伊達一義（堺雅人）は、法から逃れた者を殺害していた日向光明（忍成修吾）に撃たれ、負傷する。すると、そこに日向の兄・吉住武徳（飯田基祐）が現れ、伊達が落とした銃を拾い、それが麻酔銃である――つまり、これまで制裁を加えた人間が殺されていないことを知ってしまう。 一方、目を覚ました久遠健志（錦戸亮）は、付近で倒れている日向を見つけ、伊達の所在を尋ねる。しかし、日向は、自分も久遠と同じ男に襲われて倒れていたので知らないとウソをつく。 そんなとき、久遠は伊達のものと思われる血痕を見つけたどっていく――と、血文字で「ＹＴ」と書かれた段ボールに行き当たる。 捜査一課では、伊達不在のなか、前夜に起きた木本志保というスナック経営者殺害事件についての会議がはじまった。宮城あすか（杏）は、志保と店の常連客・宮前史人が口論をしていたという証言を報告。すると、宮前にアリバイがあるにもかかわらず、日向は宮前の犯行だろうと、決めつける。 その頃、久遠は三上国治（大杉漣）から、「ＹＴ」を指すと思われる吉住が、日向の腹違いの兄だと聞かされる。しかも、ふたりは幼い頃にそれぞれの母親を殺されていて、立件はされていないが、容疑者は父親だったという。そして、５年前、その父親を裁いたのが三上なのだという。 同じ頃、伊達は、吉住から父親の居場所を教えるように、と暴行を受けていた。吉住と日向は、父親を捜し復讐するために刑事になった。そして"神隠し"を模倣したのも、伊達らを誘い出して父親のことを聞くためだったという。父親が殺されていれば、それで納得するつもりだ