惑星の中は、動物の反応の全く無い植物だけの世界だった。待ち構えていた敵を苦戦しつつも撃破するダンクーガ。一方、新たな敵ディラドの中にはかつての敵シャピロの未知の花粉によって姿があった。その頃、地球では政府の要人が次々と植物化するという怪事件が起こっていた。