Juna und Tokio kehren zusammen nach Kôbe zurück. Juna vernimmt die Stimme von Chris, die sie auszulachen scheint und wissen will, ob sie die Stadt überhaupt noch ertragen kann. Denn mit der Kraft des ""Tropfens der Zeit"" kann Juna die wahre Gestalt von allem erkennen. Alles, an dem sie früher ohne es zu beachten vorbeigegangen ist, wirkt unnatürlich und verzerrt. Selbst der Anblick von Lebensmitteln schmerzt sie. Dennoch versucht Juna, sich wieder an ein normales Leben zu gewöhnen. Gleichzeitig bemerkt die SEED-Niederlassung im Fernen Osten eine Zunahme von Opfern, die an winzigen Bakterien gestorben sind. Ob auch hier die Raajas ihre Finger im Spiel haben? Dann gerät Tokio in das Visier der Raajas...
Juna and Tokio return to the city and meet up with their classmate Saiyuri, while Teresa informs her SEED commander of a virus that's spreading over western Japan from genetically engineered agriculture. At a fast food restaurant, Juna learns one the perils of her new power, but all this is overshadowed when Tokio contracts the virus. Juna is sent into Tokio to save his life from the Raaja that lurks within both of them.
Juna y Tokio regresan a la ciudad y se encuentran con su compañero de clase Saiyuri, mientras Teresa informa a su comandante de SEED de un virus que se está extendiendo sobre el oeste de Japón desde la agricultura genéticamente modificada. En un restaurante de comida rápida, Juna descubre uno de los peligros de su nuevo poder, pero todo esto se ve ensombrecido cuando Tokio contrae el virus. Juna es enviado a Tokio para salvar su vida del Raaja que acecha dentro de ambos.
