Einige OZ-Elitesoldaten, die treu zu Treize stehen, versuchen ihn aus der Gefangenschaft zu befreien. Doch die Romefeller Foundation hat eine neue Waffe, die Virgo Mobile Doll, mit denen sie versuchen will, Treize und die Gundam, die einen hohen Symbolwert für die Bevölkerung haben, zu vernichten. Sie starten die Operation Nova, einen Angriff auf die Erde, wo sich Treize gerade aufhält. Nachdem es Heero und Quatre nicht gelingt, den Wing Gundam Zero einzusetzen, lassen sie ihn im All zurück und fliegen allein zur Erde.
Treize is freed by OZ soldiers loyal to him, but the trouble is only beginning. Romefeller is out to eliminate the Gundams and Treize, since they are symbols of hipe. Operation NOVA commences, and all of the Earth is in danger.
La Fondation Romefeller exécute l’opération Nova. Des Mobile Dolls attaquent les soldats d’OZ qui restent fidèles à leur commandant en chef, la faction de Treize.
Heero e Quatre, appena tornati alla base lunare, vengono presi sotto custodia dalla fazione di OZ rimasta fedele a Treize e che sta anche proteggendo i cinque ingegneri; le forze però sono troppo impari e vengono presto costretti tutti alla resa. Trant, sottoposto di Turbarov, fa testare di nascosto a Heero il Gundam Zero, il quale aumenta enormemente le abilità reattive del pilota ma togliendone al contempo in parte la libertà di coscienza; può quindi facilmente condurre chi lo guida ad uno stato temporaneo di follia. Ma Heero, riuscendo a mantenere l'autocontrollo fugge seguito da Rarerba: la coppia abbandona la base semidistrutta e si dirige velocemente di nuovo verso la Terra.
トレーズを支持する一部の兵士たちが財団に反旗を翻した。OZを二分する内乱は地球と宇宙に広がっていく。その頃、ウイングゼロを回収した月面基地では戦闘データの調査が開始されたが…!?
Tras el confinamiento de Treize, la autodenominada "Facción de Treize" nace en OZ para oponerse a Romefeller. Los Mobile Dolls Virgo enviados a la Tierra poseen un tremendo poder de asalto. Romefeller ve a los Gundams y a sus aliados como un símbolo de oposición, y ordena la ejecución de Heero y Quatre.
为了获得地球的权利罗菲姆财团向地球发动了“诺巴行动”，以MD比尔哥为中心的机体向地球军和特列斯派的OZ部队发起了进攻，这一行为使得地球和宇宙的战争越发激烈，ZERO、卡托鲁和希罗被OZ俘获了，所幸在特列斯派的帮助下两人逃走了而ZERO则被用于机动木偶的新系统开发。 再次被捕捉的希罗被用于机动木偶新战斗程序的开发，但战斗中的ZERO发出了奇异的光芒，被零式系统迷惑的希罗在基地中发动了无差别攻击，OZ引以为豪的的MD在希罗面前显得极其弱小，与卡托尔战斗的希罗似乎看到了莉莉娜停止了战斗，救出希罗后卡托鲁启动了梅尔库斯的自爆系统他们的目标是莉莉娜所在的地球。 活下来的博士们看着在火海中依然毫发无损的ZERO在庆幸之余似乎在ZERO身上看到了未来的希望。
