Jammerhead escapes from jail, and with the help of some new technology he has gotten his hands on, is determined to confront the Turtles. At the same time, Starlee's alien family visits Starlee on earth.
Jammerhead bryder ud af fængsel, og vil gøre hans regnskab op med Turtles. Med hjælp fra en nyudviklet chip, kan Jammerhead downloade nye kampprogrammer, og lærer dem med det samme. Nu skal Turtles finde ud af hvordan de bekæmper den nye forbedret Jammerhead...