Ayato und Hiroko werden nach ihrer Flucht von Tokyo Jupiter von den Mu, Terra und der Bähbem Foundation gejagt. Frei von den Einflüssen von Tokyo macht Asahina eine erschreckende Entdeckung. (Text: Animax)
While on the run from the authorities, Ayato and Asahina grow closer as they start a life together and try to blend into the rest of society. Free of Tokyo Jupiter effects, though, Asahina soon discovers something about herself that frightens her. Fearing that Ayato would leave her if he knew her secret, she decides to keep the news to herself.
Le Vermillon émerge de Tôkyô-Jupiter lorsqu'on le prévient que RahXephon a disparu. En effet, Ayato est parti le cacher dans un barrage, sous l'eau. Hiroko apprend alors la vérité sur le monde réel, son étendue, son temps. Tout ceci a tendance à lui faire douter de sa propre existence... En vendant quelques breloques, le jeune homme arrive à gagner un peu d'argent pour poursuivre leur cavale. L'adolescente le sait bien, il fuit quelqu'un qui le cherche. Mais elle, personne ne la cherche... Dans un cinéma, Hiroko fait un effroyable cauchemar où une créature au sang bleu lui parle, et révèle un visage en enlevant son masque... Le sien.
撃たれた浩子を連れてTOKYO JUPITERから脱出した綾人。ラーゼフォンを湖底に隠した綾人は、浩子と2人で逃避の旅に出る。自分の青い血に怯え、綾人にすがりつく浩子。とある街のホテルに潜伏した綾人は、浩子との生活のため肉体労働で金を稼ぐ日々を送る。だが、その足取りは弐神に追われていた。
Mientras huyen de las autoridades, Ayato y Asahina se acercan más a medida que comienzan una vida juntos y tratan de mezclarse con el resto de la sociedad. Sin embargo, libre de los efectos de Tokio Júpiter, Asahina pronto descubre algo sobre sí misma que la asusta. Temiendo que Ayato la deje si supiera su secreto, decide guardarse la noticia para sí misma.