・夏樹（丸山智己）殺害事件の真相を突き止めようと動いていた。そのなかで、井筒将明（鹿賀丈史）が、夏樹殺しの容疑者だったという事実を知る。 そんな折、文弥が団地の４階にある自宅から飛び降りて死亡した、との知らせが入る。現場に駆け付けた久遠は、文弥の変わり果てた姿を見て立ち尽く
ある男が殺害され、遺体のそばに「悪人に制裁を」と書かれたカードが残されていた。伊達一義（堺雅人）、久遠健志（錦戸亮）は、自分たちが行っている制裁行為を真似た模倣犯かもしれない、と思う。が、だとすると、制裁行為は一般に報道されていないため、警察の人間の犯行ということになる。 そんな折、根津健太という男性の遺体が発見された。根津は、後頭部を強打され死亡したが、現金が奪われていたため、宮城あすか（杏）は、通り魔の可能性を示唆する。一方の伊達は、根津のズボンのポケットの裏地が出ていることが気になる。と、同じタイミングで、ポケットから何かが抜き取られた形跡があると指摘する者がいた。伊達とコンビを組むことになった日向光明（忍成修吾）だった。 翌日、伊達は日向と根津の妻・美代子から事情を聞く。美代子は、根津には仕事以外に悩みはなかったと証言。しかし、日向が食い下がると、根津の弟・忠士が頻繁に金を無心することに頭を悩ませていたと明かす。そんな美代子に日向は、忠士が犯人なら殺してやりたいか、と尋ねる。警察官としてあるまじき質問に、伊達は日向をとがめるが、美代子は「殺してやりたい」と答える。 そんななか、根津の殺害現場付近で鉄パイプが見つかり、忠士が取り調べられることに。状況証拠や関係者の証言から、刑事たちは忠士を自白させようとするが、伊達は忠士の犯行ではないと断定し…。
伊達一義（堺雅人）は、法から逃れた者を殺害していた日向光明（忍成修吾）に撃たれ、負傷する。すると、そこに日向の兄・吉住武徳（飯田基祐）が現れ、伊達が落とした銃を拾い、それが麻酔銃である――つまり、これまで制裁を加えた人間が殺されていないことを知ってしまう。 一方、目を覚ました久遠健志（錦戸亮）は、付近で倒れている日向を見つけ、伊達の所在を尋ねる。しかし、日向は、自分も久遠と同じ男に襲われて倒れていたので知らないとウソをつく。 そんなとき、久遠は伊達のものと思われる血痕を見つけたどっていく――と、血文字で「ＹＴ」と書かれた段ボールに行き当たる。 捜査一課では、伊達不在のなか、前夜に起きた木本志保というスナック経営者殺害事件についての会議がはじまった。宮城あすか（杏）は、志保と店の常連客・宮前史人が口論をしていたという証言を報告。すると、宮前にアリバイがあるにもかかわらず、日向は宮前の犯行だろうと、決めつける。 その頃、久遠は三上国治（大杉漣）から、「ＹＴ」を指すと思われる吉住が、日向の腹違いの兄だと聞かされる。しかも、ふたりは幼い頃にそれぞれの母親を殺されていて、立件はされていないが、容疑者は父親だったという。そして、５年前、その父親を裁いたのが三上なのだという。 同じ頃、伊達は、吉住から父親の居場所を教えるように、と暴行を受けていた。吉住と日向は、父親を捜し復讐するために刑事になった。そして"神隠し"を模倣したのも、伊達らを誘い出して父親のことを聞くためだったという。父親が殺されていれば、それで納得するつもりだ
伊達一義（堺雅人）は、宮城あすか（杏）から、久遠健志（錦戸亮）が何者かによって刺されと聞き、久遠が搬送された病院へ駆けつける。 昏睡状態の久遠に付き添っていたあすかは、ジョーカーを名乗る男から呼び出されたこと、久遠が、片桐冴子（りょう）や宮城夏樹（丸山智己）を殺した犯人がわかるかもしれない、と言っていたことを伊達に伝える。 久遠が使う鑑識課倉庫に戻った伊達は、そこで科捜研から届けられた封筒を見つける。中は空だったが、久遠が何かしらの情報を得たことがわかった。 そんな頃、あすかがパソコンで、夏樹が残したCD－ROMを見ていると、井筒将明（鹿賀丈史）が背後に立っていた。井筒は、警察OBの大物の名前が羅列されたなかにある数字に興味を示すが、あすかはそれが何かは知らない、と返答。すると、井筒はあすかの安全のため、CD－ROMを預かると言う。あすかは、井筒の隙をついて、ケースだけを渡す。 その後、伊達は、滝川美菜（鈴木凛）に頼み、久遠が科捜研に依頼していたDNA鑑定の報告書を入手。それを見た伊達は、言葉を失う。 報告書を手にした伊達は、三上国治（大杉漣）のバーにやってくると、迎えた三上に、冴子を殺した犯人がわかったと告げる。当初、犯人は警察内部にいると思われたが、犯行現場から採取されたDNAは、現場にいた捜査員のものだけだった。そのため、警察関係者以外の犯行かとも思われたが、久遠が警察OBまで対象を広げてDNA鑑定を依頼したところ、驚べき結果が出た。結果を記した報告書にあったのは、三上の名前だった。伊達は、三上が夏樹と冴子を殺したのだろう、と言う。
神奈川県警捜査一課の伊達一義（堺雅人）は、拘置所にいる三上国治（大杉漣）の面会に行く。三上が警察を辞めバーを経営するようになって３年、三上は伊達にいろいろなことを背負わせてしまった、と語った――。 3年前のある日、伊達は三上のバーで、神奈川県警の中崎道彦（鶴見辰吾）に関する資料を見せられた。中崎は、暴力団員の発砲で一般人が死亡した事件の黒幕で、暴力団と関係の深い人物だった。警察は、中崎の件を掴んでいたが、警察上層部にも中崎からの恩恵に預かる人物がいて、事実を隠蔽していたのだ。警察が守っている限り、中崎を法で裁くことはできない。三上は、中崎を"神隠し"に遭わせることを決め、伊達にひとりで制裁を行うよう指示。しかし、伊達は「自分に人を裁く権利があるのか」と、思い悩む。 その後、伊達と三上は、中崎の妻・由衣（阿南敦子）が営むラーメン店を訪ねた。伊達は、そこで、中崎が息子の入院費のために、暴力団が行う不正に目をつぶり金銭を授受したことが、暴力団との関係のはじまりだったと報告。何度も自首を促したが、中崎が無視し続けていることも伝えた。と、中崎が帰宅し、金が入っている封筒を妻に渡す。伊達が、金の工面方法を尋ねると、中崎は、お前らには関係ない、と声を荒げ店を出ていく。 そんな日の夜、伊達は路地裏を歩く中崎の前に現れ、自首して罪を償え、と最後通告をするが、中崎はまったく耳を貸そうとしない。そんな中崎に、伊達はついに麻酔銃を発砲した――。 伊達が今でも中崎の妻が営むラーメン店に足を運んでいるのは、最初に人を裁いたときの気持ちを忘れ