並みはずれた身体能力を持つ高校生・虎杖悠仁。祖父が死んだ夜に呪術高専一年の伏黒 恵と出会う。 彼は、虎杖の持つ“呪物”を回収しに来たというが、ちょうどその“呪物”は虎杖の先輩らによって封印が解かれていた。“呪物”が引き寄せた、呪いの化け物に襲われる先輩たち。そこに虎杖と伏黒が駆けつける。
見知らぬ部屋で目を覚ます虎杖は、目の前にいた呪術高専の教師・五条 悟から自分の“秘匿死刑”が決定したと告げられる。五条は、虎杖に二つの選択肢を示す。今すぐ死刑になるか、『両面宿儺の指』20本を探し出し、すべて取り込んだのちに死ぬか――。
３人目の一年生、釘崎野薔薇を迎えに行く虎杖と伏黒、五条。そのままとある廃ビルへ向かい、五条は虎杖と釘崎に、廃ビル内に潜む呪霊を祓ってくるよう課題を与える。ビル内、二手に分かれて呪霊を探し始める虎杖と釘崎は、子どもを人質にとる狡猾な呪霊と対峙する。
少年院で起きた緊急事態に、虎杖、伏黒、釘崎が派遣される。任務は、いずれ特級呪霊に成り得る呪胎とともに取り残された生存者の確認と救出。乗り込んだ虎杖たちは、無慈悲な現実に直面する。直後釘崎の姿が消え、残された虎杖と伏黒の隣には、特級呪霊の姿があった。
少年院の外に退避した伏黒は、特級呪霊の死に気付く。次の瞬間、横に両面宿儺が現れ、虎杖の体から心臓を抜き取り、人質にする。このままでは虎杖の意識が戻っても死んでしまうと戦い始める伏黒だったが、格の違いを痛感する。
虎杖の死に悔しさをかみしめる五条。仲間の死に沈み込む伏黒・野薔薇は強くなるために2年生達と特訓を始める。一方、夏油達も動き出す。そんな中、死んだはずの虎杖は――。
移動中だった五条は、特級呪霊・漏瑚の奇襲を受ける。攻撃を重ねても決して当たらない――漏瑚は、すぐに五条の強さを目の当たりにする。一瞬で高専に戻り、修行中の虎杖まで連れてくる余裕の五条に、漏瑚は怒りを爆発させ、ある手段に出るが、対して五条は――。
交流会に向けた特訓の合間。釘崎と伏黒の前に、呪術高専京都校の禪院真依と東堂が現れ、二人にケンカを吹っ掛ける。伏黒を腕っぷしで押していく東堂。一方、真依の言葉に嫌悪を抱き、釘崎は真依を挑発するが――。
高校をサボり映画館に来た吉野順平は、自分をいじめていた同級生が顔を変形させられ、死んでいるところを目撃する。“犯人”を追い、声をかける吉野。その後、事件現場の映画館に乗り込んだ虎杖と脱サラ一級呪術師の七海建人は、２体の呪霊に遭遇する。
吉野の調査を任された虎杖は、補助監督の伊地知に作戦を聞く。低級の呪いに吉野を襲わせ、反応を確かめるというが作戦は失敗し、虎杖は吉野に直球で声をかける。結果的に嫌悪する担任教師を追い払ってくれた虎杖を見て、吉野は話を聞く気になる。一方、真人のアジトを突き止めた七海は地下水路で真人と相まみえるのだった。
真人に追い詰められた七海は呪力の制限を解除、十劃呪法『瓦落瓦落』で地下水路の壁を破壊し、がれきの雨を降らせる。一方、吉野と接触した虎杖は、映画の話で意気投合する。吉野の母とも会い、家に招かれるとさらに打ち解けるのだったが…。
真人に心酔していた吉野は、上手く利用され虎杖と戦うように仕向けられていた。復讐に走り暴走する吉野に対し、虎杖は拳を重ねながらも動機を聞き出し説得しようと図るが、吉野の口から残酷な事実を知ることになる。そんな二人のそばに真人が忍び寄り――。
間一髪で真人の一撃を防ぎ虎杖を救った七海。ここで確実に真人を祓うため虎杖と七海は息の合った攻撃を重ねる。真人は改造人間を使い虎杖を精神的にも追い詰めようとするが、虎杖はそれを乗り越える。畳み込まれる攻撃に追い込まれた真人は「死」を感じ――。
虎杖たちから逃れた真人は、夏油らと合流し、あるプランを進めようとする。一方、呪術高専では“京都姉妹校交流会”が行われようとしていた。伏黒と釘崎、二年の真希、棘、パンダが集合するが、そこに東堂ら京都校の面々も到着。早速一触即発な空気の中、さらに遅れて五条が駆けつけあるサプライズを行う――。
京都姉妹校交流会の団体戦が始まった。東京校のメンバーに、京都校の東堂が襲い掛かるが、足止め役を任されていた虎杖が相対する。東堂のパワーに圧倒される虎杖だが、突然東堂から女の趣味を尋ねられ――。
東堂は、虎杖の “逕庭拳”が特級には通じない技だと指摘する。助言を素直に受け取る虎杖に対し、東堂は全力で相手をし、導いていく。一方、京都校の西宮に、釘崎はケンカを吹っ掛ける。その横にいたパンダに、陰から攻撃を仕掛けるメカ丸。釘崎と西宮、パンダとメカ丸の戦いが始まる。
交流会団体戦は続く――。対峙する真希と三輪。三輪は真希の等級には表れない圧倒的強さに驚きを隠せない。同じ頃、箒で空中を飛び回る西宮を追う釘崎。真依の苦労、女性呪術師として生きていく意味を語る西宮をバッサリ切り捨て、一気に反撃に出る。そして姿が見えない真依は――。
各所で勝敗が見え始めた交流会1日目。伏黒は御三家の嫡男・加茂と対峙していた。自身の血を操る「赤血操術」を使う加茂に、伏黒は式神と体術で対抗する。同じ頃、狗巻は言霊の増幅・強制術式である「呪言」を生かして場を進めていく。その狗巻が突如感じた不穏な気配に振り返るとそこには――。想定外の事が起こり始める交流会。戦いの行方は――。
交流会に突如乱入し、襲い掛かる特級呪霊・花御。対峙する伏黒、狗巻、加茂は花御の攻撃を防ぎながら、帳の外に向かって走る。追い詰められる3人だったが、そこに真希が参戦し、伏黒との連携で攻め立てる。しかしそれでもなお、特級呪霊である花御の圧倒的な戦闘力を前に窮地に立たされてしまうが――。
花御との戦いに参戦した虎杖と東堂。虎杖が黒閃を決め、東堂との連携プレーで攻め立てていく中、さらに自身の術式を解禁する東堂。超親友(ブラザー)となった虎杖と共に、東堂はトリッキーな術式と（自称）IQ53万の脳内CPUを持つそのクレバーさで花御を翻弄していくが――。
圧倒的な強さで五条は花御を退けた。瀕死の花御と合流した真人は、特級呪物「両面宿儺の指」と「呪胎九相図1番～3番」を強奪。着実に10月31日に決行する五条悟封印の準備を進めていた。一方、高専サイドは真人らの目的を明らかにできない。被害を鑑み、そのまま交流会も中止、となりかけるが、何故か野球で決着をつけることに。姉妹交流会・2日目野球戦、プレイボール――。
呪霊により３人の男が似た状況で死亡する事件が発生。被害者たちは同じ中学校に在籍していたことが判明し、虎杖、伏黒、釘崎はその調査に派遣される。現地に着いてみると、その中学校は伏黒の母校であった。被害者らは地元の心霊スポット「八十八橋」の下で揃って倒れていたことがあったと聞く。さらに伏黒の姉・津美紀も事件に巻き込まれていたと分かり――。
八十八橋の呪いに加え特級呪物「呪胎九相図」の1体・血塗（けちず）と対峙する虎杖・伏黒・釘崎。八十八橋の呪いの結界内にいる伏黒たちだが、突如釘崎が腕を引かれ、結界外に消える。それを追い、出ていったもう一体の血塗と虎杖も外へ。残った伏黒は早々に八十八橋の呪いを片付けるが――衝撃の光景を目の前にする。一方、釘崎は「呪胎九相図」の1体・壊相（えそう）と対峙。そこに血塗（けちず）と、追ってきた虎杖も加わり――。
「呪胎九相図」兄弟の壊相・血塗に対する虎杖と釘崎だったが、壊相・血塗の血を浴びてしまい体内から腐食が始まる。窮地に立たされるも釘崎は自らに釘を刺し、「共鳴り」を発動。兄弟との我慢比べが始まる。虎杖も止まらず血塗を攻め立てていくが――。「両面宿儺の指」に端を発した今回の任務。果たして虎杖・釘崎・伏黒は無事高専へ帰還できるのか――。
自身の死刑を望む高校生・乙骨憂太。 幼少の頃、結婚の約束を交わした幼馴染・祈本里香を交通事故により目の前で失った彼は、 呪いと化した彼女に憑かれ苦しんでいた。 そんな中、「呪い」を祓う為に「呪い」を学ぶ学校“東京都立呪術高等専門学校”の教師であり、 最強の呪術師・五条悟が現れ、乙骨を呪術高専に転入させる。 呪いと化した里香によって周りの人々を傷つけてしまう日々を送っていた乙骨は、 「生きてていいという自信が欲しい――」 と、呪術高専で里香の呪いを解くことを決意。 同級生の禪院真希・狗巻 棘・パンダと共に呪術師として歩みだすのだった。
行方不明者が多発する曰くつきの洋館の調査に派遣された術師の歌姫と冥冥。洋館に潜入し、呪霊の結界術に気づいた二人は、結界を破るための行動に出るが、突如建物が崩れ始めてしまう。宙に放り出されたその瞬間、目の前に現れたのは―。2006年。最強の2人の、もう戻れない青い春が始まる。
天元との適合者である“星漿体”、その少女の「護衛」と「抹消」という任務を課された五条と夏油。“星漿体”・天内理子を狙うのは呪詛師集団『Q』、そして天元を崇拝する宗教団体、盤星教。ホテルでの急襲を退けた五条と夏油は天内の意向で、使用人の黒井と合流し、天内の学校へ向かうことに。そして、新たな刺客の存在が明らかになる―。
天内の懸賞金を狙う呪詛師たちを退けた五条と夏油、すると突如震えだす天内の携帯。そこには捕らえられた黒井の姿が。拉致犯が人質交換をもちかけてくることも考慮し、天内を高専へ連れ帰ろうとする五条。しかし、天内は自らも取引に行くと啖呵を切り、五条・夏油と共に取引の指定場所へ向かうことに―。
「帰ろう、理子ちゃん」夏油が天内に手を差し伸べたその刹那、最悪の事態が起きてしまう。呆然と立ち尽くす夏油の前に、伏黒甚爾が姿を現す。甚爾は夏油にこう告げる。「五条悟は俺が殺した」激昂した夏油は呪霊を召喚し、甚爾に畳みかけるが―。
『2007年8月』。五条は“最強”に成り、任務もすべて1人でこなすようになった。必然と夏油も1人になることが増えた。その夏は呪霊が頻出し、夏油は、ひたすら祓い、取り込む。誰のために？そしてある日、夏油の前にある人物が現れる。五条を“最強”の呪術師に、夏油を“最悪”の呪詛師に至らしめた在りし日の事件、その結末とは―！？
2018年。ある日の任務を終えた虎杖、伏黒、釘崎の3人。虎杖は映画に、釘崎は買い物に行こうとするが、そんな2人を横目に、「お前ら元気だな」と1人伊地知の車で帰路に着く伏黒。虎杖と別れ、買い物を終えた釘崎はある女性に話しかけられる。「さっき、虎杖くんと一緒にいませんでした？」唐突な質問に驚く釘崎、虎杖と面識があるらしいこの女性の正体は―。
動く肢体を得る為、呪霊側に通じていた京都校のメカ丸こと与 幸吉。交渉は決裂し真人との闘いを余儀なくされるが、与は密かに準備してきた巨大なメカ丸・究極メカ丸絶対形態（モード・アブソリュート）に乗り込み応戦する。全てを視てきた与はこれまでに縛られていた年月で得た呪力の全てをぶつける。果たして与は死地を脱し、五条に呪霊側の計画を伝えることができるのか―。
『2018年10月31日19:00』渋谷に『帳』が降ろされる。『帳』の中では一般人が大勢閉じ込められており電波も断たれてしまう。多くの術師が渋谷に集まるが、被害を最小限に抑えるため、五条が単独で渋谷駅地下ホームへ。そこで五条は、漏瑚、花御、脹相と相対する。一方、冥冥と同行していた虎杖は人語を解する呪霊と遭遇。呪術師、呪詛師、呪霊が渋谷に集結し、かつてない大規模戦闘がはじまる―。
渋谷駅地下ホーム。一般人を盾にされながらも、漏瑚、花御、脹相を圧倒し追い詰める五条。しかし、漏瑚達の狙いは、時間を稼ぎ、獄門疆により五条を封印することだった。大量の改造人間と共に真人も参戦。一般人を盾に五条を削ろうとする漏瑚達だったが、五条はある秘策に出る―。
真人を追い、明治神宮前駅から渋谷駅に向かっていた虎杖の元に突如現れたのは、耳を覆うような形となった小さなメカ丸だった。「五条 悟が封印されタ」と最悪の事態を告げるメカ丸。半信半疑の虎杖達だったが、メカ丸の説明に状況を飲み込み、五条の封印を全ての術師に伝え、五条奪還の為に動き出す―。
七海、伏黒、猪野と合流した虎杖は、七海から指示を受け、伏黒、猪野と共に「術師を入れない『帳』」を解くことに。虎杖の打撃でもびくともしない『帳』に対し、3人は結界の基をあえて結界外の目立つ場所におくことで強度を上げていることに思い至り、渋谷の街に立つ一際高いタワーを目指す。だがそこには呪詛師達が待ち構えていて―。
虎杖と伏黒は、呪詛師・栗坂の術式を攻略し「術師を入れない『帳』」を解くことに成功。一方、1級でしか通らない要請を済ませるため伊地知と合流しようとする七海だったが、何者かに刺され倒れている伊地知を発見する。また、七海が伊地知を発見した少し前、真希の指示で伊地知の元に向かおうとする釘崎と新田だったが、そこに呪詛師が現れて―。
狗巻の助けもありなんとか渋谷駅構内に辿り着く虎杖。そんな虎杖の前に現れた脹相は、「弟の仇…!!」と問答無用に襲い掛かる。戦いの最中、苦戦する虎杖に対し脹相は問いかける。「弟は、最期に何か言い遺したか？」
夏油 傑の皮を被った何者かが呼び出した特級特定疾病呪霊と対峙する冥冥と憂憂。冥冥は、状況を冷静に分析し、憂憂とある策を打つ。一方重面を撃破した七海は、真希、直毘人と合流するが、能力未知数の呪霊と遭遇する。直毘人は術式を発動し、素早い攻撃を仕掛けるが…。
特級呪霊・陀艮の領域展開「蕩蘊平線」により窮地に追い込まれた七海、真希、直毘人。そこに現れた伏黒の加勢により死地に活路を見出すが、そこに甚爾が乱入。暴走状態の甚爾はそのまま強者である陀艮に攻撃を仕掛ける。一方、美々子と菜々子は、脹相との闘いで意識を失った虎杖の下に―。
目を覚ました宿儺は漏瑚の助言には耳を傾けず、特級呪霊である漏瑚に対し、圧倒的な強さを見せつける。一方、お互いを未だ知らず、対峙する伏黒と暴走する甚爾。圧倒的な甚爾に対しギリギリの攻防を繰り広げる伏黒だったが―。
甚爾との戦闘で深手を負った伏黒は、たまたま居合わせた重面から不意打ちを受けてしまう。瀕死状態に陥ってしまった伏黒は重い足取りで必死に歩を運ぶ。道玄坂の広い交差点にたどり着いた伏黒は、自身の術式『十種影法術』によってある式神を呼び起こす―。
渋谷の街を壊し、数多の人を殺し、伏黒の式神を破った宿儺。そして目覚めた虎杖はその凄惨な状況を目の当たりにする―。悲愴な決意を顔に湛え、まるで幽鬼の様に歩を運ぶ虎杖。その一方、疲れ切った七海は朦朧としながらも群がる改造人間を祓い続ける。しかし、そこに真人が現れ―。
真人と一進一退の闘いを繰り広げる虎杖だったが、一般人を利用した真人の策に苦戦する。その頃、新田の制止を振り切って戦場に舞い戻った釘崎は、真人の分身体と遭遇する。釘崎を殺し虎杖の魂を折ろうと企む真人に対し、真人の術式に警戒しながらも応戦する釘崎。攻撃の効かない真人に対し、釘崎は―。
目の前の惨状に呆然と立ち尽くす虎杖。虎杖の心はもう限界を超えていた。一方、思い描く理想の展開に「呪い」として興奮する真人は、更に虎杖に追い打ちをかける。遂に真人は止めを刺そうするが、その時―。
窮地を救われた虎杖は東堂に鼓舞され、立ち上がる。激しい攻防の中、虎杖、真人に続いて東堂も黒閃を繰り出し、三者それぞれが120％の潜在能力を引き出すに至る。ギアを上げた真人は、「多重魂」「撥体」による全方位範囲攻撃を繰り出し襲い掛かる。ついに、虎杖、東堂、真人による最後の呪い合いが始まる―。
虎杖と真人の死闘に決着がついたかと思われた瞬間、「助けてあげようか、真人」と夏油の皮をかぶった何者かが真人に声をかける。瞬時に虎杖は眼前に立つその男が五条を封印した者と同一人物だと気づき立ち向かうが、その男が繰り出す夏油 傑の呪霊操術により阻まれる。そしてその男は、ある事を語り始め…。
渋谷事変の最終局面に呪術師が集うなかで、脹相は夏油の亡骸に寄生する“黒幕”の正体に気付く。そして、絶体絶命の危機に現れた特級術師・九十九由基。九十九と“黒幕”がそれぞれ語る人類の未来（ネクストステージ）。事変の終焉が招く破滅と混乱、世界は急変する―。
