The kids, along with Bulkhead, Arcee and Bumblebee storm the Decepticon ship to rescue Agent Fowler, and come across the blueprints for a secret plan. During this, Optimus Prime and Ratchet fight against Megatron's army of undead Transformers.
En utilisant l'Energon Noir, Megatron rassemble une armée de morts-vivants pour combattre Optimus, tandis que les autres Autobots lancent une mission de sauvetage sur le vaisseau Decepticon...
Bulkhead, Arcee és Bumblebee az álcák hadihajójáról megmentik Fowler ügynököt. Megatron a sötét energonnal feltámaszt egy horda zombit, akik ellen Optimus és Ratchet megküzdenek.
Optimus Prime e Ratchet sono inorriditi dalla profanazione compiuta da Megatron nei confronti dei caduti di Cybertron, ma non possono tirarsi indietro di fronte alla battaglia: grazie alla scheggia di Energon Oscuro che si è infilato nel petto, il Comandante dei Decepticon ha infatti ormai raggiunto una completa simbiosi con i suoi Terrorcon e riesce a comandarli a piacimento, indirizzandoli contro i nemici.
Optimus Prime attacca i Terrorcon con i laser: Ratchet non accetta di tornare alla base e lo affianca nella battaglia, suggerendogli di utilizzare le lame, poiché la dissezione è un rimedio più efficace. Megatron intanto già pregusta il momento in cui anche l'odiato Optimus entrerà a far parte della sua armata di non morti.
Jack e Raf sono sotto il fuoco dei Vehicon, ma vengono salvati da Bulkhead che li porta al sicuro e poi si lancia sulla Nemesis. Per disfarsi dei Vehicon che subito lo attaccano, il guerriero Autobot sradica un'antenna parabolica dalla nave e gliela scaglia addosso. Solo dopo essere rimasto l'unico in piedi sul campo, però, si accorge che Miko non è rimasta insieme agli altri ragazzi, ma si trova con lui, nascosta nel suo torace (con l'azione concitata che le ha procurato una forte nausea).
Nuovi Vehicon subentrano subito a quelli abbattuti, tanto che – per sfuggire all'attacco – Bulkhead e Miko sono costretti a entrare nella Nemesis. Nello stesso momento altri due Vehicon trovano Jack e Raf.
All'interno dell'astronave Decepticon, Bulkhead affronta i Vehicon che incontra sul suo percorso, mentre Miko continua a soffrire l'azione convulsa che le procura mal di stomaco.
Jack e Raf vengono portati sulla Nemesis per essere consegnati a Starscream, ma sopraggiungono Bumblebee e Arcee a liberarli. Il gruppo si riunisce quindi a Miko e Bulkhead: Jack e Raf hanno sentito dai Vehicon che l'Agente Speciale Fowler si trova sul ponte e lo comunicano agli Autobot.
Fiaccato dalle torture subite da Starscream, l'Agente Fowler
Optimus y Ratchet comienzan una batalla contra los Zombies controlados por Megatron y su Energon Oscuro, al acabar con todos ellos, Optimus se dirige a pelear contra Megatron, este se transforma en un avión y se escapa de las manos de Optimus Prime. Mientras que en la nave Decepticon, Raf y Jack son rescatados por Arcee y Bumblebee, y son puestos en un lugar seguro donde descubren una pantalla donde se encuentran los planes de Megatron, Miko logra sacarle una fotografía a la pantalla, y luego se la enseña a Ratchet, que asegura que ese plan es hacer un puente espacial para transportar a todo un ejército de Cybertronianos resucitados desde Cybertron hasta la Tierra, para que sigan los planes de Megatron para acabar con los Autobost y conquistar al planeta.
Megatron używa Ciemnego Energonu do powołania armii żywych trupów, która ma walczyć z Optimusem. Inne Autoboty zaczynają operację ratunkową.