洋上に建設された巨大要塞オーシャンシティ。そこでは、トランスフォーマーと人類によって、超エネルギー、エネルゴンの採掘が進められていた。エネルゴンの存在を察知する特殊な能力を持つ少年、キッカーの指示により、海底奥深くに光り輝くエネルゴンが発見されたその時、突如シティの空から、見たことのないトランスフォーマーが襲いかかってきた。無数の敵に囲まれたキッカーとトランスフォーマーたちは……。
月面に建造されたルナシティ。そこに、アルファＱが差し向けた無数のテラーコンが、エネルゴンを奪うべく襲いかかってきた。敵の襲来を察知したチームコンボイのメンバーたちが急行し、迎え撃つ。エネルゴンを鋳造することで作られるエネルゴンスターを身につけ、さらにパワーアップしたチームコンボイ。果たして、エネルゴンを奪い取ろうとするテラーコンからルナシティを守ることができるのか！
新たに目覚めたサソリ型トランスフォーマー、メガザラック。このアルファＱの忠実なるしもべに率いられ、またもや無数のテラーコン部隊が地球に襲来してきた。エネルゴンスターを身につけ迎撃するチームコンボイとの、激しい総力戦が展開されるデザートシティ。その一方で、メガザラックは、ユニクロンの内部奥深くに眠るメガトロンの姿をえさに、ショックウェーブを自らの側に引き込もうと画策するが……。
メガトロン復活のために、アルファＱの陣営へと寝返ったショックウェーブ。それによりますます戦力を増したテラーコン軍団が、火星のシティで破壊の限りを尽くす。次なる標的は地球。メガザラックは、メガトロンのマトリクスより抽出された破壊の剣、メガトロンソードの強力な破壊力でチームコンボイを脅かす。そんな中、妖しく光るメガトロンソードを目にしたアイアンハイドとサンドストームは……。
真っ白い雪原のひろがるアルプス山中。新たなエネルゴン・ポイントの存在を察知したキッカーは、オムニコンたちを引き連れ捜索にあたる。が、そこへメガザラック率いるテラーコンの大編隊が飛来。なんとしてもエネルゴンを守りたいグランドコンボイたちとの激しい銃撃戦が展開され、雪原は炎に包まれる。撃てども尽きぬ無数のテラーコン。その攻勢に押され、形勢が危うくなってきたその時、頭上に信じられない光景が……。
アルファＱが差し向けたテラーコン軍団の度重なる襲撃をふまえ、ジョーンズ博士は各シティを武装化。新たな防衛システムで戦いを一気に有利なものとした。一方、エネルゴン集めに苦戦し、ユニクロンの復活をなかなか成し遂げられないアルファＱはしびれをきらしていた。しかも最近は、なぜかユニクロンの成長スピードが著しく落ちている……。その時、邪悪な生命の目覚めを告げる、恐ろしい鼓動が鳴り響きはじめた！
完全復活をはたしたガルバトロンが、アルファＱから奪い取ったテラーコンを配下に従え、地球に攻め込んできた。圧倒的な戦力でエネルゴンを奪い取るガルバトロンたちを前にして、シティの武装化も意味をなさず苦戦するキッカーたち。一方、手兵を失ったアルファＱは、胴体部と分離したユニクロンの頭部にあって戦況をうかがいながら、ひそかに新たなトランスフォーマーを産み出していた……。
ユニクロン内部に浮遊していたスパークに、アルファＱがエネルゴンを照射することによって生命を吹き返したナイトスクリーム。が、エネルゴンの量が少ないため思うように実体化ができない。自らの身体を完全なものにし、ユニクロンを再生させるため、グランドコンボイたちからエネルゴンを奪い取るようアルファＱに命じられたナイトスクリームは、コンボイを急襲。姿の見えない敵の攻撃にコンボイは……。
10万個以上の小惑星が連なるアステロイドベルト。そのひとつの星につくられたアステロイドシティ近くに、ナイトスクリームがいるとの情報がコンボイたちのもとに入ってきた。ただちに急行するチームコンボイ。するとそこには、ガルバトロンたちが拠点としている巨大な移動要塞に乗ったメガザラックが。アルファＱの忠実なるしもべであったメガザラック。ガルバトロンに粗暴に扱われながらも耐え忍び続けるメガザラックの真意は……。
たび重なる地球へのデストロン来襲に備えるため、ジョーンズ博士は、各シティにエネルゴンタワーを建造、そのパワーにより地球上に強力なバリア、エネルゴングリッドを張ることを提唱する。敵の襲撃を完全に跳ね返すことができるグリッドの発動に向けて、急ピッチの建造作業を進める中、新たなる剣、メガスパークブレードを携えたガルバトロンが、手下を従えまたもや地球に襲いかかる！
グリッドの完成に必要なエネルゴンを採掘するため、キッカーはブリザードシティへと向かった。漆黒の闇に満たされた地下の坑道。そこでキッカーは、幼少期に宇宙で経験した恐ろしい記憶がフィードバックしていた。一方メガザラックは、アルファＱの密命を受け、ガルバトロンの目を盗み、ひとりマーズシティでエネルゴンを採掘しようとしていた。その時、謎のトランスフォーマーが現われ……。
古代遺跡のただ中に位置するジャングルシティに、突如、新しい種類のテラーコンが襲いかかる。それは、デストロンにテラーコンを奪われたアルファＱが造りだした、新種のテラーコンによる隠密部隊だった。新たな敵の攻撃に加え、やがてデストロンも来襲。シティを死守するサイバトロンとの三つどもえの状況となる中、劣勢を強いられるグランドコンボイのとった行動は……。
エネルゴンタワー建造により、さらなるパワーアップを目指すサイバトロンたち。あせるガルバトロンは、エネルゴンのありかを見つけるキッカーの存在を知る。一方キッカーは、廃虚と化したルナシティにエネルゴンのにおいを感じ取り、探索を開始していた。するとそこに、キッカーを生け捕ろうとするデストロンの罠が。敵に囲まれるピンチのキッカーを救ったのは……。
再生途上のユニクロンの機械細胞から生みだされる、巨大な疑似彗星。ガルバトロンは、一気に３つの彗星を地球にぶつけ、丸ごと破壊する作戦を開始した。迫り来る彗星を前にしたサイバトロンと地球側は、完成かなったエネルゴングリッドを発動することで星を守るべく、エネルゴンタワーにエネルゴンを充填し始める。が、要となるタワーのひとつが思うように作動せず……。
たび重なる地球へのデストロン来襲に備えるため、ジョーンズ博士は、各シティにエネルゴンタワーを建造、そのパワーにより地球上に強力なバリア、エネルゴングリッドを張ることを提唱する。敵の襲撃を完全に跳ね返すことができるグリッドの発動に向けて、急ピッチの建造作業を進める中、新たなる剣、メガスパークブレードを携えたガルバトロンが、手下を従えまたもや地球に襲いかかる！
アルファＱはどこにいる？ やっきになったガルバトロンは、はりつけにしたメガザラックを疑似彗星に乗せ、地球のエネルゴングリッドに突入させる。忠実な部下であったメガザラックを、アルファＱは見殺しにしないはずだ。エネルゴンの凄まじい破壊力に絶命寸前のメガザラック。そこに間一髪で救援に駆けつけたのはロディマスコンボイたちだった。作戦を邪魔されたガルバトロンたちは……。
ユニクロンをめざし、宇宙を航行するミランダII世号。その途上、キッカーが新たなエネルゴンの存在を感知し、降り立ったのは氷の惑星だった。地球から遠く離れた未知なる場所。不安にさいなまれたキッカーは、思うように探索を進めることができない。そこにデストロンが急襲、サイバトロンは大ピンチに。が、突如新たなテラーコンが大量に姿をあらわした！
ついに、グランドコンボイとロディマスコンボイの両雄が出会う。あくまでユニクロンの破壊を主張するグランドコンボイに対して、ロディマスは、新たなる生命を産み出す力を持つユニクロンは真の敵ではないと説得する。二人の考えは平行線をたどるままに決裂。ふたたびアルファＱのもとへ飛び立とうとしているロディマスシップを見つめていたロードバスターは……。
ついにユニクロンへとたどり着いたサイバトロンの戦士たち。復活間近のユニクロンは、ガルバトロンの意志に突き動かされながら、ミランダII世号へ襲いかかる。一方、ロディマスコンボイとともにアルファＱのもとへと向かったロードバスターは、アルファＱの手ひどい出迎えを受け、絶体絶命のピンチに。無二の相棒の危機に気付いたキッカーは、単身アルファＱのもとへと向かうが……。
ユニクロンの再生を知り、セイバートロン星の地下に潜伏していたデストロン軍が一斉に立ち上がる。そんな中、混乱状態のすきを突き、地下奥深くの監獄に幽閉されていた凶暴なトランスフォーマーが脱獄。ガルバトロンのもとへ向かう。一方ユニクロン内部に潜入したキッカーは、ついにアルファＱと出会う。いくつもの顔をもつ生命体アルファＱ。その正体と、エネルゴンを奪おうとする真の目的が今、明らかにされる！
勇気を振り絞り、共に戦うことを訴えるキッカーに心を開いたアルファＱは、ユニクロンの頭部を動かし、ミランダII世号のもとへと向かう。狙うはガルバトロンのいる、もうひとつのユニクロン。大いなる援軍を目の前にしたグランドコンボイはしかし、あくまでユニクロンは破壊するべき存在だと主張。ユニクロンを利用するべきだと考えるロディマスコンボイの説得を聞き入れようとしない……。
アルファＱの居るユニクロン頭部と、ガルバトロンが住まうユニクロン胴体部。ふたつのユニクロンが制御不能の暴走を始めた。すべての存在を破壊しようと攻撃をするユニクロン。エネルゴンをしばらく補給していなかったせいで、まるで腹を空かせた赤子のようにその本能を爆発させているのだ。窮地におちいったサイバトロンたちは……。
暴走がやまないガルバトロンのユニクロン。そこでガルバトロンは、エネルゴンが多く眠るセイバートロン星を丸ごとユニクロンに喰らわそうと思い立つ。グランドコンボイ達は、エネルゴングリッドの力でユニクロンを退けようとするが、レーザーウェーブ率いるデストロンの精鋭部隊が、エネルゴンタワーを破壊しようと立ちはだかる。一方アルファＱは、底知れぬ力を持つユニクロンに恐れをなし、動こうとしない……。
エネルゴングリッドにできた穴から、大量のテラーコンがセイバートロン星内のエネルゴンに向かって襲いかかる。必死で撃退するサイバトロン。が、あまりの大軍にたちうちできない。徐々に元の体を取り戻し始めるガルバトロンのユニクロン。こうなれば、ユニクロンの体内に侵入し、ガルバトロンを倒すしかない。すべてのサイバトロンとアルファＱ達が一丸となり、ガルバトロンのユニクロンに立ち向かおうとするその時、キッカーは……。
勇気を振り絞り、共に戦うことを訴えるキッカーに心を開いたアルファＱは、ユニクロンの頭部を動かし、ミランダII世号のもとへと向かう。狙うはガルバトロンのいる、もうひとつのユニクロン。大いなる援軍を目の前にしたグランドコンボイはしかし、あくまでユニクロンは破壊するべき存在だと主張。ユニクロンを利用するべきだと考えるロディマスコンボイの説得を聞き入れようとしない……。
地球から送られた大量のエネルゴンの力により、赤く光り輝くアルファＱのユニクロン。そこから、これまでユニクロンに飲み込まれていた多くの星達のスパークが解放され始めた。と同時に、徐々にその姿を失っていくユニクロン。怒りに震えるガルバトロンは、エネルゴン同士をぶつけ合い大爆発を起こすことで、全てを破壊しようとし始めた！
アルファＱやグランドコンボイたちを追い、キッカーたちの乗るミランダII世号は宇宙の裂け目に飛び込んでいった。一方、地球のジョーンズ博士とミランダ、サリーは、音信不通となったキッカーたちを心配し、手がかりを探していたが……。
ブラックホールを抜け出た先は、太陽のようなエネルゴンの塊を中心として、アルファＱの開放した星々が点在する新しい宇宙だった。すぐに行方不明となったホットショットらを捜索しはじめるコンボイたち。すると、後続隊のキッカー、ロードバスターから通信が入った。星々のひとつ、アイアンプラネットで合流するが、この星を支配しようとしているレーザーウェーブがあらわれ……。
地球にそっくりの星に成長するジャングルプラネット。コンボイたちは、緑豊かなこの星にベースを構え、つかの間の休息を得ていた。一方、アイアンプラネットで捕らえたレーザーウェーブを、ひとり監視しているインフェルノのもとに、ガルバトロンたちが襲来。ピンチに気づいたコンボイたちが急いで救援にかけつけるが、ガルバトロンたちが立ちはだかり……。
デストロンマークを身体に刻み込まれたインフェルノ。かれが知らず知らずに出して いたデストロン信号により、ジャングルプラネットの存在を察知したガルバトロンたちがサイバトロンのもとへ襲いかかる。すさまじい戦闘によりたちまち火に包まれるジャングルプラネット。そして、デストロンマークの引力に取り込まれそうになるインフェルノは……。
アイアンプラネットは、メガザラックにエネルゴンを奪われ、死滅してしまった。これ以上星たちを犠牲にするわけにはいかない。そのためにはエネルゴングリッドを張り、敵の襲撃を防ぐ必要がある。ホットショット、ロディマス、スプラングたちは、エネルゴンタワーを持ち帰るため、セイバートロン星へと向かうが、デストロンの偵察部隊にあとをつけられ……。
ロックプラネット、ブリザードプラネット、オーシャンプラネット。新たに育つ３つの星に武装シティを投下し、エネルゴングリッドを張ることでデストロンの攻撃から星々を守ろうとするコンボイたち。しかし、設置寸前でガルバトロンたちが猛攻撃を仕掛けてきた。必死で応戦するサイバトロン。しかし、オーシャンプラネットのシティがやられてしまう。その時インフェルノがとった行動は……。
エネルゴングリッドは完成したものの、ガルバトロンたちは、グリッドの外にある星からエネルゴンを奪い始めた。デストロンマークを深く刻印されたメガザラックが、新たな星のひとつ、デザートプラネットに降り立つ。そこは、アルファＱとメガザラックがかつて住んでいた故郷にそっくりの星だった。メガザラックの記憶を呼び覚まし、ふたたび共に生きることを願うアルファＱ。しかしメガザラックは……。
メガザラックに勝つためにはまだまだ強さが足りないと、自らのふがいなさを思い悩むロードバスター。それを見ていたホットショットが、ロードバスターをサーキットプラネットへと連れ出した。そこは星がサーキットで覆われた、レースを行なうのにうってつけの星。そこで、サイバトロンのメンバー総出で勝負が始まった。が、肝心のロードバスターがなかなか相手を追い抜くことができない。その姿を見て、業を煮やしたキッカーは……。
セイバートロン星との交信を妨げていた暗黒物質が消滅した。ガルバトロンのユニクロンがそのすべてを吸収してしまったのだ。それは、ユニクロンの復活が近いことを意味していた。アルファＱとサイバトロンが危機感を募らせる中、セイバートロン星から強力な援軍がやってきた。その名はオメガスプリーム。伝説の戦士の登場により、果たしてユニクロン復活を食い止めることができるのか……。
再生したユニクロン胴体部が、頭部も手に入れることで完全復活を遂げようと、アルファＱの太陽に向かってくる。グランドコンボイたちはエネルゴングリッドを周囲に張り巡らせ抵抗を試みるが、ユニクロンの巨大な力には歯が立たず、強引に突破されてしまう。それでも必死で食い止めようとするサイバトロンの総力攻撃の下、オメガスプリームが真価を発揮。不思議な力で敵の攻撃を退ける。一方、ピンチのアルファＱは、キッカーを新たな星プレーンプラネットへと誘った。そこは……。
頭部を獲得し、完全復活を遂げたユニクロン。しかし現在はその全エネルギーを傷の修復作業に注いでいるため、動きが止まっている。この機に乗じ、オメガコンボイはユニクロンの体内へ突入。内部でユニクロンと接続しているガルバトロンを打倒しに向かう。色めきだったガルバトロンが、ライバルを迎え撃とうと立ち上がったその瞬間、レーザーウェーブがユニクロンを乗っ取ってしまう……。
覚醒したユニクロンが、すべてを食い尽くそうと暴走を始めた。星に襲いかかり、サイバトロン、そしてデストロンの戦士たちまでも食い尽くそうとするユニクロン。それは、この恐ろしい力を操ろうとしていたガルバトロンが、ユニクロンの細胞に犯され、取り込まれてしまったことを意味していた。全力で立ち向かうサイバトロンだったが、その暴走は激しさを増していく。その時、セイバートロン星のプライマスが動き始めた……。
セイバートロン星から放たれた光が、オメガコンボイたちを包み込む。巨大化したオメガコンボイと、新たなボディとなったサイバトロン戦士たちが、総力を挙げてユニクロンに立ち向かう。コンボイ、キッカー、そしてすべてのサイバトロン戦士の心がひとつになった時、もはやユニクロンとの間に力の差はない。熾烈を極める戦いの先に待つものは……。
ユニクロンは消滅した。サイバトロンたちに、戦闘終結の安堵感がひろがる中、突如、セイバートロン星にデストロン反応がキャッチされた。あらわれたのは、ユニクロンとともに消え去ったはずのガルバトロン。コンボイたちがアルファＱの宇宙に留まっている隙に、セイバートロン星が奇襲をうけてしまったのだ。急いで救出に向かうキッカーたちだったが、手薄のセイバートロン星はデストロンにみるみる占領され……。
長い眠りから覚醒した、いにしえのトランスフォーマー、スペリオン、ブルーティカス、ビルドロン。ビルドロン、ブルーティカスは、スーパーエネルゴンを浴びて更なるパワーアップを遂げたガルバトロンとともに地上へ飛びだし、セイバートロン星の完全征服に乗り出す。一方、胸にサイバトロンマークを抱いたスペリオンは……。
デストロンのエネルゴンガスに覆われてしまったセイバートロン星。それは、星全体がデストロンの占領下に入ったことを意味していた。大気圏上のミランダII世号にあって身動きがとれないコンボイたちは、エネルゴンの影響を受けないキッカーとオムニコンに、工作部隊として星内に潜入する作戦をたてる。一方コントロールルームを占拠したガルバトロンたちは、シックスショットの入れ知恵により、セイバートロン星全体を移動させ始めた。その向かう先にあるものは……。
決死の突入劇の末、セイバートロン星の地上へと降り立ったキッカーとオムニコンたちは、休む間もなくコンボイたちを星内へ迎え入れる作戦を開始する。サイバトロンの突入を拒むデストロン色のエネルゴンガス。それを各グリッドに送り込んでいるパイプラインを分断し、ガスの拡散を阻止しようというのだ。多くのオムニコンが力をあわせ、作業を進めるなか、デストロンがキッカーたちの侵入をかぎつけ……。
セイバートロン星突入に成功したグランドコンボイたちは、地下に潜伏していたウイングセイバー率いるサイバトロンの残兵たちと合流。すぐさまセイバートロン星の奪回作戦を決行する。目指すはいまやデストロンの本拠地となった中央都市。星の中枢を奪い返し、キッカーの家族たちを救出しなければならない。サイバトロンは3組に分かれ、敵の目をあざむきながら中央都市へ向かおうとするが……。
3チームに分かれて展開するサイバトロンのセイバートロン星奪回作戦は功を奏し、トレイン型のオメガフォートレスに乗り込んだキッカーたちは快調に地下道を走り、中央都市へと近づいていく。が、地上で敵をおびき寄せるコンボイたちは、ガルバトロン率いるデストロンの猛攻撃にさらされ、ピンチに。コンボイの身を案じるキッカーは、オメガスプリームに援軍に向かうよう頼み込み……。
キッカーは中央都市にたどり着き、家族と再会。別動部隊のコンボイたちもキッカー達と合流するため中央都市へと向かっていた。しかしそのころ、地下神殿でエネルゴンのデストロン仕様への変換を行なっていたクロムホーンが、スーパーエネルゴンの力で巨大化。地上へと飛びだし大暴れを始めてしまった。クロムホーンを制止し、地下神殿へ戻るよう説得するメガザラックだったが……。
移動を続けるセイバートロン星は、ついにワープゲートを抜けて、アルファＱの宇宙へとたどり着いてしまった。このままでは、プレーンプラネットに衝突し、宇宙全体が消滅してしまう。星の動きを止めたいコンボイたちは、中央都市の司令室へと向かい、奪還を試みるが、シックスショットの策によりデストロン色のエネルゴンガスが爆発を起こし、近づくことができない。サイバトロンたちに残された道は……。
さまざまな思惑が入り乱れ、バラバラな行動をとりはじめるデストロン軍。占拠していたはずの司令室もがら空きになってしまう。その隙にひとり潜入し、指揮系統を奪い返したのはなんとサリー。デストロンを締め出し、宇宙港にスペースゲートを開通、形勢は一気にサイバトロン優位となる。一方、単独で地下のエネルゴン神殿へと向かったガルバトロンは、再びスーパーエネルゴンを目の前にし……。
