次は、君だ―—。 超常能力“個性”を持つ人間が当たり前になった世界で、“平和の象徴”と呼ばれたかつてのNo.1ヒーロー・オールマイトが“悪の帝王”との死闘を制した直後に発した言葉。 オールマイトがNo,1ヒーローの座を退いた後も、彼のヒーローの意志は、出久たち雄英高校ヒーロー科に受け継がれた。 出久たちが雄英2年目の春に勃発した、ヒーローvs敵<ヴィラン>の全面戦争。出久は恐るべき力を手に入れた死柄木弔と対峙、激しくぶつかり合う。ヒーローと敵<ヴィラン>の双方が大きなダメージを受け、死柄木の撤退により戦いは一旦の終結を見るが、再び相まみえる決戦の時は刻一刻と近づいていた。 そんな全面戦争の影響で荒廃した社会に突如、謎の巨大要塞が現れ、次々と街や人を飲み込んでいく。 そして出久たちの前に、“平和の象徴”を思わせる男が立ちはだかり……
美しい舞浜の街で、水泳に情熱を注ぐ平凡な高校生、キョウ・ソゴルの日常を描きます。友人たちと水泳をしたり、ビデオゲームをしたりする彼の静かな生活は、謎めいた美しい少女、三崎静乃が突然学校のプールに一緒に潜ろうと彼を誘ったとき、一変する。 この未知への飛躍により、キョウは戦争で荒廃した世界に連れて行かれます。 そこでは、人間がゼガスと呼ばれる印象的な人型ロボットを操縦して、邪悪なオームガードと戦います。 この闘争を実行するために、人類はオーム・ガルドによる人類の絶滅を阻止することを目的とした反乱組織セレブラムを結成しました。
西暦 2205 年、悪の勢力が過去を攻撃し、歴史の流れを変える恐れがあります。裁判官は神官の加護を受けた刃を持つ4人の剣士に、過去を守り未来を救うよう呼びかける。かつての主である魔王・織田信長に忠実な彼らは、彼が殺害された本能寺へ戻ります。彼らは悪の進行を阻止し、過去を保存することができるでしょうか?時間だけが教えてくれます。