Timmy Turner und Jimmy Neutron verstehen sich so gut, dass sie beschließen, bei einem ganz besonderen Projekt zusammenzuarbeiten: Beide Helden sind es nämlich leid, gegen mehr oder minder harmlose Ganoven zu kämpfen, die keine echte Herausforderung darstellen. Um das zu ändern, wollen Timmy und Jimmy gemeinsam den ultimativen Schurken entwerfen, der alle übrigen Bösewichter in den Schatten stellen soll. Leider entwickelt sich das Schurkenprojekt nicht ganz so, wie Jimmy und Timmy sich das vorgestellt haben. Ihr selbst konstruierter Halunke ist derart übermächtig, dass er sowohl Timmys Elfenwelt als auch Jimmys Heimatstadt in Angst und Schrecken versetzt. Sogar die Existenz der beiden Universen steht auf dem Spiel! Jimmy und Timmy müssen sich ganz schön anstrengen, um ihren Fehler wieder gutzumachen. Und ganz nebenbei haben auch die Freunde der beiden noch ein Hühnchen mit ihnen zu rupfen...
Timmy wants to become friends with Jimmy Neutron. While they are friends, they battle each other's enemies, and they create a new villian that they don't like. So they abandon him, but that makes him super evil now, and he takes Cosmo and Wanda's wands and Jimmy's brains. Now it's up to Jimmy and Timmy to solve the problem they got into.