星団連邦軍に拘束されてしまうシオンたち。だが、指揮官ラピス大尉はヘルマーが軍内部に送り込んだ同志であった。ラピスの協力により、デュランダルから脱出したシオンたちは、ファウンデーションの市街地へ向かう。デュランダル襲撃の嫌疑を晴らすため、アレンが親しくなった科学者ハカセの力を借り、KOS─MOSのデータベースへアクセスしようというのだ。だが、エンセフェロンにはＵ－ＴＩＣ機関が攻性プログラムを展開していた。
