Die Abteilung Übermensch soll nach einem Soldaten fahnden, der aus einer US-Militärbasis geflohen ist. Jiro, der den militärischen Einsatz von Übermenschen als unethisch kritisiert, versucht gemeinsam mit Raito, diesen Soldaten - Jonathan - in seine Heimat zurückzubringen.
War has changed Master Sergeant Jonathan Morrell. Trying to escape the horrible memories of the atrocities he experienced, Jonathan goes AWOL. The Superhuman Bureau must work with the U.S. military to track him down.
Le sergent-major Jonathan Morrell, de l’US Army, a déserté de la base américaine de Yokota. Le colonel Carolco, qui commande son unité, charge le DSH de le retrouver. Traumatisé par les combats qu’il a livrés en Asie du Sud-est, Jonathan ne demande qu’une chose : rentrer dans sa ville natale, aux USA. Opposé à l'utilisation des super-humains comme soldats, Jirô est bien décidé à l’aider. Mais le DSH et surtout l’US Army ne l’entendent pas de cette oreille !
横田の米軍基地から脱走した兵士・ジョナサン・マレル曹長の捜索依頼が、超人課へと持ちこまれた。
人工的な能力強化を施され、東南アジアで長引く戦争へと投入されて、心を深く傷つけられた超人兵士だ。
その非人道的行為を疑問視する爾朗は、来人と協力してジョナサンを故郷アメリカへ帰そうと試みる。
一方、部隊を率いるカロルコ大佐は、超人の軍事利用では同志的関係の孫竹に、アメリカの恐るべき野望を打ち明けるのであった。
조나산은 인류 미래의 새로운 꿈을 갖고 JOE의 초인 실험에 자원했다. 하지만 그의 예상과 달리 피로 물든 전쟁만이 그의 앞에 펼쳐지는데...