最強の殺し屋がいた、その名も坂本太郎――。全ての悪党が恐れる凄腕の殺し屋だった坂本は、ある日コンビニで働く女性、葵に一目惚れをしてあっさり殺し屋を引退。結婚、娘の誕生を経て、のどかな町で個人商店を営む坂本は、かつての面影が無いほど太っていた……‼そこへ、昔の後輩シンが現れ、また殺し屋に戻って欲しいと頼まれるが……。愛する家族を守る為、元殺し屋・坂本の伝説バトルが、遂に動き出す‼
かつて伝説の殺し屋だった男、坂本太郎。彼を暗殺する為、組織から送られたエスパーのシンは、今の坂本が命懸けで守っている家族の温かさに触れ、殺し屋を引退。坂本に誘われ、坂本商店で働く事に。そんなある日、買い出しで繁華街にやって来た坂本とシンは、男たちに追われている少女、ルー・シャオタンに出会う。マフィアの娘らしきその少女は、双子の殺し屋ソンヒとバチョウから命を狙われていた!!
双子の殺し屋ソンヒとバチョウを倒し、ルーの大切な家宝を守った坂本とシン。坂本商店で働くことになったルーが、シンと喧嘩をしていると、坂本の殺し屋時代の同期・南雲が現れた。坂本に10億もの懸賞金がかけられたことを報告する南雲。突如、殺し屋たちから命を狙われる立場となった坂本は、最悪のタイミングで家族と遊園地へ行く事になり……。
殺し屋時代の同期・南雲から、自分に10億もの懸賞金がかけられたことを聞いた坂本。懸賞金狙いの殺し屋たちが次々と現れる中、坂本は遊園地での平和な休日を守り抜こうとする。その最中、厄介な毒使いの殺し屋を倒したシンは、殺し屋会社「どんでん会」が裏で関わっていることを知る。葵と娘の花のリクエストでお化け屋敷に入った坂本たちは、どんでん会の超・武闘派コンビ、ボイルと黒帯に襲撃される!!
遊園地のお化け屋敷で、どんでん会の殺し屋・ボイルと帯黒に襲撃された坂本たち。ボイルとの戦闘の中で殺し屋時代の記憶が蘇った坂本は、愛する家族を守る為、本気モードでボイルとの一騎打ちに挑む！一方、シンとルーも、ボイルの相方・帯黒との戦いに苦戦を強いられる。そんな中、南雲たち殺連直属の特務部隊“ORDER”は、最近殺し屋界隈で起きている、ある事件の調査に動き出していた。
懸賞金の依頼元を探るべく、どんでん会に侵入した坂本たち。しかし、どんでん会は既に謎の人物“✕（スラー）”の手によって壊滅状態だった。殺連直属の特務部隊ORDERも動き出す異常事態に、坂本も危機感を覚える。そんな中、賞金100万円を狙い、商店街主催のサバゲ―大会に出場する坂本とシン。ド天然な新手のスナイパー・眞霜平助とチームを組むことになるが……。
坂本と葵が一人娘、花の参観日に出掛けている間、店番を任されたシンとルー。サバゲ―大会で仲間になった平助が遊びに来る中、シンとルーは些細な事から喧嘩になり、シンは店を出て行ってしまう。シンとの喧嘩を少し反省しつつ、一人で店番をしていたルーは、突如現れた怪しい集団に連れ去られてしまう！店に戻った坂本とシンは、ルーを乗せた車を追いかけるが、姿を透明にする殺し屋・勢羽が立ち塞がる！
シンと間違われ誘拐されてしまったルーを助ける為、極秘研究施設・通称「LABO」に潜入した坂本とシン。しかし、LABOは鹿島率いる殺し屋集団に占拠されており、各所にいる超常的な力を持つ殺し屋たちが坂本に襲い掛かる。 その頃、地下牢に監禁されたルーは、そこで幼少期のシンを知る人物、朝倉と出会う。一方、今回の件に“X（スラー）”の影を察知したORDERの神々廻と大佛も、ラボの調査に乗り出していた。
坂本とはぐれてしまったシンは、LABOの地下で鹿島の部下・勢羽と対戦。透明になれる勢羽との戦いに苦戦するシンだが、凄腕スナイパーの平助が駆けつけ、共闘で立ち向かう。一方、坂本は先を急ぐ神々廻と大佛に代わり、LABO占拠のボスである鹿島と戦っていた。崩壊が始まったLABOの中、ほぼ不死身状態の全身武器人間・鹿島を相手に、坂本の本気モードのバトルが炸裂する!!
鹿島率いる殺し屋集団を倒し、無事ルーを救い出した坂本たち。シンもかつて一緒に過ごした朝倉やLABOのメンバーと再会し、成長した姿を見せる事ができた。LABO戦を終え、戦いの疲れを癒したい坂本たちは、家族みんなで近所のスーパー銭湯へ行くことに。しかし、そこは体を癒すにはあまりにも危険過ぎる場所だった……！そんな中、平和な日常を過ごす坂本たちの前に、突如、ルーをお嬢と呼ぶ謎の男が現れる！
