源モモは空崎市に住む平凡な女子高生。ある日、事件に巻き込まれた彼女はツキカゲの存在を知る。ツキカゲは平和を守るために裏で活動している私設情報機関……いわゆるスパイだった。そこには憧れの存在である先輩・半蔵門雪の姿も――。
モモのエージェントとしての訓練がはじまった。スパイの鉄則を教える雪。ツキカゲの面子も様々な態度でモモに接する――。
いよいよモモの初任務。コードネーム「百地」を与えられ張り切るモモだが、ツキカゲの敵である犯罪組織・モウリョウの手も伸びてきており――。
ツキカゲの「千代女」こと八千代メイと「風魔」こと相模楓は時おり喧嘩もするが、ルームシェアをして一緒に暮らしている仲良し師弟。新たなミッションで事件が起こる――。
犯罪組織モウリョウの根城・九天サイエンス本社ビルに侵入を試みるツキカゲ。モウリョウもまた、ツキカゲに対して秘密の動きを見せていく――。
ツキカゲの情報がモウリョウに一部露見してしまった。モウリョウは非情な手段でツキカゲを狙う。ある人物と人物が接触することに――。
ツキカゲ、モウリョウ。絡み合う彼女達の感情は臨界点に達し、やがて――。
沖縄にモウリョウの手がかりを見つけたツキカゲメンバーは、一部を沖縄に送り込む。現地で水着を身につけたりして捜査するツキカゲ。しかしその地では陰謀が渦巻いており――。
ツキカゲとは何か、その系譜――。
ツキカゲ対モウリョウの激突――。
スパイスを解き放て――。
各々が迎える、それぞれの結末――。
