Ayato erfährt, dass seine Mutter und seine Freunde ihn sein ganzes Leben lang angelogen haben. Die einzige Person die er noch vertrauen kann ist Hiroko. Gemeinsam planen sie, die Stadt zu verlassen. (Text: Animax)
All that Ayato has known about his life proves to be a lie: his mother is not who he thought she was, his old friends are spies and Tokyo Jupiter is infested with Mu. The only person he can trust is his old school friend, Hiroko Asahina. Together they decide to escape the city for the real world
Elvy et Haruka se trouvent devant une école primaire vide, la nuit. C'est là que cette dernière a connu Ayato, et qu'elle en est tombée amoureuse. Mais elle n'est plus que la femme qui a 12 ans de plus que lui... Le cri d'effroi d'Ayato résonne dans la nuit, il tombe à la renverse à travers la porte de verre de la salle d'eau, en panique. RahXephon réagit. Maya Kamina s'approche alors de son fils et le drogue, tout en le rassurant, lui disant qu'elle l'a élevé et l'aime comme son fils. Dans le ciel de Tôkyô, le titan ailé vole à la recherche de son intrumentiste, et bien qu'il soit attaqué par les Metronome en patrouille, les Tôkyôïtes n'y prêtent aucune attention.
TOKYO JUPITER内に潜入した遙とエルフィは、神名家を監視する。母・麻弥と再会した綾人は身体に変調を起こし、呼応するようにラーゼフォンが街で暴れ始める。綾人にムーリアンたちの正体を告げようとする麻弥。その時、バーベム島の黒い卵が東京の病院に横たわる久遠の歌声に呼ばれ、量子分解を始めた。
Todo lo que Ayato ha sabido sobre su vida resulta ser una mentira: su madre no es quien él pensaba que era, sus viejos amigos son espías y Tokio Júpiter está infestado de Mu. La única persona en la que puede confiar es su antigua amiga de la escuela, Hiroko Asahina. Juntos deciden escapar de la ciudad por el mundo real.