गणेश गायतोंडे की खबर के चलते मुंबई के राजनेताओं से लेकर फ़िल्मी सितारों के बीच खलबली मच जाती है। केस से हटाए जाने के बाद, सरताज खुद ही छानबीन शुरू कर देता है।
बंकर में मिली औरत सरताज को गायतोंडे के आदमी, बंटी तक पहुंचाती है। फ़्लैशबैक में, गायतोंडे अपने दुश्मन ईसा की खुशकिस्मती का राज़ चुराने की घटना याद करता है।
टीवी अभिनेत्री नयनिका एक खुफ़िया कैमरा लेकर बंटी से मिलने जाती है। 80 के दशक के मध्य में, गायतोंडे को ड्रग्स और बंदूक से भी ज़्यादा फ़ायदेमंद धंधा मिलता है: राजनीति।
नयनिका को बचाने के लिए सरताज RAW ऑपरेशन में दखल देता है। 1992 में राजनीतिक अस्थिरता बढ़ने के साथ, गायतोंडे और ईसा की लड़ाई में खून-खराबा भी बढ़ने लगता है।
अपने केस की कई कड़ियां जोड़ने की उम्मीद में, सरताज और अंजली साथ मिलकर पता करते हैं कि गायतोंडे की भविष्यवाणी और त्रिवेदी की रहस्यमयी छवि के बीच क्या संबंध है।
मुंबई को तबाही से बचाने के लिए, सरताज वक्त से आगे चलते हुए पता लगाने की कोशिश करता है कि गायतोंडे का तीसरा पिता कौन है और 25 वें दिन के लिए क्या योजना बनाई गई है।
आतंकवादी-सेल की जांच के दौरान सरताज गुरुजी के आश्रम का दौरा करता है। 90 के दशक के आखिरी बरसों में, गायतोंडे को आध्यात्मिक गुरु के सहारे की ज़रूरत महसूस होती है।
सरताज को पता चलता है कि शाहिद खान की न्यूक्लियर कनसाइनमेंट भारत कैसे पहुंचाई गई। 2000 के दशक की शुरुआत में, गायतोंडे अपने नाम का दबदबा बनाए रखने के लिए बड़े कदम उठाता है।
सरताज की टीम ने शाहिद खान के लिए जाल बिछाया है, माजिद को डिपार्टमेंट के एक मेंबर पर शक है। आश्रम की ज़िंदगी में डूबे गायतोंडे को गुरुजी के खतरनाक इरादों का पता चलता है।
सरताज के सामने बत्या कई राज़ खोलती है, जिससे वह चकरा जाता है और कशमकश में पड़ जाता है। गुरुजी के तबाही के मंसूबे को आगे बढ़ाने के लिए गायतोंडे मुंबई लौट आता है।
एक बड़े हादसे को अंजाम देने के बाद, गायतोंडे को हर वक्त गुरुजी की आवाज़ सुनाई देती है। पारुलकर को एक हैरान कर देने वाला एहसास होता है। सरताज को एक अहम सुराग मिलता है।
जैसे-जैसे मुंबई की तबाही का वक्त पास आता है सरताज, गायतोंडे और शाहिद खान के सामने आते हैं बेचैन करने वाले सच, गहरी चालें और कुछ ऐसे कनेक्शन जिनकी कभी उम्मीद नहीं थी।