新右衛門（堺雅人）は、これまで倒してきた者たちの亡霊に悩まされる。心は死の恐怖にとらわれ、神から遠ざかっているのを感じる。家族のように親密だった鹿乃（京野ことみ）や平賀丹後守（風間杜夫）と別れ、鹿島に帰る決意をする。鹿島では、人々が新右衛門の帰りを待ちわびていた。しかし、新右衛門は鹿島神宮に１０００日間にわたって籠もる新たな厳しい修行に。満願の日、鹿島の祖神より「一つの太刀」の啓示を受ける。
