Padderne og monstrene når en underjordisk by, men en efter en forsvinder de på mystisk vis til kun Michelangelo er tilbage. Den ansvarlige viser sig at være den sidste overlevende fra en gammel race.
Auf der Suche nach dem entführten Donatello gelangen die Turtles nach Nekropolis, die Stadt der Toten. Nun werden auch Rapheal, Leonardo und die Monster entführt. Michelangelo, der übrig geblieben ist, überwältigt den Entführer, ein merkwüdiges Wesen. Die entführten Turtles tauchen wieder auf und erklären Michelangelo, dass das Wesen Quarry, Stonebiter und Razorfist entführt hat, um sie zurückzuverwandeln. Als die Turtles zurückkehren erzählt Splinter, dass sie sich ein neute Zuhause suchen müssen.
When the Turtles and their new allies start vanishing one by one, only Michelangelo is left. He finally finds the perpetrator in the underground city - it's sole survivor. Though his intentions appears noble at first, by restoring the creatures to their normal human selves, there is a catch...
Несмотря на предостережения Зверя и страхи Микеланджело, Черепашки-ниндзя всё-таки проникают в таинственный Город Мёртвых. И тут же понимают, что зря…
