どこにでもいる普通の女子高生・宮下アキ、牛丸ミク、白銀レイカの3人。 彼女たちは不思議な招待状に呼び出されて「GIRLS」という組織を訪れる。 そこで待ち受けていたのはピグモンと名乗る女の子であった。
GIRLSの指導係・ピグモンから、自分たちが「怪獣娘」であることを知らされたアキたち。 変身のキーとなるデバイス「ソウルライザー」も支給されるが、そう簡単に変身できるはずもなく……。
怪獣娘へ変身できるようになったミクラス（ミク）、ウインダム（レイカ）。 アキは自分だけが変身できないことに焦りを覚えていた。そんな中、アキは最強の怪獣娘・ゼットンに出会う。
立派な怪獣娘になるため、見習いとしてGIRLSの仕事を手伝うことになったアギラ（アキ）たち。 しかし、初めての仕事は街角でのチラシ配りという激しく地味なものだった。
久しぶりの休日。アギラはミクラス、ウインダムに連れられて初めて原宿へ遊びに行くことに。 ところ変わっても大怪獣ファイトの話ばかりしているミクラスに近づく怪獣娘の姿があった。
アギラたちは、ピグモンから正規のGIRLS隊員になるためのテストがあることを知らされる。 怪獣娘としてどんな進路を選ぶのか。何を目標にするのか。3人はそれぞれに思いを巡らせる。
最近、街で頻発している火災騒ぎ。 どうやら暴走してしまった怪獣娘のしわざらしい。 これ以上被害が広がる前に暴走怪獣娘を保護しなければならない。 アギラたちは、初めての怪獣バトルに挑む！
初めての地方出張。行き先は大阪。 待ち構えるは、大怪獣ファイトの若手ナンバーワン選手にしてアイドル怪獣娘・ゴモラ。 果たして、アギラはゴモラの試練を乗り越えられるのか……！
エレキングの手伝いで札幌までやってきたアギラたち。 ウインダムは同好の士であるエレキングと「おまぴと」トークができるかも、と期待に胸を膨らませる。 しかし、予想外のハプニングが彼女を襲う。
古都・京都。 ゴモラと再会したアギラたちは、せっかくなので観光をすることに。 ふらりと訪れた清水寺で何やら騒いでいる二人組がいる。 それはレッドキングと、その弟子ザンドリアスだった。
いよいよGIRLSのテストが始まった。 筆記試験と面接でクタクタの3人。 最終試験の怪獣バトルが始まる直前、エレキングから緊急連絡が入った。 人類、そして怪獣娘の敵・シャドウが動き出す。
無数に出現する謎の敵・シャドウ。 先輩怪獣娘たちに負けじと活躍を見せるアギラ、ウインダム、ミクラス。 しかし、さらなる強敵シャドウ・ビーストが出現！3人は窮地に立たされてしまう。
怪獣娘としての自覚も芽生え、「GIRLS」の仕事にも慣れてきたアギラはあるイベントの警護に当たっていた。 しかし、そこでファンの一人がシャドウによって暴走してしまう事態に。 大混乱の会場に駆けつけたのはあの怪獣娘だった。
アギラとキングジョーのピンチに駆けつけたのはガッツ星人。 暴れるファンを取り押さえ、大きな被害も出さずに済んだが、 人の心に取り憑くシャドウの存在に不安が募る怪獣娘達であった。
カフェでスイーツを食べながらお互いのことを話すアギラとガッツ星人。 息の合ったコンビネーションでシャドウとの戦いにも勝利し、友情を深める二人だったが……。
普通の人間に取り憑くシャドウミストへの対策会議がGIRLS本部で行われ、 ピグモンが特訓を提案。厳しいカリキュラムが怪獣娘達に課せられる。
連日続く厳しい特訓。息抜きに街へと繰り出すアギラ、ウインダム、ゴモラの三人。 そこへ唐突に現れたシャドウ達。先輩ゴモラの活躍が火を吹くぞ！（なお、ゴモラは火を吹かない）
ザンドリアスの家を訪ねるレッドキングとウインダム。綺麗で若いザンドリアスのママに驚く二人。 シャドウの気配を察知したレッドキングだったが、ママが買い物に出かけてしまい、慌てて後を追うことに……！
ミクラスが何者かに襲われ入院した。ピグモンから襲撃した相手の正体を聞かされ、動揺するアギラ。 そんな彼女がひとり落ち込んでいるところにあらわれるゼットン。 二人はいつかのように言葉を交わすのであった。
怪獣娘の襲撃事件のせいでバンドのライブが中止になってしまい、 荒れるザンドリアスとノイズラー、そしてそれをなだめるウインダム。 気分転換に街に繰り出す三人だったか、そこでガッツ星人を見かける。
ミクラスを襲い、ガッツ星人と戦ったのはシャドウミストに取り憑かれたガッツ星人、シャドウガッツだった。 パワーアップしているシャドウガッツに、怪獣娘全員で立ち向かうことに。 大きな作戦を前にアギラは負傷しているガッツ星人の元を訪れる。
ガッツ星人の分身体であり、シャドウミストに侵されたシャドウガッツとの対決。 結成以来の大きな作戦に緊張感が高まるGIRLSの怪獣娘たち。そこにあらわれたのは……！？
シャドウガッツの強さに翻弄されるガッツ星人。 アギラの言葉に目を覚まし、仲間の怪獣娘と協力してシャドウガッツに立ち向かう！
今までにない厄災「シャドウジェネラル」。 圧倒的な力を持つシャドウビーストも現れ、絶体絶命の大ピンチのGIRLS。 アギラは、ガッツ星人は、怪獣娘達はこの窮地を乗り切れるのか。
