銀河系政府の公的経済機関である「GTO」本局にある喫茶室。そこで働くウエイトレスのアスクールは、至急と「GTO」局長からの呼び出しを受ける。早速、駆け足で局長室に出向くアスクールだが、早合点してしまい・・・。
アスクールは大の「かぼちゃプリン」好き、である。好きで好きでたまらない彼女は、ひょんなことから「かぼちゃプリン」を手に入れるため、「GTO」本局にある喫茶室に忍び込むことになる。ところが「GTO」にはたくさんの罠が仕掛けられていて・・・。
アスクールには喫茶室で一緒に働いているク・フィーユというパートナーがいる。彼女は、いつもアスクールのガサツさに困り果てており、ついにそのガサツさへの怒りが頂点に達してしまう事件が勃発する！二人の関係にとうとうヒビが入って・・・。
局長のイヴェールに呼び出されたアスクールとク・フィーユの二人は、「特務」を命じられる。「特務」と言っても幼い女の子の面倒をみるという「特務」だった。最初は不承不承だった二人もいつの間にか女の子とも打ち解けて・・・。
アスクールたちは、イヴェール局長と秘書のゾマから、今ではもう使われていないGOTT本局ビルに「何か」出る、ということで、潜入することに。ところが、潜入後間もなくディアが行方不明になってしまい・・・。
局長室に大至急！と呼び出されるアスクールたち。行ってみると、イヴェールとゾマがなんだか怪しい雰囲気になっていた。局長室を後にする３人だったが、イヴェール局長とゾマの様子がおかしいと思ったアスクールは、ク・フィーユとディアを連れて再び局長室へと向かって・・・。
ESメンバーの中でもトップの実力を持つトリクシーとトロワジェインの特務に、アスクールたちが同行することになった。違法戦闘艦の密造が行われる要塞で、彼女たちはGソサエティのシャドウワーカー、トーチとシェイドに遭遇する。
GTOが創立25周年記念行事の準備に追われる、ちょうどその頃。Gソサエティの移動要塞エルデ・メテオールでは、総帥ガクトエルによる建国宣言が行われようとしていた。GTOを｢敵｣とする彼らの目的とは――!?
GTO創立25周年を祝う記念式典。その最中に突如、上空にGソサエティ総帥のガクトエルの姿が映し出された。敵特殊能力者シャドウワーカーも襲来する。立ち向かうESメンバー。しかし敵は彼らの能力を研究しつくしており……。
式典での事件を理由に、業務停止の処分を受けたGTO。戦いの傷痕は深く、ESメンバーも壊滅状態だった。初めて直面した仲間の死に、消沈するアスクールとク・フィーユ。2人を元気づけようと、ディアが奮闘する。
Gソサエティのリトゥーシャが、祖母の見舞いに病院を訪れた。シャドウワーカーに選ばれたことを喜ぶ祖母に対し、不満を打ち明けるリトゥーシャ。実はスパイを使って、ほかの2組の動向を探ってみたというのだが……。
25年前に起きた、銀河存亡にまつわる大事件。GOTTは全兵力を以て戦い、からくも勝利した。アスクールたち3人は、事件の場所｢時間の凍りついた空間｣を訪れる。そこで待つのは、意外な人物との出会いであった。
さらわれた元ノーブルズの令嬢たちを救出せよ!アスクール、ク・フィーユ、ディアが水着姿で潜入捜査!?アリサとベルまで現れて、ハイクラスなリゾート惑星をみんなでエンジョイしてしまう。特務の行方は……。
人知れずク・フィーユの身体に異変が――!!｢記憶力よし子ちゃん｣なはずの彼女に、記憶の欠損が生じていたのだ。過去の記憶を確かめようと彼女は、アスクールと初めて出逢った惑星ニエトスでの特務に想いをはせる。
今日で3日連続遅刻のアスクール。隣に住むク・フィーユは、呆れるばかりである。体育の授業はプール。学食での楽しい昼食。そして放課後は、演劇部の優しい先輩たちに見守られて、劇のお稽古。楽しい学園生活は続くが……。
Gソサエティを脱走したサフィルが、GTOに保護を求めてきた。その真偽を確かめるべく、アスクールたちは彼女の待つ惑星グラキエスへと向かった。はたして本当に、彼女はガクトエルを裏切ったのだろうか……。
Gソサエティに囚われたク・フィーユ。彼女の記憶は全て失われ、自分の名前すら思い出すことができない。唯一憶えているのは、｢アスクール｣という言葉だけ。そんな状態のク・フィーユにガクトエルは……。
ガクトエルの妹になったク・フィーユ。面白くないのはリトゥーシャである。そこでク・フィーユにあの手この手で悪戯を仕掛けるのだが……。一方アスクールは、アーカイブでク・フィーユの記録と対面していた。
GTO本局を襲う｢ガクトエルの妹姫｣ク・フィーユ。パートナーの変化にとまどいながらも彼女を傷つけまいと、アスクールは反撃することができない。このまま本当にク・フィーユは敵になってしまうのか!?
祖母の病院にてリトゥーシャは、ク・フィーユとガクトエルを巡って口論になってしまった。ガクトエルを兄と慕いパートナーだと信じて疑わないク・フィーユ。リトゥーシャはいらだちのあまり、真実を暴露してしまう。
エルデ・メテオールがワープを開始した。アスクールとディアは居住区に閉じこめられてしまう。ガクトエルの本当の目的は妹・アスクールを手に入れることなのだ…。
｢時間の凍りついた空間｣に辿り着いたエルデ・メテオール。ガクトエルは自分とアスクールの能力で｢空間｣に封印されたエネルギーを解放しようともくろむ。
銀河爆弾と化した惑星アズランティア。爆発を阻止するために、アスクールは兄・ガクトエルに挑む。そこでは伝説のESメンバー2人も、ずっと戦い続けていた。
銀河を滅ぼそうとするガクトエル。GTO本局がある惑星アイネイアースに、銀河爆弾が迫る。力を使い果たしたアスクールとク・フィーユに、勝機はあるのか――!?
