命からがら浅井(河相我聞)の城を逃れたケン(玉森裕太)は、先に逃げていた楓(芦名星)と合流する。しかし、油断した二人は野盗に襲撃され、楓は足を負傷。ケンは、そんな楓を体を張って守る。その後、信長(及川光博)の元に戻ったケンは、浅井軍を一掃するべく、イノシシの焼き肉を作ることに。
信長(及川光博)に盾突く三好党が不穏な動きをしていることから、光秀(稲垣吾郎)は将軍・義昭(正名僕蔵)の動きをけん制。信長の敵をこれ以上作らないために奔走する。その後、三好党討伐に向かった信長らは本能寺で休憩を取る。そこで、ケン(玉森裕太)は、光秀の労をねぎらうための料理を作る。
ついにケン(玉森裕太)は謎の女性・瑤子(香椎由宇)と再会。しかし、喜んだのもつかの間、比叡山延暦寺の僧兵に取り囲まれる。浅井・浅倉軍ばかりか、比叡山からの刺客も現れるという危機を知らせるため、可成(宇梶剛士)は信長(及川光博)へ使者を派遣。ところが、ことごとく使者が襲撃されてしまう。
戦を終わらせるため、信長(及川光博)は義昭(正名僕蔵)に料理での”御前試合”を提案。ケン(玉森裕太)は相手の料理番・瑤子(香椎由宇)と戦うことに不安を覚える。それを信長に指摘され、「命を懸けて戦え」と叱責される。そんな中、ケンは光秀(稲垣吾郎)から、平成に戻れる可能性があると聞き戸惑う。
戦国時代に迷い込んだシェフ・ケン(玉森裕太)の活躍を描く第2弾。織田信長(及川光博)の命を受けて朝倉陣内に潜り込んだケンと夏(志田未来)は、越前の郷土料理を振る舞う。料理を食べた兵には里心がつき、士気を下げることに成功。しかし、ケンは策略を知った朝倉軍の兵に追われ、命を狙われる。
信長(及川光博)による比叡山焼き打ちの命令に、家臣たちは動揺し足並みが乱れる。一方、信長の命令に納得できないケン(玉森裕太)は不満を口にしてしまい、信長を激怒させてしまう。そんな中、ケンは信長の真意を料理で確かめようと、濃姫(斉藤由貴)の思い出話をヒントにひらめいた料理を振る舞う。
信長(及川光博)が比叡山を焼き打ちしたことで、武田信玄(高嶋政伸)が動きを見せる。久秀(笹野高史)からケン(玉森裕太)の存在を聞いた信玄は、部下の秋山(風間トオル)にケンを殺すよう命令。その後、ケンと夏(志田未来)が、武田の領地に連れ去られてしまう。しかし、秋山の名を聞いた信長はケンの無事を確信する。
信玄(高嶋政伸)の元に捕らわれているケン(玉森裕太)の前に、楓(芦名星)が現れる。信玄を暗殺し、その隙に逃げ出せという指令にケンは困惑。そんな中、信玄がついに上洛を決意する。病を患う信玄のための料理を作ってきたケンは、自分が腕を振るうほど信長(及川光博)を苦しめると考え葛藤する。
信玄(高嶋政伸)は、信長(及川光博)との戦を決断し、上洛を前にうたげを開く。一方、信玄を止めたいケン(玉森裕太)は、信長から届いた愛用の包丁を見て自分の武器で戦うことを決める。宴席で「登竜門」の故事をモチーフに料理を作ったケンは、信長は信玄以上の器だと言い切り、信長への忠誠を誓う。
ケン(玉森裕太)は信長(及川光博)の命令で信玄(高嶋政伸)と戦う家康(カンニング竹山)の元へ。家康の籠城戦に向けて準備を進める。織田の援軍を受け、一度は籠城を決めた家康だったが、信玄の策略に乗って城から討って出る。
ケン(玉森裕太)は信長(及川光博)の命を受け、将軍・義昭(正名僕蔵)に料理を振る舞う。しかし、料理の食材を知った義昭は激怒。信長から食材の指定を受けていたケンは、義昭を怒らせるための策略だったことに気付く。怒りから信長と開戦した義昭を助けるため、ケンは義昭の元を訪れる。
信長(及川光博)は、敵対を続ける浅井長政(河相我聞)の討伐を決意する。信長に、攻撃までの猶予をもらったケン(玉森裕太)は、長政の妻・お市(星野真里)を助けるため、浅井の居城・小谷城へ。お市の手を借り、長政に降伏を迫るが失敗。信長は織田の本陣に戻ったケンに、小谷城攻撃を告げる。